Który z wymienionych portali jest stroną domową GenBank? NCBI. Które z par wymienionych baz danych zawierają dane dotyczące organizmów modelowych? Wormbase i Mousebase z Instytutu Sangera. Który z punktów zawiera jedno fałszywe określenie dla numeru NP._525108.2? to jest numer dostępowy do bazy RefSeq i dotyczy rekordu z sekwencją mRNA. Uproszczenie rozwiązania problemu poprzez podjęcie pewnego założenia opartego na wiedzy programisty to: algorytmu heurystycznego. Sekwencje homologiczne w obrębie jednego gatunku które powsały na skutek duplikacji genu to definicja: paralogów. Które ze stwierdzeń są oba prawdziwe w stosunku do SW? Algorytm SW opiera się na dopasowaniu sekwencji w macierzy i jest przykładem programowania dynamicznego. Które macierze punktacji odzwierciedlają rzeczywiste podstawienia aminokwasów występujące w białkach? PAM i BLOSUM. Badasz bardzo dobrze znane białko w organizmie w którym wcześniej go nie wykryto ale znanych jest wiele jego homologów w innych org. Wybierz zestaw parametrów BLASTp który powinien pracować najlepiej (dostarczając silnych dowodów na pokrewieństwo nowej sekwencji). Macierz punktacji BLOSUM90 wielkość słowa 2 kara -10. Które ze stwierdzeń dotyczących PHI-BLAST są w pełni prawdziwe? Jest programem iteracyjnym i w kolejnych iteracjach używa macierzy zróżnicowanych pozycyjnie (PSSM). Która z wymienionych par programów słyży do poszukiwań daleko spokrewnionych homologów białkowych o niskim stopniu podobieństwa sekwencji? PHI/PSI-BLAST. Macierz punktacji zróżnicowana pozycyjnie PSSM zawiera oceny za podstawienie wszystkimi aminokwasami konkternych pozycji w sekwencji w oparciu o: dopasowanie wielosekwencyjne. Ukryty model Markowa jest często używanym (…): identyfikacji domen białkowych obie odpowiedzi a i b są prawidłowe. Znajdź poprawne dokończenie zdania „łączenie sąsiadów- metoda budowania drzew NIE: zakłada jednakowego tempa ewolucji we wszyskich porównywanych liniach”. W jaki sposób można ocenić poprawność działania programu do tworzenia dopasowań wielosekwencyjnych? Prównać wynik z dopasowaniami wzorcowymi przechowywanymi w bazach danych (tj. Conserved domains). Które ze stwierdzeń jest fałszywe dla profilu? Zawiera oceny dla wszystkich możliwych mutacji wszystkich możliwych aminokwasów. Która z poniższych metod przewidywania struktur trzeciorzędowych białek jest oparta na obliczaniu możliwie najniższej energii swobodnej układu? Przewidywanie ab inito. Przykładem programu który służy do wizualizacji struktur białkowych jest? pyMOL. Która z wymienionych cech nie jest brana pod uwagę przez programy odnajdujące geny w genomach eukariotycznych? Ilość i długość intronów. Która z poniższych informacji dotyczących pary zaprojektowanych starerów podawana w wynikach primerBLAST jest najważniejsza podczas optymalizacji etapu hybrydyzacji starterów do matrycy? Tm starterów. Wybierz najlogiczniejszą kolejność postępowania w celu adnotacji nieznanej sekwencji genu po przewidzeniu kodowanej sekwencji białkowej o którego funkcji nic nie wiadomo: przeszukanie bazy SwissProt programem BLASTp-> modelowanie struktury i dalsze wnioski-> non redundant-> PSI-BLAST do najszerszej bazy. Badasz bardzo dobrze znane białko w organizmie w którym wcześniej go nie wykryto ale znanych jest wiele jego homologów w innych org. Wybierz zestaw parametrów BLASTp który powinien pracować najlepiej (dostarczając silnych dowodów na pokrewieństwo nowej sekwencji). Macierz punktacji PAM40 wielkość słowa 2 kara -1. Który z wymienionych portali nie zawiera bazy danych sekwencji DNA? ExPaSy. Które z wymienionych baz danych sekwencyjnych są poddawane eksperckiej weryfikacji? NCBI RefSeq i SwissProt. Które ze stwierdzeń dotyczących następującego numeru NM_213094.2 są oba prawdziwe? To jest numer do bazy RefSeq i ten rekord zawiera drugą wersję tej sekwencji wysłanej do bazy. Metoda rozwiazywania albo proces który musi (..) aby rozwiązać dany problem: algorytmu. Podobieństwo sekwencyjne ß najczęściej funkcjonujące wynikające z posiadania współnego przodka to definicja homologii opartej na stopniu podobieństwa(…). Które określenia oba są prawdziwe odnośnie NW? Decyduje o kierunku przemieszczania pomiędzy(..)na podstawie maksymalnej wartości funkcji score oraz gwarantuje otrzymanie najbardziej optymalnego rozwiązania. Wybierz poprawne uzasadnienie zdania „Program (..) pozwala szybciej przewidzieć funkcję(…): ponieważ poszukuje omologów na poziomie sekwencji białkowych(..) B. Wybierz poprawną definicję wartości K ważnej dla przyrównania (..) i sekwencją trafieniem z bazy danych: liczba przyrównań z ocenami (..) których można się spodziewać >5 jako przypadkowy wynik przeszukania bazy. Wskaż portale internetowe z których można łatwo pobrać sekwencję genomów i wykonać na nich podstawowe analizy porównawcze: B Entrez i IMG?. Które ze stwierdzeń dotyczących PHI-BLAST są w pełni poprawne? Jest programem iteracyjnym i używa macierzy ocen zróżnicowanych pozycyjnie PSSM zmienianej po każdej iteracji. Która z wymienionych metod obliczania dopasowania wielosekwencyjnego nie jest metodą iteracyjną? Clustal. Znajdź prawidłowe zakończenie zdania „metoda UPGMA budowania drzew”: jest oparta na obliczaniu dystansu (..) jako średniej arytmetycznej dystansów (..) elementów. W progresywnych metodach tworzenia dopasowania wielosekwencyjnego kolejnosć dokładną sekwencji wyznacza: B odległość przewodnie? Długość sekwencji wartość E. które z poniższych zdań nie jest definicją wzoru sekwencyjnego? Jest macierzą z punktacją nie zmieniającą się w poszczególnych dopasowania wielosekwencyjnego. Które z poniższych metod przewidywania wzoru trzeciorzędowych białek jest najbardziej wiarygodne i pozwala uzyskać model struktury o rozdzielczości porównywalnej z dopasowaniem krystalograficznym? Modelowanie homologiczne. Format plików wynikowych z sekwencjonowania następnej generacji NCS w którym przechowywane są informacje sekwencji wygenerowanych odczytów i jakości odczytu każdej pozycji to: B FASTA PASTO PDR. Który z wymienionych programów do znajdowania ORF jest oparty na algorytmie nauczania maszynowego- ukrytym modelu Markowa? Obydwa Gimmer i GeneMark. Który z wymienionych nazw odnosi się do programu w którym można otrzymać drzewa filogenetyczne? MEGA. Co oznacza termin adnotacja genomu? Weryfikacja lokalizacji genów wśród wszyskich automatycznie wygenerowanych ORF i przypisanie prawdopodobnych do tych genów. W których dwóch bazach danych informacje dotyczące funkcji genów są zebrane w postaci szlaków metabolicznych? KEGG i MetaCYC. Które macierze punktacji odzwierciedlają rzeczywiste podstawienia aminokwasów występujące w białkach? tylko BLOSUM. Która etykieta w strukturze rekordów baz danych jest unikalna i niezmienna? ACCESSION. W której bazie danych etykiety w strukturze rekordu oznaczane są dwuznakowo? ENA i UniProt.