BŁONA CYTOPLAZMATYCZNA - jest to błona zbudowana z białek i
fosfolipidów oraz kwasów lipotejchojowych (reszty fosforanu i
glicerolu połączone wiązaniem diestrowym w łańcuchu)
FUNKCJE: W pierwszej kolejności błona jest organem pobierania
pokarmu, albo wnikającego biernie na zasadzie różnicy stężeń w
komórce i środowisku zewnętrznym, albo dzięki wybiórczej
przepuszczalności błony dla różnych składników, ale najczęściej
czynnie za pomocą przenośników znajdujących się w błonie
cytoplazmatycznej(permeazy). W błonie rozmieszczone są także
enzymy i przenośniki elektronów, czynne w ostatnich fazach
oddychania i magazynowania energii. W komórkach Eucaryota funkcje
takie spełniają mitochondria. U Procaryota czynności mitochondriów
przejmuje błona cytoplazmatyczna (jej wpuklenia to mezosomy).
W błonie też, z którą związany jest nukleoid, zaczynają się procesy
replikacji DNA. Z błony cytoplazmatycznej powstają także ciałka
chromatoforowe, zastępujące u bakterii fotosyntezujących
chloroplasty roślinne.
CYKLE ODDECHOWE ZACHODZĄCE BEZ GLIKOLIZY I ICH ROLA
1) cykl pentozowy, w którym przemiany cukrów dają metabolity C
3
, C
7
,
C
4
2) cykl Entnera-Doudoroffa, który daje metabolity C
3
, C
5
, C
4
a więc oba
te cykle spełniają głównie rolę amfiboliczną (produkty do syntez
komórkowych)
3) cykl kwasów dwukarboksylowych
Cykl Krebsa jest poprzedzany glikolizą.
FERMENTACJA Z GLIKOLIZĄ I BEZ GLIKOLIZY.
Fermentacje z glikolizą: fermentacja mlekowa, mrówkowa,
alkoholowa, propionowa ( w tych fermentacjach wytwarzane są 2 ATP
– bardzo mało), fermentacja masłowa – bardzo ważna – jedna z
nielicznych, która daje nadmiar wodoru
Fermentacja bez glikolizy: heterofermentacja mlekowa i alkoholowa
bakteryjna
FERMENTACJA HOMOMLEKOWA I ALKOHOLOWA
- Fermentacja mlekowa
C
6
H
12
O
6
+ bakterie mlekowe → 2CH
3
CHOHCOOH + 22,5 kcal
(cukier prosty → kwas mlekowy + energia)
- Fermentacja alkoholowa – proces rozkładu węglowodanów pod
wpływem enzymów wytwarzanych przez drożdże z wytworzeniem
alkoholu etylowego i dwutlenku węgla:
C
6
H
12
O
6
→ 2C
2
H
5
OH + 2CO
2
PRODUKTY RÓŻNYCH FERMENTACJI
Typ- produkty końcowe fermentacji
alkoholowa - etanol, CO
2
homofermentacja kwasu mlekowego - kwas mlekowy
heterofermentacja kwasu mlekowego - Kwas mlekowy, etanol, CO
2
,
kwas octowy
mieszanina kwasów - kwas mlekowy, etanol, kwas octowy, kwas
mrówkowy lub H
2
+ CO
2
glikol butynelowy - jak fermentacja mieszaniny kwasów lecz z
dodatkiem 2,3-glikolu butylenowego
kwas masłowy - kwas masłowy, kwas octowy, H
2
, CO
2
acetonowo-butanolowa - butanol, aceton, izoprolanol, atanol, H
2
,
CO
2
kwas propionowy - kwas propionowy, kwas octanowy, CO
2
FOTOSYNTEZA U B. PURPUROWYCH, SIARKOWYCH, ZIELONYCH
ATP powstaje w systemie fosforylacji
cyklicznej. Regeneracja chlorofilu następuje
przez elektrony z siarczków, tiosiarczanów,
siarki lub wodoru ( środowisku muszą być
zredukowane związki siarki). Produktami są
związki nieorganiczne jak siarczany, woda, ale
nie tlen. Niezbędne do zredukowania
produktu wiązania C0
2
jest zredukowanie
koenzymu NADP do NADPH
2
, wymaga to
dodatkowego źródła siły redukującej (bo mała
jest aktywność fosforylacji cyklicznej).
Dodatkowe źródło siły redukującej pochodzi z
odwrotnego łańcucha przepływu elektronów:
ODDYCHANIE BEZTLENOWE
- reakcje azotanów-denitryfikacja np. Paracoccus denitrificans;
enzymy-reduktazy
2 NO
3
ˉ + 4 H
+
→ 2 NO
2
ˉ + 2 H
2
O
2 NO
2
ˉ + 4 H
+
→ 2 NO + 2 H
2
O
2 NO + 2 H
+
→ N
2
O + H
2
O
N
2
O + 2 H
+
→ N
2
+ H
2
O
2 NO
3
ˉ + 12 H
+
→ N
2
+ 6 H
2
O
W oczyszczaniu ścieków doprowadza się żeby było NO
3
ˉ, ale później to
się redukuje do N
2
aby nie było eutrofizacji.
- redukcja siarczanów
SO
42-
→ SO
32-
→ H
2
S + 3 H
2
O → S
- redukcja węglanów
4H
2
+ CO
2
→ CH
4
+ 3 H
2
O + 131 kJ/mol
- oddychanie azotowe (redukcja azotanów) jest prowadzona
bezwzględnie przez beztlenowe bakterie (Paracoccus denitrificans).
-oddychanie siarczanowe, siarczkowe, węglanowe, mrówczanowe,
żelazowe
OTOCZKI KOMÓRKOWE zbudowane z polimerów cukrów,
aminokwasów (lub kwasów uronowych). Łańcuchy cukrowe
połączone są jonami Ca
2+
, Mg
2+
. Rola:
1.ochrona przed wysuszeniem , bakteriofagami, antybiotykami i
metalami ciężkimi,
2.ochrona przed antybiotykami,
3.ochrona przed fagocytozą komórek żernych,
4.rola regulacyjna w procesach wydalania (śluzy mogą odgrywać rolę
jako zapas),
5.żółtozielone barwniki fluoryzujące, bakterie z rodziny Pseudomones
dają fluorescencję w UV, działają jako siderofory, które są wydzielone
do podłoża, gdy brak jest żelaza. Biorą udział wiązaniu
i transporcie żelaza do komórki,
6.bakterie są w stanie zmieniać skład chemiczny otoczek, produkując
zamiast cukrów lipidy
i fosfolipidy o charakterze hydrofobowym, które chronią komórkę
przed działaniem szkodliwych związków hydrofilowych np.
dezyfekonów (zw. Chloru),
7.barwniki fotosyntezy (p. fotosynteza).
PLAZMIDY I ICH ROLA W KOMÓRCE-koliście zamknięta podwójna
helisa DNA poza nukleoidalna; mogą warunkować m.in.
- zdolność do koniugacja,
- odporność na antybiotyk i jony metali ciężkich,
- odporność na działanie UV,
- wytwarzanie antybiotyków,
- wytwarzanie bakteriocyn (toksyny bakteryjne) np. nizyna stosowana
jako antybiotyk,
- biodegradację złożonych związków organicznych,
- wytwarzanie enterotoksyn i hemolizyn;
PODZIAŁ MIKROORG. ZE WZGLĘDU NA ŹRÓDŁO ENERGII I WĘGLA
AUTOTROFY (litotrofy) Auto- chemolitotrofy Źródło węgla: CO
2
Źródła energii: (ATP)
1.*światło: Fotosynteza bakterii (beztlenowe), Fotosynteza glonów i
roślin (tlenowce)
2.Utlenianie związków nieorganicznych (niewiele ATP)
Fe (II) -> Fe(III)
H
2
S -> H
2
SO
4
Nitryfikacja -> NH
4
-> HNO
2
-> HNO
3
CO -> CO
2
H
2
-> H
2
0
HETEROTROFY (organotrofy), Foto- i chemoorganotrofy
Źródło węgla: związki organiczne
Źródła energii: (ATP)
1.Światło: Fotosynteza bakterii
2.Utlenianie związków organicznych (najwięcej ATP)
Glukoza -> glikoliza -> cykl Crebsa -> łańcuch oddechowy -> O
2
3.Oddychanie beztlenowe np. redukcja
Azotanów -> N
2
(denitryfikacja)
Siarczanów -> H
2
S
Węglanów -> CH
4
4.Fermentacja z wytworzeniem kwasów, alkoholi, CO
2
, H
2
(najwięcej
ATP)
METYLOTROFY
- wszystkie bakterie rosnące na związkach jednowęglowych (metan,
metanol, mrówczan, metyloaminy). Są bezwzględnymi tlenowcami,
zawierającymi katalazę i oksydazę cytochromową. Są to najczęściej
pałeczki gramujemne, spokrewnione z rodzajem Pseudomonas.
Tworzą formy przetrwalne, powstające z całej komórki i
niezawierające kwasu dipikorynowego. Inną cechą jest obecność
licznych lameli warstwowo ułożonych. Bakterie metylotrofy włączają
związki jednowęglowe w tzw. drodze serynowej.
REDUKTYWNY CYKL KWASÓW (WIĄZANIE CO2 U B. PUR I SIAR
RÓŻNICE MIĘDZY DOMENAMI ARCHEA, A BACTERIA
Archae: obejmują bakterie w warunkach ekstremalnych. Głównie
bakterie:
-Metanogenne (produkujące metan),
-Halofile (słonolubne, kwasolubne, termolubne).
1.Ściana Archae nie zawiera peptydoglikanu, ale tzw. Pseudomureinę
lub białka, czy polisacharydy,
2.Błona komórkowa to etery glicerolowe izoprenoidów z resztami
fitonylowymi, a nie estry kwasów tłuszczowych i glicerolu,
3.Różnice w sekwencji nukleotydów 16S rRNA,
4.Zawierają koenzymy F
420
i F
430
z wbudowanym niklem (których to
koenzymów nie zawierają inne bakterie),
5.Wiążą CO
2
autotroficznie przez acetylokoenzym A, a nie w cyklu
Calvina.
RÓŻNICE W BUD. PROCARYOTA I EUCARYOTA:
Kom. Eucaryota: pierwotniaki, grzyby, glony, rośliny, zwierzęta/
chromosomy otoczone dwuwarstwową błoną jądrową/ struktura
chromosomu jest złożona, DNA jest zwykle związane z białkami tzw.
Histonami/ podział komórki wymaga mitozy i mejozy/ściana
komórkowa jeśli występuje zawiera składniki strukturalne takie jak
celuloza lub chityna lecz nigdy nie zawiera peptydoglikanu/
mitochondria są powszechnie obecne, chloroplasty występują w
komórkach fotosyntetyzujących/komórki zawierają dwa typy
rybosomów: większe w cytoplazmie i mniejsze w mitochondriach i
chloroplastach/wici gdy występują mają złożona strukturę
Kom. Procaryota: bakterie (w tym sinice)/brak błony jądrowej,
chromosomy bezpośrednio kontaktują się z cytoplazmą/ struktura
chromosomu jest stosunkowo prosta/mitoza i mejoza nie występują/
komórki zawierają rybosomy tylko jednego typu/rzęski gdy występują
mają stosunkowo prostą strukturę
SYNTEZA CUKRÓW
- z C
1
– formaldehyd zostaje włączony do tzw. Drogi serynowej i
tworzy się hydroksypirogronian lub zostaje włączony na drodze
rybulozowej. Reakcje te przeprowadzają tlenowe metylotrofy.
- z C
3
– kondensacja dwóch cząsteczek fosfotrioz powoduje powstanie
difosforanu fruktozy, a następnie fosforowego estru glukozy, z której
tworzą się inne cukry.
- z C
6
- z glukozy i z fruktozy pod wpływem trans glikozydazy tworzy
się sacharoza, a z niej może powstać dekstran + fruktoza
- inne reakcje: z maltozy powstaje skrobia + glukoza, a z fruktozo-6-
monofosforanu powstaje mureina.
SYNTEZA BIAŁEK
Synteza aminokwasów zachodzi na drodze transami nacji to jest
reakcji przeniesienia grupy aminowej z jednego związku na drugi.
Amoniak łączy się z kwasem
-ketaglutarowym, tworząc kwas
glutaminnowy. Grupa aminowa może zostać przeniesiona z kwasu
glutaminowego na np. kwas szczawiooctowy, dając kwas
-
ketoglutorowy i kwas asparaginowy.
Inne aminokwasy powstają z odpowiednich keto kwasów, na które
grupa aminowa zostaje przeniesiona z kwasu glutaminowego lub
asparaginowego w obecności enzymów transaminaz.
SYSTEMY GENERACJI ATP
Są trzy systemy generacji ATP
•Fosforylacja substratowa
-Powstaje podczas odłączania się fosforu od fosforanu aldehydu
glicerynowego, kwas 1,3 - bisfofoglicerynowy, kwas fosfoglicerynowy
•Fosforylacja oksydacyjna
-Zachodzi podczas przebiegu łańcucha oddechowego
•Fosforylacja fotosyntetyczna
ŚCIANA KOMÓRKOWA - zbudowana z heteropolimerów, cukrów i
aminokwasów tj. mureiny (peptydoglikanu). Łańcuchy cukrowe to
reszty glukozaminy i kwasu muraminowego połączone wiązaniem
β(1-4) glikozydowym i krótkimi peptydami (zbudowane z alaniny,
kwasu glutaminowego, kwasu diaminopimelinowego i alaniny). Z
muraminą związanie są polimery: kwasy tejchojowe, kwasy
lipotejchojowe, kwasy tejchuronowe. Kwasy tejchojowe połączone są
wiązaniem dniestrowym z grupą hydroksylową C
6
kwasu
muraminowego mureiny. ROLA: Ochrona przed uszkodzeniami
mechanicznymi i lizą osmotyczną, Utrzymuje wysokie ciśnienie
wewnątrz komórki (turgor) 3-5atm G
+
, 30atm G
-
, Działa jak sito
„molekularne” (bariera przepuszczalności), ale ma aktywną rolę w
regulacji transportu jonów i cząstek.
TRANSPORTU SUBSTRATÓW DO KOMÓRKI
Dyfuzja prosta - dzięki dyfuzji prostej przez błonę cytoplazmatyczną
są pobierane jony.
Dyfuzja ułatwiona - pobieranie związków zgodnie z gradientem
stężeń następuje wyrównywanie stężeń wewnątrz i na zewnątrz
komórki niekiedy transport ten wymaga udziału permeaz (enzymy
transportowe)
Transport aktywny - przenoszenie wbrew gradientowi stężenia,
wymaga energii, a cząstki nie ulegają modyfikacji
Translokacja grupowa - zachodzi jak przy transporcie aktywnym ale
związki są modyfikowane np. cukry mogą podlegać fosforylacji
UTLENIANIE ZWIĄZKÓW NIEORGANICZNYCH PRZEZ
CHEMOAUTOTROFY
nitryfikacja autotroficzna
NH
4+
+ 1 ½ O
2
→ NO
2
ˉ+ 2 H
+
+ H
2
O
NO
2
ˉ +1 ½ O
2
→ NO
3
ˉ
NH
3
→ NH
2
OH→ [NOH] → NO
2
ˉ → NO
3
ˉ
hydroksyloamina
-nitryfikacja heterotroficzna
-utlenianie związków siarki
S
2-
+ 2O
2
→ SO
42-
S + H
2
O + 1 ½ O
2
→ SO
42-
+ 2 H
+
S
2
O
32-
+ H
2
O + 2 O
2
→ SO
42-
+ 2 H
+
Prowadzą te reakcje bakterie siarkowe G-, urzęsione Thiobacillus
-utleniania żelaza (Thiobacillus ferroxidans), jednocześnie też i
siarkę
4Fe
2+
+ 4 H
+
+ O
2
→ 4Fe
3+
+ 2 H
2
O
Leptothrix utlenia mangan
-utlenianie wodoru cząsteczkowego (Alcaligenes eutrophus)
6H
2
+ 2 O
2
+ CO
2
→ (C H
2
O)* + 5 H
2
O
-utlenianie CO (karboksydobakterie) (Pseudomonas
carboxidomonas)
7CO + 1 ½ O
2
+ H
2
O → (C H
2
O)* + 6 CO
2
*) cykle szlaku
rybulozobifosforanowego
Bakterie nitryfikacyjne:
- bakterie utleniające amon (Nitroso-)
NH
4+
+ 1 ½ O
2
→ NO
2
ˉ+ 2 H
+
+ H
2
O Nitrosomonas europea,
Nitrosococcus oceanus, Nitrosospira briensis
- bakterie utleniające azotyn (Nitro-)
NO
2
ˉ +1 ½ O
2
→ NO
3
ˉ Nitrobacter winogradskyi, Nitrobacter
hamburgensis
ŹRÓDŁA POKARMOWE
Węgiel: CO
2
, związki organiczne, głównie węglowodory, tłuszcze,
węglowodany
Azot: N2, NH
4+
, NO
3-
Fosfor: PO
43-
, SO
42-
ŹRÓDŁA POKARMOWE - ZWIĄZKI AZOTU
Najważniejsze szlaki asymilacji azotu. Jony amonowe obecne w
podłożu są pobierane bezpośrednio do komórki. Jony azotanowe są
przekształcane do jonów amonowych w asymilacyjnej redukcji
azotanu, a azot cząsteczkowy jest przekształcany do jonów
amonowych na skutek wiązania azotu. Azot amonowy jest
wbudowany do związków organicznych albo przez glutaminę, przy
współudziale ATP albo bez udziału ATP przez bezpośrednią
reduktywną aminację 2-kteoglutaran lub pirogronian
Wiązanie azotu atmosferycznego. Reakcja N
2
do NH
3
zachodzi pod
wpływem nitrogenezy zawierającej koenzym żelazo-molibdenowy i
jest procesem wymagającym dużo energii. Azot wiąże liczne bakterie
m.in. tlenowe: Azotobacter, Azomonas, Alcaligenes żyjące w symbiozie
z roślinami Rhizobium, akterie beztlenowe: Clostidium, Dessulforibrio,
fotoautotrofy: Chlorobium, Rhodospirillum oraz sinice. Azotany to
źródło azotu, musza więc ulęgać redukcji do amoniaku (jonu
amonowego):
N
N
> HN
NH
> H
2
N-NH
2
> 2NH
3
N
2
+ 8H
+
+ 16ATP -> 2NH
3
+ H
2
+ 16ADP + 16Pi