Trzykrotnie była bombardowana Centralna Biblioteka Wojskowa mieszcząca się w gmachu Głównego Inspektoratu Sił Zbrojnych, a 24 września została doszczętnie spalona. Spłonął tam jej księgozbiór: 150 tys. wol. oraz 100 tys. wol. depozytów, a wśród nich bezcenne zbiory rapperswilskie i batignolskie - 60 tys. wol. 25 września pociski znacznie uszkodziły Pałac Potockich, siedzibę zbiorów specjalnych Biblioteki Narodowej. Tego samego dnia spłonęła prawie doszczętnie Biblioteka Ordynacji Przezdzieckich tracąc 50 tys. wol. Podobnie dotkliwe straty poniosła Biblioteka Ordynacji Zamojskiej, gdzie ogień strawił 36 tys. wol. i część budynku. W zbombardowanych budynkach Uniwersytetu Warszawskiego zakłady i katedry utraciły 50 tys. wol., a zrujnowane filie Biblioteki Publicznej 15 tys. wol. We wrześniu spłonęły także księgozbiory urzędów centralnych, m.in. Ministerstwa Rolnictwa - 14 tys. wol., Ministerstwa Finansów - 12 tys. wol. Ministerstwa Spraw Wewnętrznych - 15 tys. wol. Pożar zniszczył Bibliotekę Wolnej Wszechnicy Polskiej; zagładzie uległy też księgozbiory w kilku spalonych budynkach szkół średnich. Straty księgozbiorów tylko wyżej wymienionych bibliotek wyniosły ponad 440 tys. wol. Braki dokumentacji nie pozwalają dokładnie określić szkód poniesionych przez inne zniszczone placówki posiadające biblioteki. Oprócz strat w księgozbiorach zostały równocześnie zrujnowane i wypalone ich siedziby -często zabytkowe budynki o wielkiej wartości architektonicznej i materialnej.
Po kapitulacji stolicy 28 września 1939 r. dla bibliotek pozbawionych części zasobów nastał okres nieznanej dotąd okupacji. Wkrótce rozpoczęło się na wielką skalę tępienie polskiej kultury, nauki i oświaty poczynając od eksterminacji inteligencji, zamykania szkół i uczelni oraz niszczenia wszelkich śladów ojczystej historii. Zanim jeszcze Warszawa znalazła się, począwszy od 26 października, w granicach Generalnego Gubernatorstwa (GG) armia niemiecka rekwirując gmachy na siedziby wojska i urzędów administracji okupacyjnej, usuwała i niszczyła znajdujące się w nich sprzęty łącznie z księgozbiorami.
Zanim gubernator Hans Frank wydał 16 grudnia rozporządzenie o konfiskacie dzieł sztuki skutkujące rekwizycją, m.in. rzadkich druków i rękopisów, bibliotekarstwo warszawskie padło ofiarą policyjnego kom-manda Petera Paulsena. Był to tzw. Oddział Operacyjny do Zabezpieczenia Wartości Naukowych i Sztuk Pięknych utworzony już we wrześniu w Berlinie przez Główny Urząd Bezpieczeństwa Rzeszy, natomiast w GG działał on do połowy grudnia 1939 r. Kommando Paulsena od października wywiozło do Berlina ponad 160 tys. wol., ograbiając kilkanaście książnic, m.in. Bibliotekę i Archiwum Sejmu i Senatu - ponad 80 tys. wol., Biblioteki Instytutów: Francuskiego, Duńskiego, Węgierskiego, Ukraińskiego, Bibliotekę Judaistyczną Wielkiej Synagogi - 40 tys. wol., nie licząc mniejszych specjalistycznych zbiorów innych placówek naukowych i urzędów.
Z Biblioteki Ordynacji Zamojskiej wspomniane kommando wywiozło do warszawskiej siedziby Gestapo 50 niezwykle cennych rękopisów, w tym Kodeks supraski. Sakra-mentarz tyniecki i Kodeks zamojski. Rękopisy te odzyskano wprawdzie jeszcze w okresie okupacji, tym niemniej zabór wszelkich wartościowych obiektów, nie tylko znaczących dla kultury germańskiej jest znamienny dla hitlerowskich rabunków. Warto wspomnieć, że Kodeks supraski (XI w.), pisany cyrylicą w języku staro-cerkiewno-słowiańskim był „wypożyczony” w 1940 r. do Berlina na wystawę „Dzieła sztuki zabezpieczone w Generalnym Gubernatorstwie”, gdzie był okazem niezwykle cennego trofeum.