8504862566

W prowadzenie

Celem mojej pracy jest przeprowadzenie analizy danych wielkoskalowych uzyskanych za pomocą mikromacierzy tilingowych tak, by pokazać jakie są różnice w wariantach spicingowych genów u organizmów gatunku Arabidopsis thaliana i jak wpływają one na ich fenotyp. Następny krok to napisanie kodu w języku R, który będzie umożliwiał wykonanie takiej analizy. Chcę wykazać, że u organizmów z fenotypem ukazującym się w sytuacjach stresowych, wariant splicingowy danego genu wygląda inaczej, niż w przypadku genu osobnika, u którego w takich warunkach nie obserwujemy żadnego fenotypu.

Dzięki co raz częściej używanym mikromacierzom tilingowym, służącym między innymi do identyfikowania miejsc splicingowch oraz wielu metodom statystycznym i gotowym, bezpłatnym modułom dostępnym w pakiecie R, taka analiza jest możliwa, stosunkowo prosta i nie pochłania zbyt wiele czasu. Pozwala także na otrzymanie wielu cennych dla biologów informacji, które w późniejszym czasie mogą być pomocne w zrozumieniu wielu aspektów biologicznych i w znacznym stopniu ułatwiają im późniejszą pracę w laboratorium.

Praca skład się z pięciu rozdziałów. W pierwszym z nich zostaje krótko opisany badany przez nas organizm modelowy - Arabidopsis thaliana. W kolejnych, przedstawione są materiały (rozdział 2) oraz metody (rozdział 3) wykorzystywane do przeprowadzenia eksperymentu mikromacierzowego oraz późniejszej analizy otrzymanych danych. Wytłumaczone zostało jak zbudowane są mikromacierze, jakie są ich rodzaje, a także jakie metody służą do wykonania analiz wyższego oraz niższego rzędu. Kolejny rozdział zawiera opis procesu splicingu i działanie metody używanej do obliczania wartości splicing index, po to by umożliwić identyfikacje wariantów splicingowych genu. Na końcu (rozdział 5), przedstawiono wyniki przeprowadzanej analizy danych oraz wnioski, które dzięki niej, dało się zaobserwować. W skład pracy wchodzi także dodatek, w którym zawarte są kody najistotniejszych funkcji, napisane w języku R.

5