Metoda kwadratów -("kwadratem" określa poletko, które stanowi próbę do oceny zagęszczenia populacji). Ogólną zasadą tej metody jest policzenie wszystkich osobników w kilku kwadratach o znanej wielkości, a następnie ekstrapolowanie uzyskanych wyników uśrednionych na całą populację. Umownym kwadratem jest znana powierzchnia o dowolnym kształcie lub znana objętość (przy określaniu zagęszczenia organizmów żyjących w wodzie lub glebie). Próby pobiera się przy pomocy czerpaków, siatek, wycinków mułu lub gleby (np. przy liczeniu mezofauny glebowej).

Aby uzyskane w ten sposób wyniki były wiarygodne, muszą być spełnione trzy warunki:

* liczba osobników w każdej próbce musi być oceniona bardzo dokładnie;
* powierzchnia każdego kwadratu musi być dokładnie oszacowana;
* kwadraty, z których pobierane są próby do obliczeń, muszą być reprezentatywne dla całego obszaru zasiedlonego przez populację. Aby spełnić ten warunek
powinno się wybierać miejsca pobierania prób w sposób losowy.


W zależności od gatunku badanych organizmów, osobniki w kwadratach mogą być policzone bardzo dokładnie (do 1 osobnika
np. rośliny) bądź z pewnym przybliżeniem.
Dla różnych gatunków roślin i zwierząt opracowane zostały różne techniki oceny zagęszczenia tą metodą. Metoda kwadratów jest szeroko stosowana w ekologii roślin. Jednym z jej wariantów jest metoda ramkowa, wykorzystywana w ścisłych badaniach rolniczych (np. do wyznaczania progów zagrożenia chwastów w uprawach, do oceny skuteczności stosowania herbicydów itp.).
Do oceny zagęszczenia populacji jakiegoś gatunku chwastu lub rośliny uprawnej wykorzystujemy zwykle ramkę o pow. 0,25 m2 (o rozmiarach 10 cm x 250 cm), a uzyskany wynik odnosimy do 1 m2. Stosujemy zwykle 4 powtórzenia (4 rzuty losowe). Uzyskane wyniki poddaje się weryfikacji statystycznej.

Przykład obliczenia zagęszczenia populacji fiołka polnego (Viola arvensis):

Na poletku doświadczalnym wykonano 3 rzuty losowe (ramka o powierzchni 0,25 m2; wymiary 10 cm x 250 cm) w celu oznaczenia zagęszczenia populacji gatunku w okresie wiosennym. Określić zagęszczenie populacji (w sztukach na 1 m2):

1. 25 szt.
2. 17 szt.
3. 30 szt.

Zagęszczenie populacji wynosi średnio:
24 szt. na powierzchni 0,25 m2, czyli 96 szt.•na 1 m2.

Inne techniki, to np. metoda transektów (w lesie). Polega ona na wyznaczeniu linii o długości np. 200 m i liczeniu wzdłuż niej (w pasie o szerokości 1 m) wszystkich osobników drzew danego gatunku. Obliczając zagęszczenie starych drzew oraz zagęszczenie siewek możemy określić przyszłe zmiany liczebności populacji.