DNA
Napisz wzorami strukturalnymi (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
nukleotyd będący częścią DNA, zawierający zasadę azotową komplementarną do adeniny.
dinukleotyd zbudowany z nukleotydów, pomiędzy którymi tworzą się w cząsteczce DNA trzy wiązania wodorowe.
dinukleotyd zbudowany z nukleotydów: a) najczęściej ulegającego w DNA metylacji i b) ulegającego uszkodzeniu po wpływem UV.
dinukleotyd zbudowany z dwóch nukleotydów będących częścią DNA, zawierających zasady purynowe.
dinukleotyd zbudowany z dwóch nukleotydów będących częścią DNA, zawierających zasady pirymidynowe.
zasadę azotową, która powstaje na skutek spontanicznej deaminacji 5-metylocytozyny.
reakcję katalizowaną przez glikozydazę uracylową DNA.
Napisz używając symboli lub pełnych nazw biochemicznych w formie równania reakcję (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
katalizowaną przez odwrotną transkryptazę.
katalizowaną przez białko FEN w procesie wycinania startera podczas replikacji DNA jądrowego
katalizowaną przez polimerazę DNA.
katalizowaną przez ligazę DNA.
katalizowaną przez mitochondrialną polimerazę DNA.
(przyłączenia jednego nukleotydu) katalizowaną przez polimerazę DNAδ (delta).
katalizowaną przez primazę.
katalizowaną przez 3' 5' egzonukleazę DNA.
Wymień:
nazwy systemów naprawiających DNA i podaj po jednym przykładzie uszkodzenia przez nie naprawianego. MISMATCH, BER, NER
etapy izolacji DNA z krwi szczura, napisz dlaczego izolację przeprowadza się w obecności EDTA.
EDTA- bo wiaze jony metali dwuwartosciowych, które moglyby aktywowac enzymy trawiace dna
Degradacja blon kom i jadrowych za pomoca detergentow, usuniecie bialek przez wykorzystanie roznicy powinowactwa bialek i kwasow nukleinowych do chloroformu, wytracenie kwasow za pomoca alkoholu izopropylowego, przemywanie etanolem w celu zageszczenia i usuniecia zanieczyszczen, wysuszenie i rozpuszczenie w wodzie
składniki nukleosomu. 2x H2A, 2x H2B, 2xH3, 2xH3
trzy białka biorące udział w replikacji, które rozkładają ATP. HELIKAZA, LIGAZA, RFC (w remodelingu- brg1, swi, snf)
białkowe składniki kompleksu przeprowadzającego inicjację replikacji na nici wiodącej u eukariontów. ORC, CDC6,CD1, MCM2-7
kolejne enzymy uczestniczące w biosyntezie nici DNA z fragmentów Okazaki. RNAZA, FEN1, LIGAZA dna
trzy główne rodzaje uszkodzeń DNA w wyniku działania reaktywnych form tlenu. Rozerwanie wiazania fosfodiestrowego,
trzy przyczyny częstszego uszkodzenia mitochondrialnego DNA w porównaniu z jądrowym.
trzy transferazy uczestniczące w procesie replikacji DNA.
trzy hydrolazy uczestniczące w procesie replikacji DNA.
polimerazy DNA uczestniczące w procesie replikacji DNA jądrowego. Pol alfa, beta, sigma, epsilon
enzymy uczestniczące w systemie wycinania zasad w DNA zawierającym uracyl.
Przedstaw graficznie:
Narysuj schemat (używając symboli lub nazw biochemicznych):
przedstawiający na widełkach replikacyjnych wszystkie etapy procesu syntezy DNA zachodzącej w komórkach eukariotycznych z uwzględnieniem białek i enzymów uczestniczących w tym procesie.
przedstawiający etapy techniki laboratoryjnej umożliwiającej identyfikację specyficznych sekwencji DNA przy ich jednoczesnym namnożeniu.
Oblicz:
RNA
Napisz wzorami strukturalnymi (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
nukleotyd znajdujący się na końcu 3' dojrzałego transkryptu klasy II.
kwas 5'-adenylowy, podaj symbol biochemiczny tego związku.
dinukleotyd zbudowany z dwóch nukleotydów będących częścią RNA, zawierających zasady pirymidynowe.
trinukleotyd będący produktem transkrypcji na matrycy DNA o następującej sekwencji - ACT.
nukleotyd znajdujący się na końcu 5' dojrzałego transkryptu klasy II.
reakcję edytowania RNA prowadzącą do pojawienia się w dojrzałym transkrypcie inozyny.
reakcję edytowania RNA prowadzącą do pojawienia się w dojrzałym ApoB48 dodatkowego kodonu stop.
trinukleotyd znajdujący się na końcu 3' dojrzałej cząsteczki tRNA.
dinukleotyd tworzący „czapeczkę” na końcu 5' dojrzałego mRNA.
dinukleotyd zbudowany z nukleotydów wchodzących w skład sekwencji DNA determinującej start procesu transkrypcji.
Napisz używając symboli lub pełnych nazw biochemicznych w formie równania reakcję (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
reakcję procesu transkrypcji hamowaną przez -amanitynę.
dostarczającą energii niezbędnej w procesie syntezy łańcucha RNA na matrycy DNA.
katalizowaną przez nukleotydylotransferazę tRNA (niezależną od matrycy).
Wymień:
rodzaje RNA występujące w mitochondriach.
modyfikacje jakim może ulec mRNA w komórkach eukariotycznych.
trzy nietypowe nukleozydy występujące w kwasach rybonukleinowych.
enzymy uczestniczące w tworzeniu „czapeczki” w pre-mRNA.
Przedstaw graficznie:
Narysuj schemat (używając symboli lub nazw biochemicznych):
ilustrujący przebieg modyfikacji transkryptów klasy II.
Oblicz:
TRANSLACJA
Napisz wzorami strukturalnymi (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
dwunukleotyd zbudowany z nukleotydów pirymidynowych wchodzących w skład antykodonu dla kodonu startowego translacji.
trinukleotyd będący antykodonem do kodonu AGC.
Napisz używając symboli lub pełnych nazw biochemicznych w formie równania reakcję (zaznacz ewentualny udział koenzymów):
katalizowaną przez peptydylotransferazę.
aktywacji aminokwasu inicjującego translację w mitochondriach.
katalizowaną przez peptydazę sygnałową.
Wymień:
białka uczestniczące w kotranslacyjnym transporcie białek do ER.
trzy białka biorące udział w translacji, które hydrolizują GTP.
trzy antybiotyki będące inhibitorami translacji i podaj, które etapy hamują.
trzy cechy kodu genetycznego.
Przedstaw graficznie:
Narysuj schemat (używając symboli lub nazw biochemicznych):
przedstawiający wpływ puromycyny na przebieg translacji.
przedstawiający terminację translacji.
kotranslacyjnego transportu białek do ER.
inicjacji translacji.
regulację inicjacji biosyntezy globiny przez hem.
translacyjny cykl elongacyjny.
regulację inicjacji translacji przez czynniki wzrostowe.
Oblicz: