1. Co to jest STS ?

STS mapping - mapowanie miejsc znakowanych sekwencją; rodzaj mapowania fizycznego; wykorzystujemy w nim komplet pociętych fragmentów dużego genomu (np. ludzkiego) wstawionych w np. sztuczne chromosomy drożdżowe YAC; fragmenty te muszą zawierać specyficzne sekwencje - każda z sekwencji występuje tylko raz w całym genomie, ale w każdym fragmencie występują przynajmniej dwie różne sekwencje specyficzne; tworzymy specjalnie wyznakowane sondy, komplementarne do odpowiednich sekwencji (każda sonda wyznakowana inaczej, w zależności od tego do której sekwencji jest komplementarna); jeśli ta sama sonda przyłączy się do sekwencji w 2 różnych fragmentach genomu (a do drugiej sekwencji przyłączą się w obu przypadkach inne sondy), to oznacza, że fragmenty te zachodzą na siebie; wykorzystując te obserwacje można uporządkować bibliotekę fragmentów genomu i ułożyć mapę STS.

2. 
   Określ liczbę możliwych struktur pentapeptydu, jeśli wykres Ramachandrana wygląda następująco:

Będą to trzy struktury:

- lewy górny obszar - β kartka

- lewy dolny obszar - prawoskrętna α helisa

- prawy obszar - lewoskrętna α helisa

3. Oblicz odległość między dwoma punktami na drzewie metodą UPGMA (tu odpowiedni schemat drzewa).

np. tu odległość między B i E wynosi:

1+1+1+1+2=6

Albo odległość między AB i C wynosi:

1+1+2=4

4. Co oznacza węzeł na drzewie pokrewieństwa?

Węzeł - reprezentuje jednostkę taksonomiczną (populację, organizm, gen), może przedstawiać współcześnie istniejący takson lub jego przodka.

5. Grupy jakich aminokwasów mogą tworzyć wiązania wodorowe?

Wiązania wodorowe są utworzone przez wszystkie grupy CO i NH aminokwasowego łańcucha głównego z wyjątkiem aminokwasów skrajnych (np. na końcu helisy α)

6. Dlaczego opuszczamy obszary o małym dopasowaniu?

Opuszczamy je, ponieważ chcemy uzyskać optymalne dopasowanie. Porównujemy każdą parę znaków 2 sekwencji uwzględniając wszelkie dopasowania, niedopasowania i przerwy, po czym wybierana jest tylko optymalna ścieżka (optymalne dopasowanie)

7. Wady metody ab initio

- wymagają ogromnych mocy obliczeniowych (trzeba wykonać ogromną ilość obliczeń)

- za pomocą tej metody można dziś obliczać tylko proste związki, bo te większe i bardziej skomplikowane wymagają zbyt wielu obliczeń

8. Ograniczenia i wady NMR

- ograniczenia wielkości białek - metoda ta nie może być wykorzystywana do pomiarów białek o masach przekraczających 30kD

- kosztowne znakowanie izotopowe

- wymaga dużej ilości materiału oraz długotrwałych pomiarów

- mniejsza dokładność niż w krystalografii

9. Które aminokwasy są najbardziej mutabilne w metodzie PAM?

Najbardziej mutabilne są te, które mają najwyższe prawdopodobieństwo substytucji przez inny aminokwas - najwyższe wartości w okienkach macierzy (wartości prawdopodobieństw nie mogą leżeć na diagonali)

10. Jak rozpoznać nieuporządkowane obszary metodą krystalograficzną?

W metodzie krystalograficznej na regiony nieuporządkowane wskazuje brak współrzędnych (koordynatów) na danym obszarze.

11. Narysuj wiązania wodorowe w niżej wymienionych wzorach strukturalnych.

12. Wyznacz konsensus dla pewnych sekwencji:

AAAAAAA

ABBBACA

ABCBADA

ABDACBA

100%-75%-25%-50%-75%-25%-100%

LCRy - tu nie wiem

13. Co to jest proteom, transkryptom?

proteom - zespół wszystkich białek zawartych w organizmie

transkryptom - zespół wszystkich transkryptów (sekwencji mRNA) zawartych w organizmie

14. Definicja genu.

GEN - podstawowa jednostka dziedziczenia; sekwencja genomowa (DNA lub RNA) bezpośrednio kodująca fukcjonalne produkty w postaci RNA lub białek

15. Jaki rodzaj mapy przedstawiono (genetyczna/fizyczna)?

Wiadomo

16. Aj = Pe/Po, uzupełnić: a)jeżeli Aij<0 to ………. jest większe b) jeżeli Aij>0 to……….. jest mniejsze c) jeżeli Aij=0 to………….. jest takie samo d) jeżeli Aij + 1 to logarytm 10 x większy

Tu chyba jest błąd i powinno być Po/Pe. dla Aij = Po/Pe:

1. jeżeli Aij<0 to prawdopodobieństwo substytucji jest mniejsze

2. jeżeli Aij>0 to prawdopodobieństwo substytucji jest mniejsze

3. jeżeli Aij=0 to prawdopodobieństwo substytucje jest takie samo

4. jeżeli Aij +1 to prawdopodobieństwo substytucji jest 10 razy większe

17. Które genomy nie zostały w pełni zsekwencjonowane: Canis lupus, Arabitopsis thaliana, E. coli K12, Saccharomyces pombe, Bos taurus?

Canis lapus, Bos Taurus

18. Wypisz 3 metody tworzenia drzew filogenetycznych, podaj tylko pełne nazwy

- Metoda maksymalnej parsymonii MP

- Metoda maksymalnej wiarygodności ML

- Metody oparte na odległościach - metody dystansowe (p-dystans)

19. Który program wybrać przy przeszukiwaniu bazy SwissProt mając daną sekwencję X aminokwasową w poszukiwaniu homologów?

1. blastp - białko na białko

blastn - sekw nukleotydowa na sekw nukleotydową

blastx - sekw nukleotydowa na białko

tblastn - białko na transkrypt

tblastx - transkrypt na transkrypt

20. Jak najlepiej przedstawić wiązanie atom-ligand (metody do wyboru: all-atom, powierzchniowo, strukturą wstążki)?

Chyba all-atom

21. Jakiego programu użyć do przewidywania homologów struktur białkowych?

SwissModel

22. Co to jest OTU?

OTU - operacyjna jednostka taksonomiczna; dla poszczególnych OTU analizujemy zależności filogenetyczne, np. metodą UPGMA czy NJ

23. Ograniczenia metody krystalografii w tworzeniu struktur trzeciorzędowych białek, wady krystalografii

- trudność rozwiązania struktury białka posiadającego dynamiczną pętlę

- konieczność posiadania kryształu białka o wysokiej jakości, którego „wyhodowanie” jest procesem długotrwałym i często wymaga dużej ilości materiału

24. Długość wiązania N-C, C-C w białkach

N-C - 1,32Å

C-C - 1,51Å

25. Co to jest STRs? a ) mikrosatelity b) minisatelity c) powtorzenia tandemowe d) markery genetyczne

26. Co to jest RFLP - marker genetyczny, miejsce cięcia enzymów restrykcyjnych

27. E value = 10 - co to znaczy?

Oznacza to, że oczekuje się 10 dopasowań z punktacją równą przynajmniej S.

28. Możliwość dopasowania dwóch sekwencji z istotna wartością S oznacza wskazówka że kodowane białka mają podobną strukturę i funkcje, oraz że mogą być homologami.

5.STS to : mapowanie miejsc znakowanych sekwencją , jedna z metod mapowania fizycznego

14.do metod fizycznego mapowania genów nie należy:

1. mapowanie restrykcyjne

2. fish

3. mapowanie miejsc znaczonych sekw.

Krzyżówka trójpunktowa

7.Skrót EST oznacza

1. znaczniki sekwencji ulegających ekspresji

2. expressed segment tags

3. expressed segment flags

4. żadne

8.E = 10 oznacza że:

1. p-stwo zaobserwowania podobieństwa równego zaobserwowanej wartości S między dwiema losowymi sekwencjami =10

2. oczekiwana liczba losowych dopasowań o wartości S wyliczonych dla znalezionego alighmentu =10

3. znaleziono 10 dopasowań o takiej samej wartości

4. wszystkie prawidłowe

13.wymień przynajmniej 2 zastosowania wielokrotnego alighmentu.

1. Do utworzenia drzew filogenetycznych

2.

10. Porównując odległe ewolucyjnie sekwencje aminokwasów powinniśmy oprzeć system wartościowania alighmentu na:

1. macierzach PAM 250 i BLOSUM 45

2. PAM 1 i BLOSUM 62

3. PAM 120 i BLOSUM 80

4. Unikać macierzy PAM i BLOSUM

16. program t blast x służy do:

1. przeszukiwania bazy nukleotydowej sekwencji DNA

2. -`'-`'-`'-`'-`'-`'-`'-`'- białkowej sekwencji aminokwasowych

3. -`-`'-`'-`'-`'-`'-`'-`'-`'nukleotydowej (tłumaczonej w ??? )sekwencją nukleotydową (także tłumaczoną na aa)

4. tworzenia macierzy PSSM

7.Algorytm programu Basic Local Aligsment Search Tool opiera się na Tworzenie listy słów znaków o zadanej długości i określenie sąsiadujących (podobnych) słów - neighorhood words (dla sekwencji aminokwasowych).
10.Podaj metody tworzenia drzew filogen.,które się nie opierają na macierzach odległości MP (metoda maksymalnej parsymonii) i ML (metoda maksymalnej wiarygodności)

14.Odczynnikiem do mapowania mogą być?
18.Możliwość dopasowania 2 sekwencji z istotną wartością,coś tam? - programowanie dynamiczne (?)

17. Algorytm tworzenia alighmentu opiera się na..... Czy punktacja dopasowania jest znacząco większa od punktacji oczekiwanej dla dopasowania losowych sekwencji o tej samej długości i składzie?

1.Tworzenie metodą Monte Carlo losowych(-ej) sekwencji (o tej samej długości i składzie co rzeczywiste).

2.Przyrównanie losowych(-ej) sekwencji (powtórzenie np. 100-1000 razy) przy tych samych parametrach dopasowania.

3.Określenie rozkładu punktacji, średniej i odchylenia standardowego (SD).

4.Wyliczenie Z-score

11. metody odległościowego tworzenia drzew filogenetycznych to:

1. NJ, MP, ML

2. Maxymalnej parsymonii, NJ, , ML

3. UPMGA, NJ, Fitch- Margolish

4. Wszystkie prawidłowe

11.E value 0.005 oznacza,że?

oczekiwana (wg rozkładu) liczba dopasowań z punktacją równą przynajmniej S wynosi 0,005
6.W bazie Uni Gene można znaleźć sekwencje trankrypcyjne , które pochodzą z tego samego genu lub pseudogenu, oraz podobieństwa białek, ekspresji genów oraz umiejscowienie w genomie.
12.Do porównania 2 sekwencji nukleotydowych używane sąmacierz punktowa, programowanie dynamiczne oraz Metody słów ( z wykorzystaniem programów FASTA i BLAST)

15.Macierz PSSM charakteryzuje się:

1. przypisaniem różnych wart. Score różnym w zależności od ich pozycji w sekwencji

2. przypisaniu tych samych wartości score różnym aa niezależnie od ich pozycji w sekwencji

3. stałą liczbą wieszy i kolumn

3.Wymień przykłady 3 zasadniczych grup metod przewidywania struktury białek
Przewidywanie struktur drugorzędowych: metoda Chou-Fassmana (statystyczna), metoda GOR, metoda zachodzących okien (zasadnicze metody) oprócz tego metoda najbliższego sąsiada

Definicja wiązania wodorowego: Wiązanie wodorowe - rodzaj stosunkowo słabego wiązania chemicznego polegającego głównie na przyciąganiu elektrostatycznym między atomem wodoru i atomem elektroujemnym zawierającym wolne pary elektronowe. Klasyczne wiązanie wodorowe powstaje, gdy atom wodoru jest połączony wiązaniem kowalencyjnym z innym atomem o dużej elektroujemności (np. tlenem) i w ten sposób uzyskuje nadmiar ładunku dodatniego. W wyniku tego oddziaływania pierwotne, kowalencyjne wiązanie wodór - inny atom ulega częściowemu osłabieniu, powstaje zaś nowe, stosunkowo słabe wiązanie między wodorem i innym atomem (akceptorem wiązania wodorowego).

Przykłady transformacji posttranslacyjnych to proteoliza (cięcie łańcucha białkowego), acetylacja (modyfikacje końców), fosforylacja (modyfikacje łańcuchów bocznych)

1.Regiony nieuporządkowane w białkach występują:

1. wyłącznie w wysokiej temp, denaturacja

2. tam gdzie nie ma alfa helis i beta kartek

3. w w ielu białkach tam gdzie jest to pożądane ze względu na specyficzne oddziaływania międzycząsteczkowe

2.Skrót CalfaRMSD oznacza.....(root mean square deviation) średnie odchylenie atomowe, najczęściej Calfa

BIOINFORMATYKA - egzamin 2008, I termin

1. Wyliczyć score dla alignmentu z uwzględnieniem maskowania LCR

2. Ograniczenia metody krystalografii w tworzeniu struktur trzeciorzędowych białek, wady krystalografii

3. Wady i ograniczenia tworzenia obrazów trójwymiarowych białek za pomocą metody magnetycznego rezonansu jądrowego - NMR

4. Co to jest gen

5. Długość wiązania N-C, C-C w białkach

6. Dorysować wiązania wodorowe w strukturach beta- kartka

7. Wybrać aminokwasy, których łańcuchy boczne mogą być akceptorami/donorami wiązań wodorowych

8. Podać pełne nazwy 3 głównych metod odległościowych konstruowania drzew filogenetycznych

9. Obliczyć odległość OTU w drzewku skonstruowanym metodą UPMGA

10. Genom którego zwierzęcia nie jest w pełni zsekwencjonowany Odp. Canis lupus/ Bos taurus

11. Wykres Ramachandrana

12. Którą metoda najlepiej przedstawia wiązanie receptor - ligand? a ) wstążka b) all atom c) powierzchniowa d)……

13. Który program wybrać przy przeszukiwaniu bazy Swiss Prot mając daną sekwencję aminokwasową, szukamy homologow? a ) blast p b) tblastn c)…… d)……..

14. Co to jest STRs? a ) mikrosatelity b) minisatelity c) powtorzenia…….. d) markery genetyczne

15. Istotna wartość S mówi o…….

16. Co to jest RFLP (odp. marker genetyczny, miejsce cięcia enzymów restrykcyjnych)

17. Wybrać aminokwasy o największej/ najmniejszej zmienności - macierz BLOSUM62/65

18. Co to jest transkryptom/ proteosom

19. Rysunek mapy chromosomu - rozpoznać czy fizyczna, czy genetyczna

20. E value = 10 - co to znaczy

21. Jak rozpoznać nieuporządkowane obszary w krystalografii rentgenowskiej

22. Konsensus ????

23. Aj = Pe/Po, uzupełnić: a)jeżeli Aij<0 to ………. jest większe b) jeżeli Aij>0 to……….. jest mniejsze c) jeżeli Aij=0 to………….. jest takie samo d) jeżeli Aij + 1 to logarytm 10 x większy (??????????)

1.Regiony nieuporządkowane w białkach występują:

4. wyłącznie w wysokiej temp, denaturacja

5. tam gdzie nie ma alfa helis i beta kartek

6. w w ielu białkach tam gdzie jest to pożądane ze względu na specyficzne oddziaływania międzycząsteczkowe

2.Skrót CalfaRMSD oznacza.....

3. wymień wady 2 najczęściej stosowanych metod wyznaczania struktur makrocząsteczek biologicznych

4. wymień nazwy 3 zasadniczych metod przewidywania struktur białek

5. zredukowane reprezentacje (?)struktury białek stosuje się przede wszystkim aby:

1. zmniejszyć wymiar przestrzeni konformacyjnej białek

2. uprościć obraz białkowy dla celów ilustrowania oddziaływań makromolekularnych

3. przyspieszyć poszukiwanie przestrzeni konformacyjnej białek

6.wylicz score dla alighmentu, zastosuj pełne maskowanie dla elementów o małej złożoności (LCR) - podany alighment

7.Skrót EST oznacza

5. znaczniki sekwencji ulegających ekspresji

6. expressed segment tags

7. expressed segment flags

8. żadne

8.E = 10 oznacza że:

5. p-stwo zaobserwowania podobieństwa równego zaobserwowanej wartości S między dwiema losowymi sekwencjami =10

6. oczekiwana liczba losowych dopasowań o wartości S wyliczonych dla znalezionego alighmentu =10

7. znaleziono 10 dopasowań o takiej samej wartości

8. wszystkie prawidłowe

9.Stwórz wyrażenie regularne na podstawie wielokrotnego dopasowania 5 sekwencji

10. Porównując odległe ewolucyjnie sekwencje aminokwasów powinniśmy oprzeć system wartościowania alighmentu na:

5. macierzach PAM 250 i BLOSUM 45

6. PAM 1 i BLOSUM 62

7. PAM 120 i BLOSUM 80

8. Unikać macierzy PAM i BLOSUM

11. metody odległościowego tworzenia drzew filogenetycznych to:

5. NJ, MP, ML

6. Maxymalnej parsymonii, NJ, , ML

7. UPMGA, NJ, Fitch- Margolish

8. Wszystkie prawidłowe

12. do ukorzenienia drzewa filogenetycznego stworzonego metoda MP dla grupy homologów pochodzących z Mus muscarus, ......różne łacińskie nazwy....moglibysmy użyć sekwencji ortologa pochodzącego z: i tu były różne łacińskie nazwy

13.wymień przynajmniej 2 zastosowania wielokrotnego alighmentu.

14.do metod fizycznego mapowania genów nie należy:

4. mapowanie restrykcyjne

5. fish

6. mapowanie miejsc znaczonych sekw.

7. Krzyżówka trójpunktowa

15.Macierz PSSM charakteryzuje się:

4. przypisaniem różnych wart. Score różnym w zależności od ich pozycji w sekwencji

5. przypisaniu tych samych wartości score różnym aa niezależnie od ich pozycji w sekwencji

6. stałą liczbą wieszy i kolumn

16. program t blast x służy do:

5. przeszukiwania bazy nukleotydowej sekwencji DNA

6. -`'-`'-`'-`'-`'-`'-`'-`'- białkowej sekwencji aminokwasowych

7. -`-`'-`'-`'-`'-`'-`'-`'-`'nukleotydowej (tłumaczonej w ??? )sekwencją nukleotydową (także tłumaczoną na aa)

8. tworzenia macierzy PSSM

17. Algorytm tworzenia alighmentu opiera się na.....

18.określ konsensus dla dopasowania 5 sekwencji

19. podaj definicję wiązań wodorowych

20. podaj 3 przykłady transformacji potranslacyjnych w białku

21. typowy eksperyment mikromacierzowej ekspresji genów polega na:

1. jednoczesnym pomiarze poziomu transkryptów większości genów w badanej próbie

2. pmiarze liczby kopii genów ulegających ekspresji w badanym genomie

3. jednoczesnym pomiarze długości genów w badanej próbie

1.Zrekombinowane reprezentanty struktury białek stosuje się przede wszystkim:?
2.Definicja wiązania wodorowego
3.Wymień przykłady 3 zasadniczych grup metod przewidywania struktury białek
4.Typowy eksperyment mikromacierzowy ekspresji genów  polega na: ?
5.STS to : ?
6.W bazie Uni Gene można znależć:
7.Algorytm programu Basic Local Aligsment Search Tool opiera się na ?
8.Program tBlast opiera się na ?
9.Wymień 2 zastosowania wielokrotnego aligsmentu
10.Podaj metody tworzenia drzew filogen.,które się nie opierają na macierzach odległości
11.E value 0.005 oznacza,że?
12.Do porównania 2 sekwencji nukleotydowych używane są?
13.PSI-Blast to?
14.Odczynnikiem do mapowania mogą być?
15.3 typowe modyfikacje posttranskrypcyjne
16.Regiony nieuporządkowane w białkach wyst?
17.CαRMSD oznacza:
18.Możliwość dopasowania 2 sekwencji z istotną wartością,coś tam?

co to gen

narysowac na rys wiazania wodorowe

modyfokacje potranskrypcyjne

co to OTU

odleglosc C-C-1.51 A

N-C- 1.32(tak dla wiedzy)

obliczyc odleglosci miedzy dwoma OTU na drzewku filogen. metoda UPGMA

jakie struktury na wykresie ramachandrana

dlaczego opuszczamy opszar w malym dopasowaniu

ograniczenia i wady metody NMR

wady i ograniczenia - Krystalograficznej <chodzila o tą ale nazwabyla

jakos bardziej rozbudowana.. trzebaby w wykladach

sprawdzic;P>wyznaczyc konsensus

ile u eukariotow zajmuje transkrypto,w calym genomie

jaka mape przedstawiono genetyczna czy fizyczna

to zadanie z Aj=Pe/Po

co to rflp

---