Hipotezą natomiast określane jest przypuszczenie, które ma ułatwić (w miarę możności naukowe) wyjaśnienie danego zjawiska/problemu/procesu. Jest ona nie tyle jednoznacznym twierdzeniem, co raczej sugestią, propozycją wniosku badawczego. Przykład hipotezy: „Najlepszym sposobem działalności duszpasterskiej jest kaznodziejstwo”. W przypadku tak sformułowanej hipotezy należy zastanowić się zarówno nad samymi pojęciami „duszpasterstwo” i „kaznodziejstwo”, jakiego rodzaju związki między nimi zachodzą, jak też i prześledzić zależności między jakością kazań a choćby postępami ewangelizacyjnymi w obrębie danej społeczności, czy w działalności misyjnej.
Od wyboru postaci tematu zależy w znacznej mierze późniejsza strategia autorska. Przyjmując w temacie tezę, przebieg pracy sprowadza się głównie do jej udowodnienia, czyli znalezienia i przedstawienia dowodów na to, że przyjęte w temacie pracy zdanie jest prawdziwe. W przypadku sformułowania w temacie pracy hipotezy głównym zajęciem autora/autorki jest wykazanie jej prawdziwości albo fałszywości. Można tego dokonać według trzech sposobów: a) weryfikacja pozytywna - na jej podstawie okazuje się, że założenie było prawidłowe, b) falsyfikacja - wykazuje nieprawdziwość postawionej hipotezy oraz c) weryfikacja modyfikująca - w niej stwierdza się, że hipoteza nie jest fałszywa, ale do uznania jej prawdziwości konieczne jest wprowadzenie zmian. Mogą one odnosić się zarówno do samego sformułowania hipotezy albo do przedstawionego w pracy opisu zależności.
Przede wszystkim jednak należy zastrzec, że formułowanie tezy lub przedstawianie hipotezy na poziomie pracy licencjackiej nie jest konieczne. W tym przypadku można założyć, że tradycyjnie formułowane cele prac badawczych/naukowych mogą rzeczywiście przekraczać potrzeby warsztatowe pracy na poziomie licencjatu. Może warto więc przeformułować cele pracy? W ramach tego procesu warto zasugerować przewartościowanie przedstawionych na początku paragrafu zadań, jakie stoją przed dyplomantem.
Zgodnie z powyższym postulatem nowa formuła powinna mieć następującą postać: podstawowym celem pracy licencjackiej jest nabycie umiejętności warsztatowych niezbędnych przy pisaniu prac naukowych. Doprecyzujmy więc cel pracy przez odwołanie się do możliwego sposobu jej oceniania. Jednym z podstawowych kryteriów weryfikacji pracy licencjackiej jest sprawdzenie warsztatu naukowego w kontekście pracy. Akcentowane są więc kwestie doboru i reprezentatywności wykorzystanej w pracy literatury przedmiotu, trafność użycia cytatu/odwołania źródłowego i opatrzenie go odpowiednim przypisem, jak i