Sprawozdanie zajęcia komputerowe

Sprawozdanie

Inżynieria bioreaktorów – laboratorium

„Zajęcia komputerowe – wyznaczanie parametrów kinetycznych”

Wstęp teoretyczny

Celem ćwiczenia było wyznaczenie parametrów kinetycznych równania na podstawie danych z przeprowadzonego doświadczenia, korzystając z dwóch metod - biochemicznej i przemysłowej:

  1. Metoda biochemiczna – początkowych szybkości reakcji

W metodzie tej przeprowadza się doświadczenie, opierając się na założeniach kinetyki Michaelisa – Menten, tj.:

Cs,max 20 * KM 95% Vmax

Cs, min 0,5 * KM,

Gdzie KM – stała Michaelisa, Vmax – szybkość maksymalna

Temperatura powinna być o 5 – 10 °C niższa niż temperatura optymalna, aby nie spowodować denaturacji części enzymu.

pH natomiast powinno być utrzymywane na poziomie optymalnym dla danego enzymu. Wtedy enzym jest najbardziej stabilny.

Przygotowując się do przeprowadzenia tego doświadczenia należy dobrać odpowiedni czas reakcji. Reakcje najlepiej przerwać, gdy stopień przereagowania substratu nie będzie większy niż 5%. Z otrzymanych wyników sporządza się wykres zależności r = f(Cs). Jeżeli wykres jest zgodny z oczekiwaniami, oznacza to, że reakcja przebiega zgodnie z kinetyką Michaelisa – Menten (MM). Z linearyzacji tego wykresu sporządza się wykres Lineweavera – Burka (LB) zależności 1/r = f(1/Cs) i wyznacza z równania prostej parametry KM (stała Michaelisa) oraz Vmax (szybkość maksymalna reakcji).

Natomiast jeżeli zarówno kształt wykresu MM i LB odbiega od standardowego, świadczy to o niestandardowej kinetyce, co więcej enzym jest hamowany przez inhibitor. Wiadomo, że w reakcji brał udział tylko substrat i enzym, więc inhibitorem może być produkt lub substrat reakcji. Z tych danych wyklucza się inhibicję produktem, gdyż doświadczenie rozpatrywane jest przy stężeniu początkowym, gdy nie powstał jeszcze produkt. W takim przypadku wykres MM ma taką samą postać, jak dla reakcji bez inhibitora.

W celu zweryfikowania podejrzenia o inhibicję sporządza się wykres zależności czasu rzeczywistego reakcji od stężenia substratu i porównuje z wykresem zależności czasu modelowego od stężenia substratu. Czas modelowy dla danej reakcji wylicza się z postaci całkowej równania Michaelisa – Menten:


$$t = \frac{1}{V_{\max}} \bullet \left( K_{m} \bullet \ln\left( \frac{C_{0,s}}{C_{s}} \right) + C_{0,s} - C_{s} \right)$$

gdzie:

t – czas

C0,s – stężenie początkowe substratu

Cs – stężenie substratu po czasie t

Vmax – szybkość maksymalna reakcji

KM – stała Michaelisa

Jeżeli oba wykresy się pokrywają, to w reakcji nie bierze udział inhibitor. Natomiast jeżeli się nie pokrywają, to reakcja jest hamowana. Można w ten sposób potwierdzić inhibicję substratem i wykryć inhibicję produktem.

Parametry kinetyczne reakcji można także wyznaczyć regresją nieliniową, korzystając z programu Origin Pro 8.0.

W programie tworzy się wykres MM, wprowadza szacunkowe wartości KM i Vmax oraz równanie krzywej: $V = \frac{V_{\max} \bullet C_{s}}{K_{M} + C_{s}}$ . Program z regresji nieliniowej wyznacza dokładne parametry wraz z błędem analitycznym.

W taki sam sposób można rozpatrzyć reakcję z inhibitorem, którym jest substrat. Wprowadza się szacunkowe wartości KM, Vmax oraz Kis (parametr charakterystyczny dla inhibicji substratowej, nie jest się go w stanie wyznaczyć z regresji liniowej, dlatego przyjmuje się, że musi być większy od KM). Równanie krzywej ma postać : $V = \frac{V_{\max} \bullet C_{s}}{K_{M} + C_{s} + \frac{C_{s}^{2}}{K_{\text{is}}}}$, a z regresji nieliniowej otrzymuje się dokładne wartości parametrów kinetycznych.

Niestety dla inhibicji produktem nie można zastosować tej metody, ponieważ wykres MM ma taką samą postać jak dla reakcji bez inhibitora i nie uzyska się wartości parametrów dla reakcji hamowanej produktem. Alternatywą dla obliczenia tych wartości jest inna metoda – metoda przemysłowa.

  1. Metoda przemysłowa

Metoda ta stosowana jest w przemyśle, ponieważ nie uwzględnia się tu założeń kinetyki Michaelisa – Menten. Badany jest wpływ każdego ze składników reakcji. Nie przyjmuje się założenia początkowych szybkości reakcji, czyli sprawdzane jest także oddziaływanie produktu. Można więc wyznaczyć parametry dla reakcji hamowanej produktem. Reakcja nie jest przerywana, po początkowym przereagowaniu substratu, lecz jest prowadzona do końca, aż do wyczerpania substratu. Jest się tutaj nastawionym na uzyskanie maksymalnej ilości produktu.

Nie można tu wyznaczyć parametrów kinetycznych z regresji liniowej i wykresu Michaelisa –Menten. Korzysta się z programu Origin, gdzie tworzony jest wykres Cs = f(t). Zauważa się tutaj spadek stężenia substratu w czasie. Jednak bez dokładnej wiedzy o enzymie, nie można wyznaczyć szukanych parametrów. Należy wiedzieć, czy w reakcji bierze udział inhibitor, aby zastosować odpowiednie równanie krzywej, z której zostaną wyznaczone stałe.

gdzie:

t – czas

C0,s – stężenie początkowe substratu

Cs – stężenie substratu po czasie t

Vmax – szybkość maksymalna reakcji

KM – stała Michaelisa

Kis – stała dla inhibicji substratem

Ki – stała dla inhibicji produktem

Podczas wyznaczania parametrów także niezbędna jest znajomość w przybliżeniu wartości KM i Vmax oraz stałych dla inhibicji. Można je odnaleźć w literaturze lub wykonać kilka pomiarów przy założeniu początkowych szybkości reakcji i oszacować z kinetyki Michaelisa – Menten.

Program Origin z regresji nieliniowej wyznacza dokładne wartości parametrów kinetycznych.

Opracowanie wyników

Wyznaczanie parametrów kinetycznych równania metodą biochemiczną

  1. Wyznaczanie parametrów kinetycznych w reakcji przebiegającej zgodnie z kinetyką reakcji Michaelisa-Menten.

  1. Wyznaczenie funkcji r = f(Cs) na podstawie otrzymanych w doświadczeniu wartości Cs i r:

Cs r
0,10 0,021
0,20 0,038
0,30 0,050
0,50 0,068
0,75 0,083
1,00 0,094
1,50 0,107
2,00 0,115
2,50 0,121
3,00 0,125
4,00 0,130
5,00 0,134
7,50 0,139
10,00 0,142
15,00 0,144
20,00 0,146
  1. Otrzymanie wykresu Lineweavera–Burka na podstawie linearyzacji wykresu Michaelisa–Menten:

1/Cs 1/r
10,00 46,67
5,00 26,67
3,33 20,00
2,00 14,67
1,33 12,00
1,00 10,67
0,67 9,33
0,50 8,67
0,40 8,27
0,33 8,00
0,25 7,67
0,20 7,47
0,13 7,20
0,10 7,07
0,07 6,93
0,05 6,87

Przedstawione wykresy Michaelisa – Menten oraz Lineweavera – Burka są zgodne z oczekiwaniami. Oznacza to, że reakcja przebiegała zgodnie z założeniami kinetyki Michaelisa – Menten.

  1. Wyznaczenie parametrów kinetycznych KM i Vmax na podstawie równania krzywej z wykresu Lineweavera – Burka:


$$\frac{1}{V} = \frac{K_{M}}{V_{\max}} \bullet \frac{1}{C_{s}} + \frac{1}{V_{\max}}\ \ \ < = > \ \ \ \frac{1}{r} = 4 \bullet \frac{1}{C_{s}} + \ 6,667$$


$$\frac{1}{V_{\max}} = 6,667\ \ \ = > \ \ \ V_{\max} = 0,150$$


$$\frac{K_{M}}{V_{\max}} = 4\ \ \ = > \ \ \ K_{M} = 0,600$$

  1. Otrzymane wartości KM i Vmax metodą regresji nieliniowej:


Vmax = 0, 150 ± 9, 816 • 10−17


KM = 0, 600 ± 1, 781 • 10−15

  1. Weryfikacja danych w reaktorze okresowym. Wyznaczenie czasu modelowego:


$$t_{\text{modelowy}} = \frac{1}{V_{\max}} \bullet K_{M} \bullet ln\left( \frac{C_{0,s}}{C_{s}} \right) + C_{0,s} - C_{s}$$


C0, s = 30

t Cp Cs tmodelowy
0 0,00 30,00 0,0
1 0,15 29,85 1,0
2 0,30 29,70 2,0
3 0,45 29,55 3,1
5 0,75 29,25 5,1
10 1,50 28,50 10,2
15 2,25 27,75 15,3
20 2,90 27,10 19,7
25 3,70 26,30 25,2
30 4,50 25,50 30,7
40 5,90 24,10 40,2
50 7,30 22,70 49,8
60 8,70 21,30 59,4
79 11,60 18,40 79,3
100 14,60 15,40 100,0
120 17,50 12,50 120,2
150 22,00 8,00 152,0
180 25,70 4,30 179,1
196 28,00 2,00 197,5
210 29,30 0,70 210,4
219 29,80 0,20 218,7
222 29,90 0,10 222,1
225 29,95 0,05 225,3
  1. Otrzymanie wykresu zmiany stężenia substratu w reaktorze okresowym w czasie (t = f(Cs)) oraz wykresu zmiany stężenia substratu w czasie modelowym (tmodelowy = f(Cs)).

Przedstawione wykresy pokrywają się. Ta obserwacja potwierdza, że w reakcji nie bierze udział inhibitor.

  1. Wyznaczanie parametrów kinetycznych w reakcji w przypadku inhibicji substratem.

  1. Wyznaczenie funkcji r = f(Cs) na podstawie otrzymanych w doświadczeniu wartości Cs i r:

Cs r
0,1 0,021
0,2 0,037
0,3 0,050
0,5 0,068
0,8 0,083
1,0 0,093
1,5 0,105
2,0 0,112
2,5 0,116
3,0 0,119
4,0 0,122
5,0 0,123
7,5 0,122
10,0 0,119
15,0 0,112
20,0 0,105
25,0 0,098
30,0 0,093
35,0 0,087
40,0 0,083
  1. Otrzymanie wykresu Lineweavera–Burka na podstawie linearyzacji wykresu Michaelisa–Menten:

1/Cs 1/r
10,00 46,68
5,00 26,69
3,33 20,04
2,00 14,73
1,33 12,10
1,00 10,80
0,67 9,53
0,50 8,93
0,40 8,60
0,33 8,40
0,25 8,20
0,20 8,13
0,13 8,20
0,10 8,40
0,07 8,93
0,05 9,53
0,04 10,16
0,03 10,80
0,03 11,45
0,03 12,10

Kształty przedstawionych wykresów (Michaelisa – Menten i Lineweavera – Burka) znacznie odbiegają od standardowych. Świadczy to o niestandardowej kinetyce, enzym jest hamowany przez inhibitor. W tym przypadku szybkość reakcji maleje wraz ze wzrostem stężenia substratu. Występuje tutaj inhibicja substratowa.

  1. Przeprowadzenie poprawnej linearyzacji:

W celu wyznaczenia parametrów KM i Vmax do wykresu Lineweavera – Burka brano punkty, które tworzyły odcinek prosty tj. punkty odnoszące się do małego stężenia substratu.

1/Cs 1/r
10,00 46,68
5,00 26,69
3,33 20,04
2,00 14,73
1,33 12,10
1,00 10,80
0,67 9,53
0,50 8,93
0,40 8,60
0,33 8,40
0,25 8,20
0,20 8,13
  1. Wyznaczenie parametrów kinetycznych KM i Vmax na podstawie równania krzywej z wykresu Lineweavera – Burka:


Vmax = 0, 143


KM = 0, 565

  1. Otrzymane wartości KM i Vmax metodą regresji nieliniowej:


Vmax = 0, 150 ± 1, 226 • 10−16


KM = 0, 600 ± 1, 595 • 10−15


Kis = 50 ± 1, 556 • 10−13

  1. Weryfikacja danych w reaktorze okresowym. Wyznaczenie czasu modelowego:


$$t_{\text{modelowy}} = \frac{1}{V_{\max}} \bullet K_{M} \bullet ln\left( \frac{C_{0,s}}{C_{s}} \right) + C_{0,s} - C_{s} + \frac{1}{{2 \bullet K}_{\text{is}}} \bullet \left( C_{0,s}^{2} - C_{s}^{2} \right)$$


C0, s = 30

t Cp Cs tmodelowy
0 0,00 30,00 0,0
2,2 0,15 29,85 1,1
4 0,30 29,70 2,1
6 0,45 29,55 3,2
11 0,75 29,25 5,3
19 1,50 28,50 10,7
26 2,25 27,75 16,0
34 2,90 27,10 20,7
42 3,70 26,30 26,4
52 4,50 25,50 32,1
66 5,90 24,10 42,1
80 7,30 22,70 52,2
97 8,70 21,30 62,2
123 11,60 18,40 83,1
150 14,60 15,40 104,7
176 17,50 12,50 125,8
211 22,00 8,00 159,1
239 25,70 4,30 187,4
245 26,50 3,50 193,8
256 27,80 2,20 204,7
260 28,30 1,70 209,2
267 29,00 1,00 216,2
273 29,50 0,50 222,5
278 29,80 0,20 228,2
  1. Otrzymanie wykresu zmiany stężenia substratu w reaktorze okresowym w czasie (t = f(Cs)) oraz wykresu zmiany stężenia substratu w czasie modelowym (tmodelowy = f(Cs)).

Przedstawione wykresy nie pokrywają się. Świadczy to o tym, że w reakcji bierze udział inhibitor, którym jest substrat. Enzym pracuje wolniej niż przewiduje to wykres modelowy. Jednakże im ilość substratu zmniejsza się wraz z biegiem czasu, tym reakcja biegnie szybciej.

  1. Wyznaczanie parametrów kinetycznych w reakcji w przypadku inhibicji produktem.

  1. Wyznaczenie funkcji r = f(Cs) na podstawie otrzymanych w doświadczeniu wartości Cs i r:

Cs r
0,1 0,021
0,2 0,038
0,3 0,050
0,5 0,068
0,8 0,083
1,0 0,094
1,5 0,107
2,0 0,115
2,5 0,121
3,0 0,125
4,0 0,130
5,0 0,134
7,5 0,139
10,0 0,142
15,0 0,144
20,0 0,146
30,0 0,147
40,0 0,148
  1. Otrzymanie wykresu Lineweavera–Burka na podstawie linearyzacji wykresu Michaelisa–Menten:

1/Cs 1/r
10,00 46,67
5,00 26,67
3,33 20,00
2,00 14,67
1,33 12,00
1,00 10,67
0,67 9,33
0,50 8,67
0,40 8,27
0,33 8,00
0,25 7,67
0,20 7,47
0,13 7,20
0,10 7,07
0,07 6,93
0,05 6,87
0,03 6,80
0,03 6,77

Przedstawione wykresy tj. wykres Michaelisa – Menten oraz Lineweavera – Burka, są zgodne z oczekiwaniami. Oznacza to, że reakcja przebiegała zgodnie z założeniami kinetyki Michaelisa – Menten.

  1. Wyznaczenie parametrów kinetycznych KM i Vmax na podstawie równania krzywej z wykresu Lineweavera – Burka:


Vmax = 0, 150


KM = 0, 600

  1. Weryfikacja danych w reaktorze okresowym. Wyznaczenie czasu modelowego:


$$t_{\text{modelowy}} = \frac{1}{V_{\max}} \bullet K_{M} \bullet ln\left( \frac{C_{0,s}}{C_{s}} \right) + C_{0,s} - C_{s}$$


C0, s = 30

t Cp Cs tmodelowy
0,0 0,0 30,00 0,00
1,0 0,2 29,85 1,02
2,0 0,3 29,70 2,04
3,1 0,5 29,55 3,06
5,1 0,8 29,25 5,10
10,4 1,5 28,50 10,21
15,8 2,3 27,75 15,31
20,5 2,9 27,10 19,74
26,4 3,7 26,30 25,19
32,5 4,5 25,50 30,65
43,6 5,9 24,10 40,21
55,1 7,3 22,70 49,78
67,2 8,7 21,30 59,37
94,6 11,6 18,40 79,29
127,0 14,6 15,40 100,00
164,0 17,5 12,50 120,17
240,2 22,0 8,00 151,95
342,0 25,7 4,30 179,10
463,7 28,0 2,00 197,50
627,5 29,3 0,70 210,36
821,3 29,8 0,20 218,71
928,2 29,9 0,10 222,15
1035,0 30,0 0,05 225,25
  1. Otrzymanie wykresu zmiany stężenia substratu w reaktorze okresowym w czasie (t = f(Cs)) oraz wykresu zmiany stężenia substratu w czasie modelowym (tmodelowy = f(Cs)).

Przedstawione wykresy nie pokrywają się. Świadczy to o tym, że w reakcji bierze udział inhibitor, którym jest produkt. Enzym pracuje dużo wolniej niż przewiduje to wykres modelowy. Reakcja osiąga większą szybkość dopiero w wyższych stężeniach substratu.

Wyznaczanie parametrów kinetycznych równania metodą przemysłową.

  1. Wyznaczanie parametrów kinetycznych w reakcji przebiegającej zgodnie z kinetyką reakcji Michaelisa-Menten.

  1. Wyznaczenie funkcji r = f(Cs) na podstawie otrzymanych w doświadczeniu wartości Cs i r:

Cs t
30 0
29,85 1
29,7 2
29,55 3
29,25 5
28,5 10
27,75 15
27,1 20
26,3 25
25,5 30
24,1 40
22,7 50
21,3 60
18,4 79
15,4 100
12,5 120
8 150
4,3 180
2 196
0,7 210
0,2 219
0,1 222
0,05 225
  1. Otrzymane wartości KM i Vmax metodą regresji nieliniowej:


Vmax = 0, 151 ± 3, 965 • 10−4


KM = 0, 622 ± 0, 019

  1. Wyznaczanie parametrów kinetycznych w reakcji w przypadku inhibicji substratem.

  1. Wyznaczenie funkcji r = f(Cs) na podstawie otrzymanych w doświadczeniu wartości Cs i r:

Cs t
30 0
29,85 2,2
29,7 4
29,55 6
29,25 11
28,5 19
27,75 26
27,1 34
26,3 42
25,5 52
24,1 66
22,7 80
21,3 97
18,4 123
15,4 150
12,5 176
8 211
4,3 239
3,5 245
2,2 256
1,7 260
1 267
0,5 273
0,2 278
  1. Otrzymane wartości KM, Vmax oraz Kis metodą regresji nieliniowej:


Vmax = 0, 189 ± 0, 005


KM = 0, 978 ± 0, 112


Kis = 24, 914 ± 1, 449

  1. Wyznaczanie parametrów kinetycznych w reakcji w przypadku inhibicji produktem.

  1. Wyznaczenie funkcji r = f(Cs) na podstawie otrzymanych w doświadczeniu wartości Cs i r:

Cs t
30 0,0
29,85 1,0
29,7 2,0
29,55 3,1
29,25 5,1
28,5 10,4
27,75 15,8
27,1 20,5
26,3 26,4
25,5 32,5
24,1 43,6
22,7 55,1
21,3 67,2
18,4 94,6
15,4 127,0
12,5 164,0
8 240,2
4,3 342,0
2 463,7
0,7 627,5
0,2 821,3
0,1 928,2
0,05 1035,0
  1. Otrzymane wartości KM, Vmax oraz Ki metodą regresji nieliniowej:


Vmax = 0, 149 ± 3, 22 • 10−11


KM = 0, 426 ± 6, 544 • 10−9


Ki = 0, 567 ± 8, 793 • 10−9

Wnioski

Zarówno metodą biochemiczną, jak i przemysłową wyznaczono parametry równania kinetycznego. Metoda biochemiczna jest bardziej dokładna, ponieważ opiera się na założeniach Michaelisa – Menten. Jednak jest trudniejsza i zajmuje więcej czasu niż metoda przemysłowa. Także ze względu na pomiary przy początkowej szybkości reakcji, gdzie nie obserwuje się obecności produktu, nie można wyznaczyć parametrów dla inhibicji produktem, korzystając z tej metody.

Mimo, że metoda przemysłowa jest mniej dokładna i cechuje się większym błędem, używa się jej w przemyśle ze względu na łatwe wykonanie. Nie korzysta się tu z kinetyki Michaelisa – Menten, ponieważ w przemyśle ważne jest rozpatrzenie całej reakcji, a nie tylko etap gdzie jest niskie przereagowaniu substratu.

W metodzie przemysłowej opiera się tylko na korzystaniu z regresji nieliniowej, ale niezbędne jest podanie wstępnie przypuszczalnych wartości parametrów. W zależności z jaką dokładnością podaliśmy stałe, wyniki mogą być obarczone dużym błędem.

Rozpatrując reakcję bez inhibitora, metodą biochemiczną wyznaczone parametry z wykresu Lineweavera – Burka pokrywają się z wartościami z regresji nieliniowej. Także w przypadku inhibicji substratem oszacowane wcześniej wartości stałych zmniejszają błąd uzyskanych wyników.

Wyznaczanie parametrów kinetycznych z regresji nieliniowej jest szczególnie niezbędne w przypadku reakcji z inhibitorem, ponieważ poprzez regresję liniową nie uzyska się wartości stałej inhibicji Kis w metodzie biochemicznej. W metodzie przemysłowej korzysta się tylko z regresji nieliniowej, ale im większa liczba szukanych stałych, tym większy błąd otrzymanych wartości parametrów. Dlatego można z kinetyki Michaelisa - Menten oszacować Km i Vmax, przeprowadzając przykładową reakcję zgodnie z danymi założeniami, a regresją nieliniową wyznaczyć parametry kinetyczne dla tej inhibicji.

Literatura

[1] Berg JM., Stryer L., Tymoczko JL., Biochemia, PWN, Warszawa 2003, 201-203

[2] Instrukcja do zajęć laboratoryjnych – Biochemia I, Ćwiczenie A – Kinetyka enzymatyczna I, Politechnika Wrocławska, Wydział Chemiczny, Zakład Biochemii, Wrocław 2010, 6-9


Wyszukiwarka

Podobne podstrony:
Sprawozdanie zajęcia komputerowe(1)
Sprawozdanie zajęcia komputerowe
oswiadczenia, sprawozdanie -zajecia otwarte dla rodziców, SCENARIUSZ ZAJĘĆ
ZAJĘCIA KOMPUTEROW, świetlica, dokumentacja
Zajęcia z komputerem, ✹Terapia pedagogiczna✹
Sprawozdanie z Sieci Komputerowych
poznajemy arkusz kaluklacyjny - marzec, konspekty informatyka, zajęcia komputerowe szkoła podstawowa
planwynikowyz inf kl2(roz), WIOLETTA, Zajęcia komputerowe
Ocena kształtująca KARTA SAMOOCENY zajęcia komputerowe, Ocenianie kształtujące
SZWAL SPRAWOZDANIE 5, Sieci Komputerowe
szablon sprawozdan, Sieci komputerowe
Sprawozdanie-Sieci komputerowe, laboratorium 1 i 1a, Kopia
zajecia komputerowe Ruszkowska, Lisowska
SZWAL SPRAWOZDANIE 2, Sieci Komputerowe
krzyżówka-maj, konspekty informatyka, zajęcia komputerowe szkoła podstawowa
SCENARIUSZ - warzywa.(1), WIOLETTA, Zajęcia komputerowe
zajęcia komputerowe kl III i PSO
sprawozdanie zajecia praktyczne

więcej podobnych podstron