Enancjomery – we wszystkich 20 standardowych aminokw z wyjątkiem glicyny cztery różne gr są ułożone tetraedrycznie wokół atomu C alfa i dlatego amino. te mogą występować w konfiguracji D lub L. jonizacja aminokwasów – Grupy alfa-aminowa i alfa –karboksylowa w amin dziłaja jak ugrupowania kwas – zasada uwalniając lub przyłączając protony zależnie od zmian pH. Amin z łańcuchem bocznym podlegającym jonizacji maja dodatkowa grupę typu kwas- zasada z odrębną wartością pK. Struktura trzeciorzędowa –to przestrzenne ułożenie wszystkich aminokwasów w łańcuchu polipeptydowym. Stabilność białka- obok wiązań peptydowych miedzy resztami poszczególnych amino w stabilizacji struktury przestrzennej białka uczestniczą wiązania niekowalencyjne i kowalencyjne. Fałdowanie się białka – białka fałdują się spontanicznie osiagajac natywna konformacje przy czym powstająca struktura przestrzenna warunkowana jest przez ich strukturę pierwszorzedowa. Wyznaczanie struktury białka – strukturę przestrzena białka można wyzanczyc za pomocą krytalografii rentgenograficznej i spektroskopii jądrowego rezonansu magnetycznego. Allosteryczność -hemoglobina jest białkiem allosterycznym. Wiązanie o2 jest kooperatywne związanie o2 z jedna podjednostką ułatwia jego wiązanie przez kolejne podjednostki. Mechanizm zmiany allosterycznej – struktura czwartorz hemoglobiny utlnowanej różni się od struktury czwartorz hemoglobiny nieutlenowanej. Zwiazanie o2 z Fe 2+ zniekształca gr hemową i przesuwa histydynę proksymalną. To z kolei powoduje przesunięcie helisy F i zmianę oddziaływań między czterema podjednostkami. Efekt bohra – H+, CO2 i 2,3 – bisfosfoglicerynian są regulatorami allosterycznymi ułatwiającymi uwolnienie o2 z hemoglobiny H+ i CO2 wiążą się z różnymi częściami łańcuchów polipeptydowych a 2,3-bisfosfoglicrynian wiąże się w środkowej przestrzeni cząst. Miedzy czterema podjednostkami. Hemoglobina płodowa – wystepująca u płodu składa się z dwóch łańcuchów alfa i dwóch łanńcuchów gama. Kolagen – jest nazwą nadaną całej rodzinie strukturalnie podobnych białek które tworza mocne nierozpuszczalne włókna. Kolageny składają się trzech łańcuchów polipeptydowych których charakter i rozmieszczenie różnią się w zależności od typu kolagenu. Polipeptydy kolagenu sa po translacyjnie modyfikowane przez hydroksylację i glikozylację podczas ich transportu w szorstkim reti endoplazm i w apra Golgiego. Zasady oczyszczania białka- celem oczyszczania białka jest wyizolowanie określonego białka z mieszaniny białek zawartej w materiale wyjściowym. Wybór źródła białka- materiał taki powinien być łatwo dostępny i zawierać stosunkowo dużo poszukiwanego białka. Homogenizacja i solubilizacja – przed oczyszczaniem należy uzyskać roztwór białka. Dlatego też tkanki i komórki musza zostać rozbite na drodzw homogenizacji lub lizy osmotycznej i następnie poddane wirowaniu różnicowemu w celu wyizolowania frakcji subkomórkowej zawierającej dane białko. W przypadku białek związanych z błonami ich uwolnienie wymaga rozbicia(solubilizacji) struktury błony detergentem. Stabilizacja białka- należy przedsięwziąć pewne środki ostrożności aby w procesie oczyszczania uniknąć denaturacji lub inaktywacji białka, wywołanych działaniem czynników fizycznych lub chemicznych. Należy więc kontrolować pH wykorzystywanych roztworów. Kontrola obecności białka- aby kontrolować skuteczność procesu oczyszczania białka należy opracować metodę pozwalającą stwierdzić jego obecność, zaleznie od białka metoda ta może polegać na pomiarze aktywności enzymatycznej lub wiązania liganda Precypitacja siarczanem amonu- rozpuszczalność białek maleje wraz ze zwiększeniem stężenia siarczanu amonu w roztworze. Dializa – białka można oddzielić od cząsteczek o niewielkiej masie na drodze dializy przez półprzepuszczalną błonę której pory umożliwiają przejście małych cząsteczek ale nie białka. Ultrawirowanie- białka których masy czaste różnią się zasadniczo można rozdzielić na drodze wirowania warstwowego z zastosowaniem gradientu gęstości sacharozy. Filtracja żelowa- wykorzystując kolumny upakowane porowatymi ziarnami umozliwia rozdział białek na podstawie ich masy cząsteczkowej i kształtu. Chromatografia jonowymienna – rodział białek jest oparty na różnicach ich wypadkowego ładunku. Chromatografia powinowactwa- wykorzystuje specyficzne wiązanie się białka z inną cząste nazywaną jej ligandem. PAGE- W elektroforezie w żelu poliakryloamidowym PAGE białka wprowadza się porowaty żel poliakryloamidowy i rozdziela w polu elektrycznym na podstawie ich ładunku ujemnego i masy cząsteczkowej. SDS-PAGE – białka poddaje się działaniu czynnika redukującego w celu zerwania wiązań dwusiarczkowych i detergentu anionowego dodecylosiarczanu sodu SDS który wywołuje denaturację białek równocześnie nadając im wypadkowy ładunek ujemny. Ogniskowanie izoelektryczne- białka poddaje się elektroforezie w żelu zawierającym gradient pH. Rozdział białek odbywa się na podstawie względnej zawartości reszt amino obdarzonych ładunkiem dodatni i ujemnym. Uwidocznienie białek w żelu- białka można uwidocznić w żelu bezpośrednio stosując wybarwienie barwnikiem o nazwie Coomassie brilliant blue lub barwnikiem srebrowym. Analiza składu aminokwasowego – ilość każdego aminokwasu w białku można wyznaczyć dzieki hydrolizie kwasowej i rozdziałowi na poszczególne aminokwasy metoda chromatografii jonowymiennej. Degradacja Edmana –sekwencją aminokwasową białka można wyznaczyć za pomocą degradacji Edmana w toku której dochodzi do usuwania kolejnych aminokwasów z końca aminowego. Synteza peptydów- w chemicznej syntezie peptydów metoda fazy stałej uzyskuje się peptydy dzieki dodawaniu wolnych aminokwasów do unieruchomionego na stałym podłożu peptydu. Informacje uzyskane na podstawie sekwencji białka –sekwencja aminokwasowa białka odsłania nie tylko jego strukturę pierwszorze ale Take pozwala ustalic tzunalezność białka do danej rodziny lub grupy jego związki ewolucyjne możliwe duplikacje genu i potranslacyjne modyfikacje. Technika rekombinacji DNA –sekwencje białka można wyzanczyc stosując technike rekombinacji DNA pozwalajaca na znalezienie i ustalenie sekwencji fragmentu DNA kodującego dane białko. Sekwencja aminokwasowa białka można wydedukowac na podstawie sekwencji DNA opierając się na kodzie genetycznym. Strategia sekwencjonowania-sekwencjonowanie białka łańcucha polipeptydowy musi zostac rozszczepiony na mniejsze fragmenty za pomoca odczynników chemicznych lub enzymów . Metoda spektrometrii masowej sekwencjonowanie peptydów- sekwencja krotkich polipeptydów może zostac szybko poznana dzieki spektrometrii masowej wykorzystującej bombardowanie rozpedzonymi atomami (FAB-MS).