Enzymologia  materiały
wykładowe
CENTRUM (MIEJSCE) AKTYWNE ENZYMU
Miejsce katalityczne
Miejsce
wiązania
substratu
MIEJSCE AKTYWNE
KARBOKSYPEPTYDAZY A
Karboksypeptydaza A
" Enzym proteolityczny.
" Hydrolizuje substraty
białkowe od C-końca.
" C-końcowy
aminokwas substratu
powinien zawierać
pierścień aromatyczny
lub rozbudowany
alifatyczny łańcuch
boczny.
Modele wiązania substratu
Model Ogstona
Model Ogstona  trójpunktowego wiązania substratu
Istota aktywacji
" Wzbudzone dopasowanie
" Destabilizacja substratu
" Efekty entropowe
Diagram Clelanda
" Reakcja jednosubstratowa
E + S ES EP E + P
S P
E (ES; EP) E
Mechanizm sekwencyjny losowy
Diagram Celanda
S1 S2 P
ES1
(S2ES1)
E
E
(EP)
S2E
S2 S1
Kinaza kreatynowa (CK, CPK)
EC 2.7.3.2 - fosfotransferaza ATP-kreatyna
Mechanizm sekwencyjny
uporządkowany. Diagram Clelanda
S1 S2 P
E ES1 (S2ES1) E
( EP)
Dehydrogenaza mleczanowa (LDH)
EC 1.1.1.27 oksydoreduktaza L-mleczan :NAD
Mechanizm podwójnego
przeniesienia. Diagram Clelanda.
S1 - x P1 S2 P2 - x
x - ES2
ES1  x
EP2 - x
x - E
x - EP2
E E
Aminotransferaza asparaginianowa (AspAT,AST)
EC 2.6.1.1
aminotransferaza L-asparaginian:2-oksoglutaran
Sposoby badania mechanizmów
reakcji dwusubstratowych
" Szybkość reakcji jest mierzona jako funkcja stężenia substratu.
" Mechanizmy sekwencyjne: Mechanizm ping-pong BiBi
Wzrastające
1/v0
stężenie
1/v0
substratu B
Wzrastające
stężenie
substratu B
1/[A] 1/[A]
-1/KsA
Rozpoznawanie mechanizmu reakcji
dwusubstratowej przez hamowanie produktami
Dehydrogenaza mleczanowa
(S1) (S2)
(P1) (P2)
" P2- drugi produkt (NAD+) współzawodniczy z wiodącym substratem S1 (NADH) o
centrum aktywne enzymu i dlatego jest inhibitorem kompetycyjnym przy stałym
[pirogronianu].
" Pirogronian wiąże się tylko z ENADH, czyli NAD+ jest mieszanym inhibitorem dla
pirogronianu przy stałym stężeniu NADH.
" Mleczan, który łączy się z E-NAD+ jest mieszanym inhibitorem dla NADH przy
stałym stężeniu pirogronianu oraz wobec pirogronianu przy stałym stężeniu NADH.