BIOLOGIA MOLEKULARNA – LISTA 1
Zadanie 1
B
A, C
A
B, C, D
A
C
A
B
C, odp A jest nieprawidłowa ponieważ jest to dinukleotyd a nie nukleotyd
B
A, C, D
Zadanie 2
GGTTACGT koniec 5’ jest zawsze pisany po lewej stronie. Oba łańcuchy w modelu podwójnej helisy Watsona-Cricka są antyrównoległe co oznacza, że sekwencja TGCATTGG jest nieprawidłowa.
Zadanie 3
a, c, d, e Odp b jest niepoprawna ponieważ zasada A łączy się z T a G z C.
Odp f jest niepoprawna ponieważ sekwencja jednej nici determinuje sekwencje drugiej nici poprzez komplementarność par zasad.
Zadanie 4
A 1, 2, 3 Odp 5 nie pasuje, ponieważ DNA nie zawiera Uracylu.
B 4, 6
Zadanie 5
a, b, d Odp d jest poprawna ponieważ istnieje przynajmniej jedna nieciągłość w szkielecie fofsfodiestrowym każdego łańcucha kolistego podwójnego DNA. Łańcuchy te maja swobodę rotacji aby przyjąć rozluźniona formę kolistą.
Odp c jest niepoprawna, ponieważ superhelikalność wymaga zamkniętej kolistej struktury cząsteczki. W cząsteczce liniowej koniec każdego łańcucha nie jest ograniczony rotacja wokół osi heliakalnej, dlatego cząsteczka nie może być superhelikalna.
Zadanie 6
Po dwóch pokoleniach powinniśmy oczekiwać znalezienia takiej samej liczby DNA o małej gęstości, w którym oba łańcuchy z formy podwójnej są syntetyzowane z prekursora 14N, i DNA o średniej gęstości w którym każda forma podwójna zawiera łańcuch ciężki z 15N sparowany z łańcuchem lekkim 14N.
Zadanie 7
Zadanie 8
Po zakończeniu jednego cyklu syntezy, nić szablonowa ukierunkuje polimeryzacje nici uzupełniającej, w której zawartości par zasad będą odpowiednio: C=18,5%, G=24,1%, T=32,8% i A=24,6%. Ponieważ primer jest krótki z uwzględnieniem nici szablonowej jego udział w tworzeniu nowej nici może być pomijany.
Zadanie 9
Roztwór bakteryjnego DNA ma wyższą wartość Tm (temp. Topnienia) z powodu większej zawartości zasad G i C i dlatego jest bardziej stabilny wobec termicznie wywołanej separacji łańcuchów, gdyż pary zasad G*C są bardziej stałe niż pary zasad A*T
Komplementarny łańcuch DNA z każdego gatunku splata się do podwójnej helisy Watsona-Cricka jako schłodzony roztwór.
Nie. Każdy łańcuch znajdzie partnera, ponieważ idealne dopasowanie pomiędzy liniowym ułożeniem zasad nici komplementarnej jest bardziej trwałe niż większość nieidealnych dopasowań w podwójnym połączeniu jednej nici bakteryjnej i jednej ssaków.
Zadanie 10
a, c, e Odp b jest nieprawidłowa, ponieważ chociaż enzym wymaga primeru to natura końca 5’ jest nieistotna, ponieważ reszty dNMP są dołączane do końca 3’, a primer z 3-OH jest wymagany.
Odp d jest nieprawidłowa, ponieważ enzym wykorzystuje cząsteczkę dNTP a nie NTP, gdzie N oznacza A, C, G, T lub U.
Zadanie 11
Wiązanie fosfodiestrowe
Wiązanie łączące hydroksylowy koniec 3’ do hydroksylowego konca 5’ 3’->5’ to wiązanie fosfodiestrowe
Struktura typu spinki tworzy się (poprzez utworzenie par zasad pomiędzy wzajemnie komplementarnymi odcinkami DNA bogatymi w G i C. – podręcznik) gdy łańcuchy RNA zwijają się i część ich zasad łączy się ze sobą wiązaniami wodorowymi tworząc rdzeń przeciwbieżnego dupleksu z niesparowanymi zasadami tworząc dziury na końcu.
A paruje się z U, G z C. G może również sparować z U ale połączenie jest słabsze niż para zasad G=C
Trzy główne klasy RNA znajdujące się w komórce są: mRNA, rRNA i tRNA. Najwięcej jest rRNA.
Zadanie 12
d
Zadanie 13
Można zsekwencjonować DNA i RNA i porównać sekwencję każdego aby zobaczyć czy oba są komplementarne. Ta metoda zapewnia ostateczny dowód podobieństwa. Łatwiejszym ale mniej dokładnym sposobem może być wykorzystanie hybrydyzacji. Można wymieszać próbki, podgrzać mieszaninę, aby stopić podwójną helisę DNA i RNA o strukturze spinki do włosów, powoli ochłodzić roztwór i zweryfikować czy zawiera strukturę spinki do włosów podwójnej nici DNA-RNA. Takie hybrydy mogą wskazywać, że sekwencje RNA i DNA są komplementarne.
Zadanie14
a, b, c, e, f, h, i, k Odp f jest prawidłowa ponieważ DNA jest potrzebne aby zachować szablon.
Odp k oraz i są prawidłowe ponieważ promotor sekwencja terminacyjna są wymagane do specyfikacji i określenia miejsca początkowego i końcowego, odpowiednio do transkrypcji.
Zadanie 15
Zaczynając od pojedynczej nici RNA i kończąc na pojedynczej nici RNA w wirusie progennym, kolejność w jakiej przepływa informacja genetyczna podczas infekcji komórki retrowirusem jest nasypująca: b, c, a, d, c, b. Retrowirusy wykorzystują enzym odwrotnej transkryptazy do przekształcania nici pojedynczego genomu w formę replikacyjną DNA-RNA, która jest następnie przekształcana w podwójną helisę DNA formę replikacyjną przed wstrzyknięciem do chromosomu gospodarza i ostatecznej rekonwersji w pojedynczą nic RNA wirusowego przez polimerazę RNA zależna od DNA
Zadanie 16
b, c, e, f Odp d jest nieprawidłowa ponieważ interakcje tRNA z mRNA zachodzą podczas za translacji, nie transkrypcji.
Zadanie 17
Trzy sąsiadujące nukleotydy stanowią minimum do utworzenia kodonu. Są cztery rodzaje nukleotydów w RNA. Gdyby kodony składały się tylko z dwóch nukleotydów, to powstaloby tylko 16 kombinacji (4x4=16). Jest to niewystarczające do zdefiniowania 20 aminokwasów. Kodony składające się z 3 aminokwasów pozwalają na utworzenie 64 kombinacji (4x4x4=64). Jest to więcej niż 20
Zadanie 18
Mitochondria mogą wykorzystać kod genetyczny, który różni się od standardowego kodu genetycznego komórki, ponieważ mitochondrialne DNA koduje odrębny komplet tRNA, który pasuje do ich własnego mRNA.
Zadanie 19
Mutacja w danym genie E. Coli może zostać zmapowana poprzez analizę rekombinacji. Białka zakodowane w typie dzikim i zmutowanym mogą zostać zsekwencjonowane oraz może zostać zidentyfikowane położenie zmienionych aminokwasów. W wyniku tego kolejność mutacji na mapie genetycznej odnosi się do zmiany kolejności aminokwasów w polipeptydzie produkowanym przez geny. Ten eksperyment dowodzi, że geny i produkty polipeptydowe są współliniowe u procariotiów.
Zadanie 20
a, b, d Odp a jest prawidłowa ponieważ oba kodony AGU i AGC oznaczają serynę, ponieważ więcej niż jeden kodon może oznaczać jeden aminokwas, mówi się, że kod genetyczny jest zdegenerowany.
Odp b jest prawidłowa ponieważ zmiana jednego nukleotydu w DNA może zmienićkodona na mRNA np. z AGU kodującego serynę na AAU, który odpowiada asparaginie.
Odp d jest prawidlowa ponieważ antykodon ACU jest podstawową parą z AGU.
Odp c jest nieprawidłowa ponieważ zmiana jednego nukleotydu w DNA nie koniecznie musi powodować zmianę kodowanego aminokwasów, chociażby AGU i AGC gdzie oba oznaczają serynę.
Zadanie 21