8009766954

Typ I i III charakteryzuje brak ścisłej kontroli nad położeniem miejsca cięcia względem rozpoznawanej sekwencji. Natomiast enzymy Typu II przecinają DNA w sekwencji rozpoznawanej albo blisko niej. Wynikiem trawienia określonej sekwencji DNA jest powtarzalny zestaw fragmentów o przewidywanej długości. Właściwość ta spowodowała szerokie wykorzystanie enzymów restrykcyjnych Typu II jako narzędzi w manipulacjach DNA.

Endonukleazy restrykcyjnye typu II

Obecnie w bazie danych REBASE (http://rebase.neb.com), katalogującej enzymy restrykcyjne, metylotransferazy DNA i pokrewne białka, znajduje się ponad 3890 ENaz Typu II rozpoznających 305 rodzajów specyficznych sekwencji (dane z 09.2012). Komercyjnie dostępnych jest 241 różnych specyficzności REaz. Enzymy należące do tej grupy są najczęściej homodimerami lub tetramerami, wymagającymi tylko jonów Mg²⁺jako kofaktora. Nić DNA jest cięta wewnątrz krótkiej sekwencji rozpoznawanej lub w pewnej stałej odległości od niej. Mimo wspólnych cech, przedstawiciele tego typu są dość różnorodną grupą endonukleaz i dlatego wprowadzono podział na podtypy, uwzględniając przy tym budowę białek, rodzaj sekwencji docelowej, sposób cięcia DNA i inne cechy (Tabela 2). To samo białko może należeć do różnych podtypów, gdyż nie wykluczają się one wzajemnie (Roberts i wsp., 2003).

Tabela 2. Podział enzymów restrykcyjnych Typu II na podtypy.

Podtyp	Opis	Przykładowe enzymy
A	niepalindromiczna sekwencja rozpoznawana; często jeden gen koduje REazę a dwa geny kodująMTazy	Foki, HphI
B	dwuniciowe cięcia po obu stronach sekwencji docelowej	Alol, HaeIV
C	obie domeny, endonukleolityczna i metylująca, w jednym polipeptydzie	Gsul, HaeIV
E	do cięcia potrzebne dwie kopie sekwencji docelowej, jedna cięta, druga działa jako efektor allosteryczny	Foki, Sau3AI
F	interakcja z dwiema kopiami sekwencji rozpoznawanej i obie cięte	BspMI, CfrlOI
G	obie domeny, endonukleolityczna i metylująca, w jednym polipeptydzie; AdoMet działa stymulująco na aktywność	Alol, Eco57I
H	podobna struktura genów do Typu I	Ahdl, Bcgl
M	sekwencja rozpoznawana cięta gdy zmetylowana	BisI, DpnI
P	palindromiczna sekwencja rozpoznawana	EcoRI, NgoPII
S	cięcie poza niepalindromiczną sekwencją rozpoznawaną	Foki, Eco57MI
T	heterodimery	BpulOI, Mlyl

Nazewnictwo enzymów restrykcyjnych: stosowane są literowe skróty (np. Hindlll, EcoRI). Pierwsza litera oznacza rodzaj bakterii, z której wyizolowano enzym, druga i trzecia - gatunek, a kolejna z nich pochodzi od szczepu lub typu bakterii. Następujące po niej cyfry rzymskie odpowiadają kolejnym enzymom wyizolowanym z określonego szczepu.

Hindlll - Haemophilus influenzae Rd

Mph 11031 - Moraxe//a pheny/pyruvica RFL1103

Izoschizomery - enzymy restrykcyjne izolowane z różnych bakterii rozpoznające tę samą sekwencję w DNA i wprowadzające identyczny typ cięcia.

Przykład: Haelll, BsuRI, BshFI, Phol, BsnI - GG*CC CC_tGG

5