Pyt.1 Ile białek w bazie danych Swiss-Prot jest homologicznych w 100% do białka P22968?

srs.ebi.ac.uk i w library serach wybrać UniprotKB/SwissProt- i nacisnąc po lewej Extended Query Form i wpisać P22968 w AccessionNumber Search. pokazuje się że znalazł w bazie białko :ACET_RABIT i po lewej w Entry Options jest NCBI BLASTP i naciskamy Launch, akceptujemy te parametry wiec znowu Launch, i results, i widac temp blastp 1 naciskamy i się otwiera i wyskakuje wiele i obok ramki napisane że znalazł homologów 50(entries)!

Pyt.2 Zbadaj czy białko CCR4-BOVIN posiada rejony transmembranowe. Ile jest takich regionów?

PUTTY - valis.ibb.waw.pl

Wpisujemy seqret uniprot:CXCR4_BOVIN i ściąga i pyta się o nazwę i akceptujemy w fasta.

Wpisujemy tmap cxcr4_bovin.fasta

I jako graph type[x11] : text

I o nazwę się pyta i akceptujemy(cxcr4_bovin.tmap)

I robimy less cxcr4_bovin.tmap

I widać bo jest napisane hitcount:7 i poza tym jak się zjedzie strzałka w dół to widać Transem że jest 7

• Pyt.3 Znajdź najdłuższy produkt translacji genu M86739

SRS Nucleotides - M86739

sekwencje nukleotydową kopiujemy

W putty piszemy nano i wklejamy tą sekwencje i zapisujemy Ctrl-X

komenda getorf m86 i się pyta czy tak nazwać np. outfile.orf

Komenda checktrans outfile.orf i enter

I w minimum ORF Lengh to report wpisać 50/100

I akceptować nazwy jakie on podaje

I by zobaczyć jakie jest to białko to trzeba less i nazwę w formacie fasta( jeśli ktoś akceptował to co on proponował to otwiera less _1.fasta i widać że w 15 ramce odczytu jest sekwencja która daje najdłuższe białko

Pyt.4 przedstaw graficznie zależność ładunku przyjmowanego przez białko od pH dla CCR4_BOVIN?

• Pyt 5 Sprawdź ile i jakie struktury drugorzędowe posiada białko lBD8

SRS proteins LBD8 i 1 białko.

sekwencja aminokwasowi białka-kopiujemy ją (bez tekstu,same AA)

W putty, zapisujemy w nano,

Potem program garnier czyli - garnier lBD8, enter

less outfile. Garnier i pokazuje się nam wiele informacji

Zjeżdżając strzałką w dół widzimy info o helix czyli HHHH

Sheet czyli EEEEE

Turns TTTTTT

Coil CCCCC

4 helisy, 5 kartek, które mają 5 zwoi i 6 zwrotów

Pyt 6. Jakiego rodzaju enzymem jest białko o E.C-1.2.3.5 i w jakim szlaku metabolicznym bierze udział?

SRS i w library page wybrać ENZYME i w query form wpisać 1.2.3.5

I wychodzi że jest to Glyoxylate oxidase i bierze udział w takiej reakcji Glyoxylate + H(2)O + O(2) = oxalate + H(2)O(2).

baza LENZYME

• Pyt 7. Znajdz optimum pH dla działania enzymu 1.2.3.5 u T.palustris

w BRENDA

pH optimum

pH 8

• Pyt 8. Sporządź mapę restrykcyjną dla genu AY603789

srs.ebi.ac.uk i Library Page zaznaczyć EMBL, Query Form w All text- AY603789

kopiujemy sekw. nukleotydowa

PUTTY

I wpisujemy nano- wklejamy sekw.

Piszemy restrict/ remap SEKW, parametry enter

I potem nano i nazwa outfile.restrict i jest

Naciskamy Ctrl V by zobaczyć ile jest miejsc cięcia i wyszło ich 395 (hit Count)

9. Znajdź miejsce cięcia enzymem AluI w sekwencji nukeotydowej AY603789

sciągamy do PUTTY jak wyżej

remap, nasza sekwencja w nano z pkt8

Coma separated enzyme list : AluI

widzimy: Enzymes that cut - AluI 9

10. Ile domen powtórzonych posiada białko p57078?

SRS, kopiujemy sekw w FASTA

na stronie www.expasy.ch - Proteomics and sequence analysis tool (po prawej) - Sequence Alignement - trzeba wybrać program Dotlet

wklejamy i liczymy zaciemnienia

11. Które z kinaz z bazy danych UNIPROT posiada struktury PDB?

1. Wejść do bazy http://srs.ebi.ac.uk/

2. Następnie do zakładki Library Page do Uniprot i zakładkę po lewej Standard Query Form

3. Wpisać jako Destription Kinase i all text PDB (structure)

12. Znajdź białko posiadające motyw ferrodoksynowy a następnie wyszukaj homologi tego białka.

13. Na którym chromosomie znajduje się gen ludzkiego białka CAMKK alpha protein?

http://www.ensembl.org/index.html

1. W Serach Ensemble wybieramy Homo sapiens oray wpisujemz CAMKK alpha protein i Go

2. Klikamy na Ensembl protein_coding Gene: ENSG00000004660 (HGNC Symbol: CAMKK1)

W Genomic Location widzimy odpowiedź na chromosomie 17

14. W ile sekwencjach białek znajduje się motyw ankirynowy?

http://pfam.sanger.ac.uk

SRS - ankyrin repeat. I dowiadujecie się że ma skrót ANK. Wchodzicie w pfam i tam w keyword serach wpisujecie ANK dostajecie dużo wyników ale 1 jest dobry. Po lewej i po prawo na górze są jakieś odnośniki i widzimy że sekwencji białkowych jest 56928

15. Przetłumacz sekw. aminokw. inhibitora PKC na sekwencję nukleotydową.

1. Ściągnąć sekwencję z UniprotKb- PKC inhibitor human w FASTA

PUTTY - nano

Przetłumaczyć za pomocą programu „backtranseq”

16. Znajdź sekwencje białkową posiadającą motyw alkirynowy i pokaż jak jest on zbudowany.

http://pfam.sanger.ac.uk

Tak samo jak wcześniej wchodzimy w ank. Klikamy na „structures” otrzymujemy tabelkę gdzie mamy białka: wybieramy i klikamy na jedno.Mamy przedstawione to białko i jego domeny. Jeśli chcemy sekwencje to klikamy na „This is the summary of UniProt entry . Sequence annotation (Features)- tu mamy dokładnie napisane gdzie znajdują się te motywy ankirynowe Jeżeli klikniemy na liczby oznaczające nukleotydy do nawet na się w sekwencji tego białka zaznaczą.

17. W ilu sekwencjach białek występuje motyw charakterystyczny dla enzymu 1.1.1.44?

• 17. korzystamy ze strony www.genome.ad.jp/KEGG/  wpisujemy u góry w okienku 1.1.1.44  wciskamy go  wybieramy w KEGG ENZYME (na samym dole strony) 1.1.1.44  na samym dole w tabelce Rother DBs jest ExPASy - ENZYME nomenclature database: 1.1.1.44 i właśnie klikamy na ten enzym  potem w tabelce z Cross-references jest PROSITE i klikamy na PDOC00390  potem w Technical section: u góry na szarym pasku (słabo widoczne) jest PS00461; to właśnie na to klikamy odp to Number of hits on proteins that are known to belong to the set under consideration: 55 hits in 55 different sequences

• odp 55

• 18. Czy L-cysteina jest uzywana w biosyntezie penicylin i cefalosporyn?

• www.genome.ad.jp/KEGG/  wybieramy KEGG COMPOUND  potem DBGET SEARCH  wpisujemy w pole for L-cysteine  wciskamy go  klikamy na pierwszy rezultat  i odpowiedz znajduje się w ramce PATHWAY

• ODP. Tak (Penicillin and cephalosporin biosynthesis)

• 19. Ile enzymów używa cynku jako kofaktora?

• www.genome.ad.jp/KEGG/  wybieramy KEGG COMPOUND  potem DBGET SEARCH  wpisujemy w pole Zn  wciskamy go  klikamy na pierwszy rezultat  i liczymy enzymy ODP. 78

• 20. Ile można zbudować ścieżek od L-alaniny do L-cysteiny?

www.genome.ad.jp/KEGG/  wybieramy KEGG LIGAND  potem na samym dole PATHCOMP 

Enter initial compound (compound ID or keyword):

Enter final compound (compound ID or keyword):

•  wciskamy EXEC potem jeszcze raz EXEC  Number of Results: 51 (i to jest odpowiedz)

• 21. Czy używając znanych enzymów można uzyskać L-fenyloal z L-lizyny?

• analogicznie jak wyżej  ODP nie można

• 22.Znajdź liczbę obrotów ludzkiej dehydrogenazy alkoholowej dla etanolu?

• www.genome.ad.jp/KEGG/  wybieramy KEGG REACTION  potem DBGET SEARCH wpisujemy w pole ALCOHOL DEHYDROGENASE  wciskamy go  wybieramy enzym 1.1.1.1  NA SAMYM DOLE STRONY w ramce Rother DBs jest BRENDA, the Enzyme Database: 1.1.1.1  i wciskamy na link do 1.1.1.1 i tam po lewej stronie mamy Functional Parameters, wśród których znajduje się turnover number - klikamy  i w tabelce mamy odpowiedz, że dla człowieka liczba obrotów dla dh alkoholowej = 30,7 ja tez mam to w notatkach

• 25. Znajdź ten substrat enzymu 5.3.1.9 który jest prod met. galaktozy. W ilu ścieżkach? Ile enzymów....ZAD

Strona: WWW.genome.ad.jp/KEGG/

Pierwszą część macie już opisaną(pytanie 49). Ile jest enzymów dla których jest substratem: patrzymy pod enzyme i mamy tam 11. Czy biorą udział w chorobach metabolicznych: niestety w każdy musimy po kolei wejść zjeżdżamy na sam duł i klikamy w

LinkDB

• Tam szukamy linku do OMIM jeśli nie ma to enzym nie uczestniczy w takiej chorobie.

27. znajdź co najmniej 3 mutacje w genie elastazy odp. za chorobe „cyclic neutropenia”.Zrób alignement sekwencji elastac i dla każego ze znalezionych mutentów zobacz czy pozycja jest koserwowana w przytajmniej połowe naturalnych sekwencji.

Strona: WWW.ncbi.nlm.nih.gov

Tam wpisujemy „cyclic neutropenia” na stronie z opisem choroby klikamy w link Bilała ELA2 jak wejdzie to po lewej klikamy w alleli variant i tam mamy opisane mutacje.

Strona: http://www.expasy.org/

• Wpisujemy ELA2. Jak mamy wyniki klikamy na ELA2a_human jak się otworzy to na góże po prawej stroni klikamy na Quick BLASTP SEARCH. Mamy wyniki zaznaczamy kilka wyników biały kwadracik na góże ustawiamy CLUSTAL W i klikamy po prawej(u mnie prześlij kwerendę ale coś chyba się u mnie pomieszało) poem klikamy run ClustalW i otrzymujemy wyniki. Klikamy w ClustalW(aln.) Możemy tam znaleźć te miejsca gdzie są mutacje i zobaczyć czy są konserwowane.

28 Znajdź miejsca inicjacji i terminacje transkrypcji w genie kodującym białko ypt7 yeast.

SRS szukamy. Klikamy na pierwszy link EMBL- do sekwencji nukleotydowej i pod cds mamy początek i koniec genu czyli miejsce inicjacji i terminacji transkrypcji.

• 34 Znajdź ludzką sekwencje DNA homologiczną do białkap53551

Znajdujemy białko p53551 w srs. Wklejamy do PblastN(w ncbi)zaznaczamy że chcemy człowieka i blastujemy.

Znajdź wiązania wodorowe pomiędzy białkiem a DNA dla białka wiążącego TATA-box(1AIS)

W chimerze. Ściągamy białko albo z PDB albo w chimerze przez fetch i wpisujemy kod

Select-structure-protein

Action-colour

Select- structure- nucleid acid

Actions- colour

• Tools- structure analysis- findHbond- zaakceptować

35. Czy białko o identyfikatorze p17547 posiada motywy sekw związane z funkcją?

• Szukamy białko p17547 w NCBI. Robimy FASTA, a następnie send to text. Kopiujemy sekwencję. Otwieramy bazę Prosite i wklejamy naszą sekwencję w taki prostokąt, naciskamy scan. Znalazł 2 hity (IRON_1 i IRON_2) czyli białko posiada 2 motywy związane z funkcją

36. Znajdź najlepszy globalny alignement histonów H1.0 człowieka i H1.1 z arabidopsis?

Szukamy tych białek w bazie NCBI i spisujemy stąd ich accession:

dla człowieka to będzie P07305, dla Arabidopsis P26568.

lub skpiować sekwencje AA do nano

PUTTY

Ściągamy sekwencje:

seqret uniprot: P07305

zgadzamy się na nazwę h10_human.fasta

seqret uniprot: P26568

zgadzamy się na nazwę h11_arath.fasta

alignment lokalny:

water

input sequence: h10_human.fasta

second sequence: h11_arath.fasta

Podajemy dowolne gapy.

Zgadzamy się na nazwę h10_human.water

Otwieramy:

nano h10_human.water

37. Znajdź najlepszy lokalny alignement histonów H1.0 człowieka i H1.1 z arabidopsis?

• jak zadanie 36, zamiast water wpisujemy needle.

38. Znajdź paralogi białka ypt7_yeats w genomie drożdżowym

Szukamy sekwencji w NCBI. Oczywiście robimy FASTA. Sekwencje kopiujemy. Wchodzimy do protein blast. Wklejamy tam swoją sekwencje. Robimy blastp (trzeba to zaznaczyć tam gdzie jest algorithm) i blastujemy.

Potem musimy znaleźć coś takiego ref/XP, Gene ID

39.

Szukamy białka w srs.

Kopiujemy sekwencje.. i nie wiem jakiego programu używaliśmy na ćw. Bo na tej str. http://www.expasy.org/tools/#proteome jest ich kilka i chyba możemy sobie jakiś wybrać. I tam kopiujemy tą sekwencje.

40.

Szukamy białka w NCBI. Robimy FASTA. Kopiujemy sekwencję i wklejamy ją do protein Blast. Robimy pBlasta. Zaznaczamy 10 sekwencji. Naciskamy get selected sequences. Robimy FASTA i send to text. Otwieramy TCOFFEE tcoffee.vital-it.ch. Kopiujemy nasze sekwencje i wklejamy do Tcoffee.

41 .Znajdź domeny w białku p43610 przez porównanie sekwencji do ukrytych modeli Markova znanych domen białek (HMM)

Wykorzystałam do tego program Pfam (pfam.sbc.su.se) bo jest najprostszy i robi HMMy

• VIEW A SEQUENCE (sequence search zajmuje zbyt dużo czasu, w 20 min się nie wyrobi)

• wpisać nr białka i Go

• widać 4 domeny i jak klikniemy to są szczególy na podtawie jakich programow, alignementów itp. je znaleziono oraz więcej info o nich

42. Czy drożdżowy histon H1 zawiera zduplikowane domeny? TAK

w SRS : Library Page - Uniprot KB

Query Form - Description : histone H1

• wybieramy ten który jest histonem H1 np. CHICKEN, u mnie to pozycja 2

• zjeżdżamy na dól by skopiować sekwencję w FASTA

• na stronie www.expasy.ch - Proteomics and sequence analysis tool (po prawej) - Sequence Alignement - trzeba wybrać program Dotlet (najszybciej to zrobić przez Ctrl F bo programów jest dużo.

• Klikamy input, otwiera się okienko i tam wklejamy nasza sekwencję w FASTA. Ok i compute

43.Z jakimi atomami tworzy wiązania wodorowe łańcuch boczny N43 w strukturze 9RNT?

RCBS - ściągnać ta domenę w PDB

• otworzyć program Swiss-PdpViewer

• na Control Panel ze znaczyć N43 (Asn 43), zmienić jej kolor select te aminokwasy które sa na około

• potem Tools- Compute H-bonds

44. Czy sekwencja p.16622 zawiera peptyd sygnałowy? NIE

• SRS - szukamy białka, kopiujemy jego sekwencję w FASTA (na dole)

• wklejamy w http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/, dla Eucaryote

• brak kolorowych linii, brak S-score

Prediction: Non-secretory protein

Signal peptide probability: 0.003 tu czytamy ze b.małe prawdop. że jest

Signal anchor probability: 0.000

Max cleavage site probability: 0.002 between pos. 33 and 34

brak sekwencji sekrecyjnej, wiec brak sygnału peptydowego

45.Zrób profil 10 sekwencji najbardziej podobnych do ludzkiej elastazy

SRS

Library Page - UniProtKB

Description - elastase

Species - Homo Sapiens

wybieram ELASTASE np. 2B (uwaga: na gorze strony u mnie znalazło prekursory, więc lepiej się wczytać) moje białko ma nr Q6ISM5 , można też skopiować sekwencję w FASTA

NCBI - wybrać w pasku BLAST

wybrać program proteine blast

wkleić numer Q6ISM5 albo sekwencję w FASTA, zostawić parametry jak są i kliknąć BLAST na dole strony.

Po czerwonych liniach widać, że homologia jest duża. wymienione Sequences producing significant alignments, wybrałam pierwsze 10 z góry, zaznaczyć je i kliknąć Get Selected Sequences

pojawiają się wymienione, więc ustawić

Display:FASTA

Send to :Text

PUTTY

program prophecy typ profiu- Gribskov, reszta parametrow jak jest

46 .Znajdź sąsiadów strukturalnych lizozymu z jaja kurzego

CATH

w wyszukiwarce : Egg white lysozyme

znajduje z 10 domen ale wszystkie mają ten sam numer (1.10.530.10) więc wejść w któraś i klikamy w nazwę domeny i mamy rodzinę.

Klikam w L (bo I = identical znalazło tylko jeden hit) i mamy dużo białek = sąsiadów strukturalnych

47.Znajdź sąsiadów strukturalnych rybonukleazy A

CATH

wpisać rybonuclease A

kliknąc w domenę tam gdzie Family -H

48.Ile helis jest w białku odpowiedzialnym za fenyloketonurię

NCBI - OMIM

Search for: phenyloketonuria

w tekście - enzym odpowiedzialny 1.14.16.1, klikamy w niego

ExPASy - klikamy w numer P00439 (bo HUMAN a nam przecież chodzi o chorobę)tam gdzie odnośniki do UniProtKB/Swiss

Na dole- liczymy ile HELIX -17

50. Znajdź ten substrat enzymu 5.3.1.9 który jest produktem metabolizmu galaktozy. W ilu ścieżkach metabolicznych występuje ta substancja?

Strona internetowa: http://www.genome.ad.jp/KEGG/

W okienko wpisujemy 5.3.1.9 i klikamy: Get entry. enzym nazywa się: glucose-6-phosphate isomerase substraty są wypisane przy okienku z substrate(tylko1) więc patrzymy na reaction keeg i klikamy show All. Mamy 3 reakcje patrzymy pod definition tam mamy nazwy tych substratów : D-Glucose 6-phosphate, alpha-D-Glucose 6-phosphate, beta-D-Glucose 6-phosphate(alfa czy beta robi różnice) klikamy odnośniki do nich po kolei. Np.: klikamy na C01172 dla beta-D-Glucose 6-phosphate, dla pojawia nam się okienko z opisem danego związku patrzymy na ścieżki i widzimy że alpha-D-Glucose 6-phosphate bierze udział w Galactose metabolism jako jedyna. Uczestniczy ona w 4 ścierzach metabolicznych

ODPOWIEDŹ: tym substratem jest alpha-D-Glucose 6-phosphate i bierze udział w 4 ścieżkach metabolicznych.

51. W ilu całkowicie znanych sekwencjach genomów występuje gen kodujący elastazę?

Strona internetowa: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/

Klikamy na: Unicellular clusters, w okienko text serach wpisujemy: elastese, wyniki: COG3227 Zinc metalloprotease (elastase), klikamy w niebieskie. Wynik: 7 genomes

ODPOWIEDŹ: w 7 sekwencjach genomów

52. Na którym chromosomie kodowane jest białko odpowiedzialne za fenyloketonurię.

Strona internetowa: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Klikamy na OMIM potem w okienko wpisujemy „phenylketonuria” i klikamy „go”. Klikamy w pierwszy wyniki PHENYLKETONURIA. Mamy całą strone o tej chorobie. W description jest krótki jej opis. Na górze pod wytłuszczonym drukiem jest napis” Gene map locus 12q24.1” co oznacza że gen jest na 12 chromosomie. Dokładniej jest to opisane kiedy klikniemy na mapping (po lewej stronie na niebieskim tle) tam możemy jeszcze raz przeczytać, że ten gen jest na 12 chromosomie.

ODPOWIEDŹ:gen odpowiedzialny za chorobe jest na 12 chromosomie.

53. Na którym chromosomie kodowane jest białko odpowiedzialne za mukowiscydozę?

Tak jak wyżej w pkt.52:

Strona internetowa: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Klikamy na OMIM potem w okienko wpisujemy „cystic fibrosis” i klikamy „go”. Klikamy w pierwszy wyniki CYSTIC FIBROSIS TRANSMEMBRANE CONDUCTANCE REGULATOR; CFTR. Mamy całą strone o tej chorobie. W description jest krótki jej opis. Na górze pod wytłuszczonym drukiem jest napis „Gene map locus 7q31.2” co oznacza że gen jest na 7 chromosomie. Dokładniej jest to opisane kiedy klikniemy na mapping (po lewej stronie na niebieskim tle) tam możemy jeszcze raz przeczynać że ten gen jest na 7 chromosomie.

54. Ile jest w bazie danych UNIPROT sekwencji rybonukleaz, do których są odniesienia do bazy PDB?

Strona: http://srs.ebi.ac.uk/

• Klikamy library page, zaznaczamy UniProtKB, klikamy na Query From wybieramy Description i wpisujemy Ribonuclease klikamy serach znalazło nam10358 białek. Klikamy na results( na górze w tej linii co library page) zaznaczamy nasz wynik i klikamy na link(po prawej stronie taki czerwony) zaznaczamy: Refine Query - show only results with related entries. I PDB które chowa się pod Protein structure databases. Potem klikamy serach. Wyników mamy 89. Jeśli chcemy mieć ładny widok to po lewej stronie w display options zmieniamy na „uniprot view” i klikamy apply display options.

• 55. Znajdź w bazie danych UNIPROT sekwencje roślinnych dehydrogenaz.

• Strona: http://srs.ebi.ac.uk/

• Klikamy library page, zaznaczamy UniProtKB, klikamy na Query From wybieramy Description i wpisujemy Dehydrogenase niżej wybieramy organism name(lub taxonomy-tak samo wyhodzi) i wpisujemy viridiplantae (rośliny po łacinie). Klikamy na serach wyników mamy 14296-tyle dechydrgenaz jest.

• 56. Znajdź w bazie danych UNIPROT sekwencje nie roślinnych dehydrogenaz.

• Tak samo jak wyżej: Klikamy library page, zaznaczamy UniProtKB, klikamy na Query From wybieramy Description i wpisujemy Dehydrogenase niżej wybieramy organism name(lub taxonomy-tak samo wyhodzi) i wpisujemy viridiplantae (rośliny po łacinie).

• Tylko że po lewej stronie wybieramy „BUT NOT”. Wyników 126347.

57 Zrób dotplot białka phot_bacsu z jego najbliższym homologiem.

Strona: http://srs.ebi.ac.uk/

Znajdujemy białko w srs(library page-uniprotKB, dostajemy 1 wynik . Wchodzimy i kopiujemy sekwencje.Po lewej stronie mamy result options: wybieramy NCBI blastP i klikamy: „Launch”, potem „results” dostajemy wynik(jak długo jest klepsydra to trzeba odświeżyć stronę). Wchodzimy w pierwszy wynik i też kopiujemy sekwencje. Potem wchodzimy w tools(na góże po prawej od query from lub czasami po lewej). Dalej rozwijamy aligment tools, aligment dot plots i wchodzimy w DotmatcherP wklejamy po kolei te nasze 2 sekwencje i klikamy Launch. Dostajemy wykres i to jest odpowiedź.

58 .Znajdź najlepszy lokalny alignment białka phot_bacsu z jego najbliższym homologiem?

Na stronie http://srs.ebi.ac.uk. W quick Text Search w Find zaznaczamy proteins, natomiast w matching wpisujemy nasze białko (phot_bacsu) - potrzebna nam będzie sekwencja. Teraz poszukać musimy najbliższy homolog naszego białka. Otwieramy tę samą stronę w nowym oknie. Wybieramy Tools, Similarity & Homology, Blast. Klikamy na NCBI-Blast2 Protein. Wklejamy sekwencje naszego białka i klikamy Run Blast. Znaleźliśmy homologii, musi to być najbliższy homolog, więc wybieramy drugi (A7Z7V9_BACA2). Klikamy aby pobrać sekwencje. Otwieramy następne okno (strona srs). Wybieramy Tools, Sequence Analysis, Align. Wykonujemy alignment. W sekwencji 1 wklejamy naszą sekwencję białka phot_bacsu, w sekwencji 2 wklejamy sekwencje homologa naszego białka (A7Z7V9_BACA2). W metod odznaczamy EMBOSS: water (local) i klikamy Run. Otrzymaliśmy wyniki.

59.Znajdź najlepszy globalny alignment białka phot_bacsu z jego najbliższym homologiem?

Postępujemy ja wyżej, tylko w metod odznaczamy EMBOSS: Needles (global).

60 .Czy chloro peroksydazy z P. fluorescens i C. inaeqalis mają taką samą budowę (fold)

W http://srs.ebi.ac.uk w Library Page odznaczamy UniProtKB/Swiss-Prot. Następnie w Query Form wpisujemy Pseudomonas fluorescens, w następnym Description i wpisujemy chloroperoxidase i Search. Klikamy na UniprotKB/Swiss-Prot:PRXC PSEFL i wchodzimy w EC 1.11.1.10. PRXC CURIN jest dla C. inaeqalis a PRXC PSEFL dla P. fluorescens.

Wchodzimy na stronę www.rcsb.org wpisujemy PRXC_PSEFL (skrót dla Pseudomonas). Patrzymy Na SCOP i na fold (bardziej w dole strony). Mamy alfa/beta Hydrolase. Następnie wpisujemy PRX_CURIN (skrót dla Curvularia). Klikamy gdzie Resolution jest 2.03, także patrzymy na SCOP i fold jest phosphatase/Vanedium-dependent haloperoxidase. Czyli budowa jest inna.

61. Ile aminokwasów ma białko kodowane przez gen PRKAG1?

Strona http://srs.ebi.ac.uk w Library Page odznaczamy UniProtKB/Swiss-Prot w Query Form odznaczamy Gene Name i wpisujemy PRKAG1. Gen ten koduje 5'-AMP-activated protein kinase subunit gamma-1. Wchodzimy po koleji tam gdzie jest Gene Name PRKAG1 I sprawdzamy długość tego białka:

BOVIN=330aa

HUMAN=331aa

PIG=330aa

---