Po podboju Bułgarii w Turcji zaczęto usuwać fizyczne znamiona istnienia chrześcijańśtwa. Po utracie autonomiznego patriarchatu dochodzi do grecyzacji chrześcijaństwa na terenach Bułgarii.

Po wybuchu powstania przeciwko Turkom doszło do rzezi Bułgarów, a wielu z nich umknęło na Wołoszczyzne w obawie przed represjami.

W XVII wieku doszło do kolejnych powstań, które również zostały krwawo stłumione.

W grecyzacji chrześcijaństwa bułgarskiego dołożył się sułtan, który zniósł arcybiskupstwo i podporządkował Kościół bułgarski patriarchatowi w Konstantynopolu, zniesiony został słowiański język liturgii. Ośrodkami schronienia kultury bułgarskiej były klasztory.

Podobna sytuacja zapanowała w Serbii. Zniesiony został patriarchat serbski. Jednak na skutek mediacji wielkiego wezyra patriarchat został ten później przywrócony.

Serbia została odbita z rąk tureckich na krótkie okres, jednak już w 1690 roku Turcy odzyskali te tereny, a serbscy chrześcijanie zaczęli uciekać na tereny znajdujące się pod panowaniem Habsburgów. W 1766/67 ponownie został zniesiony patriarchat serbski, a Kościół serbski znalazł się pod panowniem patriarchatu Konstantynopola. Jedynie Czarnogóra, mająca sojusz z Rosją, utrzymała autonomię.

Kościół rumuński nie posiadał autonomii, był zależny od Konstantynopola, przez pewien czas także od Serbii. W liturgii utrzymano język starocerkiewny. Pod koniec XVII wieku dochodzi do znacjonalizowania języka liturgii, przetłumaczona zostaję także Biblia. W XVIII wieku dochodzi do grecyzacji prawosławia rumuńskiego. Drukarnie rumuńskie doświadczały ksiąg religijnych na cały prawosławny wschód.

Rosja

Patriarchat Moskiewski związany jest z autokefalią tamtejszego Kościoła oraz zwiększającej się roli państwa moskiewskiego. Metropolita Zozyn pod koniec XV wieku ogłasza cara nowym Konstantynem i zaczął głosić teorię o trzecim Rzymie – Moskwie. Iwan Wasylewicz miał założyć nowe miasto, podobnie jak Konstantyn, nowy Rzym, po tym jak dwa poprzednie upadły. Rosja miała być centrum duchowym świata, miała być strażnikiem ortodoksji. Był to jedyny wolny kraj, nie będacy pod panowaniem muzułmańskiej Turcji (podobnie było z Gruzją, lecz była za mała, by starać się o kluczową rolę). Myślenie to dobrze oddaje koronacja Iwan Groźnego na cara wszechrocji, który został namaszczony podobnie jak miało to miejsce z władcami Konstantynopola. Mianowany przez cara metropolita ogłosił się metropolitą wszechrusi. Na prośbę cara Fedora wysłane został poselstwo do Konstantynopola, a Jeremiasz II wyświęcił Hioba na patriarchę moskiewskiego. Sam Jeremiasz nazwał cara „chrześcijańskim cesarzem, panującym nad wszystkimi władcami chrześcijańskimi”. Patriarchat moskiewski otrzymał piąte miejsce wśród patriarchatów. Został on także potwierdzony przez synod, który to polecił wymieniać cała Rosji w liturgii, jako najbardziej chrześcijańskiego monarchę.

Powstały dwa obozy – józefici/osiflanie (Józef Wołocki), jak i stronnictwo Nila Sorskiego. Józef Wołocki ogłosił, że życie klasztore jest formą społecznej, dobroczynnej pomocy dla ludzi. Głosił potrzebę majątku zakonu, by mógł on kontynuować swoją misję. Nil Sorski głosił potrzebę życia kontemplatywnego, propagował życie w eremach i pustelniach, wyrzeczenie się majątku, jak i działalności dobroczynnej. Osiflanizm stał na stanowisku ścisłego podporządkowania cerkwii państwu, nazywali cara „drugim po bogu”, „następcą boga”.

1551 – synod odprawiony pod przewodnictwem metropolity Makarego. Synod stugłowy przyjął szereg przepisów dotyczących odnowy życia zakonnego, kształcecia. Synod uznał, że cele państwa i cerwkii powinny być wspólne. Za czasów Ivana IV Groźnego cerkiew całkowicie podporządkowała się władcy. Metropolici mogli być znoszeni przez cara, z którego to prawa z chęcia korzystano.

W 1598 roku w wyborze cara główną rolę odegrał patriarcha Hiob. Zwołuje on synod, który to obrał nowego monarchę.

Autorytet Kościoła wzrósł w czasie Wielkiej Smuty. Patriarchat był głównym źródłem oporu dla Polski i katolicyzmu. Carem został Michał Romanow, syn patriarchy Filareta. Filaret zwołał synod, na którym wydano szereg zarządzeń, które miały przeciwstawiać się wpływom polsko-litewskim, uznano również chrzest łaciński za nieważny. Filaret wziął także w obronę prawosławnych w Polsce. 1625 – patriarchat przejął władze rozporządzeniem króla nad wszelkimi zakonami.

Powstała wtedy koncepcja, że prawosławie Rosyjskie jest wyższe od katolicyzmu, herezji luterańskiej, jak i prawosławia bizantyjskiego. Doprowadziło to do powstania raskołu, który to doprowadził do podziału w cerwkii.

Na początku XVII wieku zaczęto dążyć do reformy ksiąg liturgicznych, jednak zostąło to odrzucone przez synod. Mimo to patriarcha przyjął reformę, która chciała oczyści liturgię z miejscowych naleciałości, gdyż oddalało to od czystego prawosławia. W reformie dążono takżę, by wyższe warstwy życia żyły na sposób chrześcijański.

Patriarcha Nikon wprowadził kolejne reformy, szczególnie w rytuale. Zmiany te uznano jako atak na prawdziwą wiarę, odejście od ortodoksji. Część księży, w tym Awwakum, nie przyjęła tych reform i wypowiedziała posłuszeństwo patriarsze. Utworzyli oni nową społeczność – staroobrządkowców, bądź też raskolników – rozłamowców. Przy współpracy patriarchatu z państwem zaczęto prześladować staroobrządkowców, co zakończyło się pozbawieniem ich wszelkiej hierarchii. Doprowadziło to do rozłamu w kręgu starobrzędowców na popowców i bezpopowców.

Gdy cerkiew zaczęła dążyć do niezależności od cara wywołało to opór cara i bojarswa. Walka cara z patriarchą skończyłą się kleśką Kościołą, którą to potwierdził synod moskiewski, który wykłał wszystkich, którzy byli przeciwko reformom Nikona, którego to jednocześnie zdegradował do stanu świeckiego.

Spór teologiczny pomiędzy szkołą moskiewsko-grecką, a kijowską wybuchł o moment konsekracji chleba. Szkoła kijowska łączyła przeistoczenie ze słowami wypowiadanymi przez kapłana „bierzcie i jedzcie, to jest bowiem ciało moje”. Szkoła moskiewska uznawała, że przeistoczenie ma miejsce dopiero w czasie cichej modlitwy kapłana. Podczas synodu moskiewskiego potępiono teologów szkoły kijowskiej, a podręczniki teologicznej tej skzoły wycofane zostały z obiegu.

Nowy car Piotr Wielki ropoczął proces europeizacji Rusi, w tym cerwkii.

W 1700 car Piotr I przeniósł początek roku na 1 stycznia. Po śmierci patriarchy nie zezwolił na jego wybór, lecz mianował stróża tronu patriarszego, a stolice biskupie zaczął obsadzać swoimi ludzmi, głównie ukraińcami. Reformy zaczęto od częściowego upaństwiowienia dóbr kościelnych. Cerkiew otrzymała nowy ustrój, patriarchat został zniesiony, a zastąpiony zsotał „świątobliwym synodem”, ciałem kolegialnym, które to miało zarządzać sprawami cerkwii, a władzy carskiej sam bóg miał nakazywać poddaństwo. W gestii biskupów pozostał jedynie zarząd majątkiem kościelnym oraz szkolenie kleru. Dekrety świątobliwego synodu ukazywały się w imieniu cara, nie zaś Kościoła. Zmniejszono liczbę klasztorów, a liczba mnichów została zmniejszona. Zakazano włóczęgostwa mnichów. Car zobowiązał także ludność do rocznej spowiedzi, z którego to obowiązku można się było wykupić. Uznano także ważność chrztu kalwińskiego i luterańskiego. Wprowadzono także dodatkowy podatek dla starowierców oraz osoby noszące brody. Staroobrzędowcy mieli także nakaz wyróżniania się strojem. Po śmierci cara stan cerkwii był opłakany.

Za czasów carycy Katarzyny II podjęto dalsze reformy kościelne. Była ona wyznawczynią racjonalizmu i deizmu. W 1764 roku przeprowadziła ona sekularyzację dóbr klasztornych. Ograniczono liczbe kandydatów do zakonu, zniesiono także ich liczbe (klasztorów). W 1762 caryca toleranycjnie odniosła się do starowierców, a gdy zgromadziła ich w jednym miejscu, w 1764 deportowała ich na Syberię. W wyniku zabrów przyłączono w tym czasie do Rosji miliony unickich białorusinów i ukraińców, których to również nawracano na prawosławie.

Za panowania cara Pawła I, który zaczał się tytuować głową Kośćioła, cerkiew była już w całości podporządkowana władzy świeckiej.

W XVIII wieku cerkiew podjęła także szeroką misję wśród ludów niechrześcijański zamieszkujących na terenie Rosji. Misjonarzy przygotowywała akademia w Kazaniu. Tłumaczono tam Biblię na języki ludów syberyjskich. Założono prawosławne towarzystwo misyjne, które zajęło się terenami Sybierii. Misje te popierały władze państwoe, które widziały w misjach element rusyfikacyjny wśród tych ludów. Misja udała się także do Japonii w 1861 roku. W 1875 dwaj pierwsi japończycy otrzymali święcenia kapłańskie.

W 1894 roku umiera car Aleksander III. W całej Rosji podnosiły się głosy niezadowolenia, a niepokoje społeczne i strajki zaczęły rozsadzać cesarstwo od wewnątrz. Rewolucja ta wniknęła także w szeregi niższego duchowieństwa, zaczęto daążyć, by cerkiew uniezależńiła się od państwa. Zwolennikiem tego był biskup Antoni Chrapowicki, który stworzył program odnowy cerkwii. W 1905 roku do metropolity peterburskiego skierowany został memoriał, który wnosił o otworzenie synodu, na który to miał został zaproszony niższy kler. Memoriał ten dostał aprobatę premiera carskiego. Po konsultacji z metropolitami car Mikołaj II zgodził się na zwołanie synodu narodowego w Petersburgu, jednocześnie odwołany został uberprokurator cerwii. Po rozwiązaniu Dumy car zawiesił także działanie synodu, jednak święty synod po pewnym czasie ponownie wznowił działanie synodu. Po abdykacji cara synod opowiedział się za przywróceniem patriarchatu. Patrairchą został metropolita moskiewski Tichon. Biskupi otrzymali wyłączność w prawach wiary, miejsce świątobliwego synodu utworzona została najwyższa rada kościelna, której przewodniczył patriarcha. Tichon uznał rząd tymczasowy. Niedługo potem doszło jednak do kolejnej rewolucji, w wyniku której władze przejął Włodzimierz Lenin.

Cerkiew została upaństwowiona, zsekularyzowano szkolnictwo. Tichon nawoływał do modłów przeciwko szatanowi. Doszło do ścisłego rozdziału pomiędzy Kościołem a państwem. Dekret ten ozanczał, że państwo przejmowało na własność wszelkie majątki cerkwii, zakazano nauczania dzieci religii, zbierania na ofiarę. Dochodziło do licznych zabójstw hierarchów, zsyłano ich także do obozów pracy. Patriarcha Tichon ogłosił klątwe na wrogów Chrystusa, zaapalewał do wiernych o modlitwę w obronie prześladowanego Kościoła. W 1918 roku władze rozgnoniły synod zwołany do Moskwy, zakazano noszenia strojów duchownych. Rok później wprowadzono cenzurę kazań, utworzony został także ciężki łagier dla duchownych. Lenin zarządził także krawą rozprawę z klerem. Oddziały rewolucyjne napadały na parfię, a ludność broniąca mordowano, bądź więziono. Rozpoczęły się procesy pokazowe zakonników i księży. Państwo zarządało w 1922 roku wydanie ksztownośći liturgicznych, na co zaprotestował patriarcha, w wyniku czego został on na rok zatrzymany.

W wyniku tych prześladowań dochodzi w cerwkii do rozłamu. Na jego czele stanął patraircha Aleksander Wienski. Zwołał on synod, na którym komunizmu utożsamiono z Ewangelią, a rewolucję uznano za coś pozytywnego. Zniesiono celibat. Żywa cerkiew została dobrze przyjęta przez władzę, a stara cerkiew została zakazana. Żywa cerkiew nie została jednak przyjęta przez społeczeństwo, a parafie wycofywały się z wprowadzonych zmian.

W 1923 roku patriarcha Tichon złożył obietnice wspólpracy, w wyniku czego został zwolniony z więzienia. W niedługim czasie jednak umiera, a kandaydtów na następce zostali zaaresztowani. Dopiero gdy Sergiusz złożył deklarację współpracy pozwolono na wybór nowego patriarchy. Deklaracja ta jednak doprowadziła do zerwania łączności pomiędzy patriarchatem, a częścia metropolii. Zaczęto tworzyć struktury kośćioła podziemnego.

Przejęcie władzy przez Stalina chwilowo zmniejszyło represję wobec cerwkii.