LISTA 2

Poznawanie genów

1. Które z poniższych sekwencji dłuższego dupleksu DNA mogą być rozpoznane przez enzymy restrykcyjne?

1. 5'-AGTC-3'

3'-TCAG-5'

2. 5'-ATCG-3'

3'-TAGC-5'

3. 5'-ACCT-3'

3'-TGGA-5'

4. 5'-ACGT-3'

3'-TGCA-5'

2. Który z poniższych reagentów byłby użyteczny w uwidocznieniu fragmentów DNA, które zostały oddzielone przez elektroforezę w żelu agarozowym i pozostały w wilgotnym żelu?

1. ³²P_i (d) bromek etydyny

2. [α-³²P]ATP (e) polimeraza DNA

3. Difenyloamina (f) kinaza polinukleotydowa

3. Które z poniższych reagentów byłyby pomocne w oznaczaniu oligodeoksyrybonukleotydu d(GGATACC)?

(a) [γ-³²P]ATP (d) kinaza polinukleotydowa

(b) ³²P_i (e) ligaza DNA

(c) polimeraza RNA DNA-zależna

4. Dokończ zdania dotyczące sekwencjonowania DNA metodą dideoksy Sangera

1. Włączenie ddNMP w rosnący łańcuch DNA przerywa reakcję, ponieważ

2. Fragmenty terminacji łańcucha są zwykle oznaczone ³²P przez

3. „Uniwersalny” primer może być użyty, when sequencing any insert cloned into an M13 vector because

4. Preferowane jest oznakowanie primeru oligonukleotydu grupą fluorescencyjną, a nie radioaktywną, ponieważ

5. Połącz warunki reakcji PCR z lewej kolumny z odpowiednimi reakcjami z prawej kolumny.

(a) nagłe ochłodzenie do 54 st. (1) synteza DNA przez polimerazę Taq DNA

(b) podgrzanie do 72 st., 30 s (2) hybrydyzacja primerów

(c) podgrzanie do 95 st., 15 s (3) rozdzielenie nici

6. Które z poniższych są możliwymi zastosowaniami techniki PCR?

1. wykrywanie bardzo małych ilości bakterii i wirusów

2. wprowadzenie normalnego genu do zwierząt zawierających odpowiadający (zgodny) gen defektywny (wadliwy)

3. amplifikacja DNA w próbkach archeologicznych

4. monitorowanie określonych typów chemoterapii nowotworowej

5. identyfikacja DNA w próbkach sądowych

7. Efektywne połączenie kowalencyjne dwóch jednoniciowych DNA przez ligazę DNA wymaga:

1. żeby końce nici były zestawione tak, by grupa 3'-OH była przyległa do 5'-OH

2. źródła energii, by utworzyć wiązanie fosfodiestrowe

3. a template or `splint' stand, chich is complementary to the single-strand DNAs, to bring the ends to be joined into apposition

4. cztery trisfosforany deoksyrybonukleozydów (dNTP) do wypełnienia każdej ewentualnej luki pomiędzy końcami, które mają się połączyć

8. Ustal, czy których z poniższych jest lub nie jest cechą wektorów i wyjaśnij dlaczego lub dlaczego nie.

(a) replikacja autonomiczna (d) mały rozmiar

(b) unique restriction sites (e) kolistość

(c) geny, które nadają odporność na antybiotyki

9. Dostarczono Ci linker oligonukleotyd d(GGAATTCC) oraz wyizolowany i oczyszczony fragment restrykcyjny DNA, który został wycięty z dłuższej cząsteczki DNA za pomocą endonukleazy restrykcyjnej, która produkuje lepkie końce. Które z poniższych reagentów potrzebowałbyś, by dopasować końce tego fragmentu, aby mógł on być dalej wstawiony do wektora ekspresyjnego w unikalnym miejscu rozpoznawane prze EcoRI?

(a) polimeraza DNA (d) ATP

(b) wszystkie 4 dNTP (e) ligaza DNA

(c) endonukleazy restrykcyjne EcoRI (f) kinaza polinukleotydowa

Co by się stało, gdyby fragment restrykcyjny miał miejsce rozpoznawane przez EcoRI wewnątrz?

10. Wstawienie długiego fragmentu DNA w środek genu wektorowego, który określa enzym hydrolizujący antybiotyk i zawierający zmieniony wektor, do bakterii:

1. prowadzi do drug resistanse transfer

2. jest nazywane inaktywacją inercyjną

3. przywraca wrażliwość komórek na antybiotyk

4. może być używane do identyfikowania bakterii, które zawierają wektor z fragmentem DNA

5. jest metodą niszczenia bakterii patogennych

11. Krótko opisz biblioteki genomów i cDNA. Która biblioteka, z określonego organizmu, ma więcej klonów?

12. Która z poniższych niecałkowitych sekwencji aminokwasowych z białka, którego geny chciałbyś klonować, byłaby najbardziej użyteczna przy projektowaniu próbki oligonukleotydu do sfilmowania biblioteki cDNA?

1. Met-Leu-Arg-Leu

2. Met-Trp-Cys-Trp

Wyjaśnij, dlaczego.

13. Które z poniższych reagentów byłyby potrzebne, aby przeprowadzić immuno-chemical screen of a population of bacteria for the presence of a particular cloned gene, if sou hale the pure protein encoded by the gene?

1. [γ-³²P]ATP

2. Kinaza polinukleotydowa

3. Polimeraza DNA

4. Wszystkie 4 dNTP

5. Radioaktywne przeciwciało do białka kodowanego przez klonowany gen

14. Które z poniższych stwierdzeń są poprawne? Oligonucleotide-directed site-specific mutagenesis:

1. depends upon having an oligonucleotide with a sequence completely different from that of the target gene

2. może być użyta, by wywołać mutacje: delecja, insercja, mutacja punktowa

3. jest dobrą metodą oznaczania funkcjonalnych domen enzymu

4. jest użyteczna przy ustalanie zaangażowania konkretnego aminokwasu w mechanizmach katalitycznych enzymu

5. może wiązać się z użyciem tego samego ligonukleotydu do produkcji mutanta i do jego wykrycia

---