W konsekwencji hamowana jest swobodna rotacja wiązania C-N, zaś kąty wiązań przy atomie N przyjmują wartości zbliżone do kątów wiązania karbonylowego atomu węgla (sp2). W takim układzie wiązania C=0 i N-H są praktycznie równoległe, zaś atomy Ca mogą występować po tej samej (konformacja cis) lub przeciwnej (konformacja trans) stronie wiązania C-N Planarna struktura wiązania peptydowego z częściowo podwójnym charakterem wiązania C N ogranicza labilność konformacyjną szkieletu peptydowego. (omega od -20 do 10°)
Wzajemne oddziaływania (położenie) sąsiednich reszt aminokwasowych (R) korygowane mogą być przez rotację dwóch wiązań peptydowych wokół wiązań typowo pojedynczych, tworzonych przez grupę aminową i atom węgla a oraz węgiel a i grupę karbonylową