Trzeci okres działalności Komisji Edukacji Narodowej
Szkoły Narodowe: Słabnie inicjatywa Komisji. Swoje wysiłki kieruje głównie w stronę wprowadzania w życie Ustaw. Podzielono szkolnictwo na dwie prowincje, koronną i litewską.W ich
obrębie potworzono wydziały w Poznaniu, Warszawie, Krzemieńcu, Winnicy, Grodnie, Kroże, Nowogródku, Brześciu i dziesiąty osobny wydział pijarów.
Komisja utrzymywała 74 szkoły średnie w tym 34 akademickie, a resztę prowadziły zakony. Szkoła
Główna w Wilnie przyjęła wszystkie zarządzenia Komisji. Jednak w praktyce stosowano je zaledwie połowicznie.Szkoła Główna krakowska za rektora Huga Kołątaja była pełna poparcia
dla reformy szkolnej a młode pokolenie nauczycieli świeckich było jej oddane. Rektorowie (niektórzy exjezuici) popierali ją szczerze, a wizytatorzy pilnowali jej realizowania. Jednak ilość uczniów była mniejsza niż za czasów jezuickich, gdzie szkoły liczyły po 600 a obecnie nie było nawet 1/3 części liczby uczniów. Najniższa frekwencja była w szkołach akademickich nieco wyższa w zakonnych. Na 100 uczniów zaledwie 20 kończyło nauki. Dzieci pochądzące z zamożnej szlachty
rzadko uczęszczały do szkół Komisji. Szkoły te zapełniała młodzież plebejska i uboga szlachta. Nie przyjmowano żydów, by nie narazić ich na nieprzyjemności ze strony innych uczniów, pozwolono udzielać im prywatnych lekcji. Poza tym na Mazowszu w czasie żniw szkoły pustoszały. Najgorzej wykładano historię naturalną gdyż nauczyciele w tej dziedzinie się nie kształcili. Komisja postanowiła usunąć zoologię z programu z powodu braku dobrego podręcznika. Matematyka natomiast była wykładana na dobrym poziomie w szkołach akademickich ( do tego przedmiotu Komisja miała dobre podręczniki) a w szkołach jezuickich była ona uczona słabo, gdyż zakonnicy jej nie rozumieli i nazywali ją „szarlatanerią”. Za to w szkołach jezuickich dobrze uczono łaciny. Komisja do 1783 roku zdołała zaledwie zaopatrzyć w podręczniki niższe klasy. Najlepszymi podręcznikami były:gramatyka polsko-łacińska Kopczyńskiego, arytmetyka, geometria i algebra. Dla klas wyższych dopiero w późniejszych latach wydano mechanikę i wymowę (Piramowicza). Nie zdążono wydać podręczników do nauki chrześcijańskiej, prawa, historii rzymskiej, średniowieznej ani nowożytnej, geografii, rolnictwa, ogrodnictwa, historii kunsztów, logiki. Przyczyną powolności Komisji było to, że w Polsce brakowało fachowców do tłumaczenia książek z języków obcych na język polski. Brakowało również w szkołach przyżądów do geometrii. Największą jednak przyczyną niepowodzeń Komisji było wrogie nastawienie duchowieństwa co do reform i niechęć szlachty do nowych szkół. Exjezuici zajmujący stanowiska kierownicze, nauczycielskie, w nowym szkolnictwie starali się od wewnątrz ośmieszać zarządzenia Komisji i wykonywać je na opak. Chętnie tolerowali nieobecność młodzieży, pdbużali ją przeciwko świeckim nauczycielom i potępiali nowe podręczniki.Szlachta nażekała że młodież nie nauczy się łaciny, która jest potrzebna by rozumieć akty sądowe. Pod wpływem tych zarzutów Komisja rozporządziła w 1788 r. by w niższych klasach mówiono po łacinie.
Szkoły Główne:Praca tych szkół również nie odbywała się bez trudności i konfliktów.Jeśli chodzi o uniwersytet w Wilnie to jego działalność rozwijała się powoli. Komisja swą uwagę skupiła na rozwoju uniwersytetu krakowskiego w którym kształciło się młode pokolenie nauczycieli.Tutaj pojawiły się problemy z przebudową starej organizacji na nową. Starzy profesorowie nauczeni pokory, milczenia, skromności nie mogli przyzwyczajić się do młodych profesorów, którzy posiadali energię, dużą wiedzę, wykształcenie zagraniczne. Młodzi profesorowie ożywili uniewersytet, byli oni również popierani przez Kołłątaja. Kłopoty pojawiły się gdy rektorem został Feliks Oraczewski. Ów rektor na własną rękę uzyskiwał u Komisj nominacje dla profesorów, prezesów kolegium, dobierając sobie w ten sposób osoby powolne, dla uniwersytetu niepożądane.Taka sytuacja doprowadziła do konfliktów między gronem profesorskim a rektorem. Komisja widząc to wprowadziła dwie zmiany do „Ustawy dla stanu akademickiego”. Pierwsza, to samorząd uniwersytecki mógł sam wybierać rektora, prezesów kolegiów i urzędników. Druga zmiana dotyczyła usunięcia „ducha zakonnego”, czyli zniesiono ubiór klerycki, skasowano nadzorczy urząd prefekta. Pozostawiono nauczycielom jak i kandydatom na nauczycieli większą swobodę w urządzaniu sobie życia. Nowe Ustawy wprowadziły harmonię Szkół Głównych w stosunku do Komisji.