Obóż zagłady Sobibór był usytuowany nieopodal wioski Sobibór, we wschodniej części województwa lubelskiego, przy linii kolejowej Chełm – Włodawa, 5 km od rzeki Bug, która obecnie stanowi granicę z Ukrainą. W 1942 r. tędy przebiegała granica pomiędzy Generalgouvernement and the Reichskommissariat Ukraine. Był to teren bagnisty i dziś, podobnie jak wówczas jest gęsto zalesiony.
Obóz ten był drugim z kolei obozem zagłady zbudowanym w ramach Aktion Reinhard, a jego rozplanowanie oparto na schemacie budowy i doświadczeniach wyniesionych z funkcjonowania obozu w Bełżcu (pierwszym z obozów Akcji Reinhard). Pierwszy pociąg przybył do Sobiboru w kilka dni po tym, jak nad wioską krążył niewielki samolot. Z pociągu wysiadło dwóch oficerów SS i dwóch inżynierów budowlanych z SS-Zentralbauleitung z Zamościa. Byli nimi: Thomalla, ekspert budowlany zatrudniony przy Aktion Reinhard i Moser – kierownik budowy. Chodzili wokół stacji, dokonywali pomiarów i w końcu udali się do lasu naprzeciwko stacji.
W marcu 1942 r. zbudowano nową bocznicę linii kolejowej Chełm-Włodawa, która kończyła się betonową rampą (w 2004 r. jeszcze widoczną). Rampa była usytuowana naprzeciwko budynku stacyjnego. Ogrodzenie (poprzetykane gałęziami) było zbudowane w taki sposób, aby zarówno rampa, jak i bocznica znajdowały się wewnątrz obozu, ale jednocześnie uniemożliwiały pasażerom stacji oglądanie tego, co działo się za ogrodzeniem. Tak więc pociągi kierowane na bocznicę wjeżdżały przez bramę i znikały za “ścianą zieleni”.
W obrębie stacji znajdowały się trzy budynki – stacja, dom leśniczego i dwupiętrowa poczta.
Kontroli postępujących prac budowlanych (wykonywanych przez 80 Żydów z pobliskich gett) dokonywała komisja, która kierował SS-Hauptsturmführer Naumann, szef Głównego Biura Budowlanego Waffen-SS i policji w Lublinie. Po ukończeniu pierwszej fazy prac robotnicy żydowscy zostali rozstrzelani. W kwietniu 1942 r. mianowany komendant obozu - SS-Obersturmführer Franz Stangl. Jego pierwszym zadaniem było przyśpieszenie tempa budowy obozu. Po wskazówki i doświadczenie Stangl udał się do Wirtha, komendanta obozu w Bełżcu. Po powrocie komendanta prace nabrały większego tempa. W połowie kwietnia 1942 r. obóz był gotowy na przyjęcie pierwszego transportu.
Obóz miał kształt prostokąta o wymiarach 400 x 600 m, otoczonego trzymetrowym podwójnym drutem kolczastym, częściowo przetykanym sosnowymi gałęziami, które maskowały teren (przed obserwacją na przykład z terenu stacji). Wzdłuż ogrodzenia i w rogach obozu usytuowano drewniane wieżyczki strażnicze. Każda z 4 części obozu miała osobne ogrodzenie: budynki załogi SS (Vorlager), mieszkania i warsztaty więźniów (Lager I), obszar przyjmowania transportów i segregacji (Lager II) i właściwe miejsce zagłady (Lager III).
W części zwanej Vorlager znajdowała się rampa, na której przygotowano przestrzeń dla 20 wagonów, jak również część mieszkalna załogi SS – zarówno niemieckiej, jak i ukraińskiej (tzw. "Trawnikowców”), tutaj też mieściła się główna brama. Na jej szczycie widniał drewniany znak o wymiarach około 0.60 x 2.40 m, z napisem SS-Sonderkommando, namalowanym gotycką czcionką. W odróżnieniu od Bełżca, żołnierze SS, mieszkali w obozie.
Żydzi przybywający w transportach najpierw byli zabierani do "recepcji” (Lager II). Tu byli poddawani różnym procedurom i czynnościom, poprzedzającym ich los w komorach gazowych: segregacji według płci, oddawaniu walizek, oddawaniu ubrań, konfiskacie wszystkich przywiezionych ze sobą przedmiotów i kosztowności, kobiety - obcinaniu włosów.
Po drodze do komór gazowych nagie ofiary przechodziły kolejno przez różne budynki; kilka magazynów, drugi były domek leśniczego, oddzielony wysokim, drewnianym ogrodzeniem (pełnił on funkcję obozowych biur i mieszkań dla części esesmanów), mały obszar rolniczy ze stajniami dla koni bydła i gęsi i przez położoną około 450 m na południe od komór gazowych małą drewniana katolicką kapliczkę stojącą w cieniu wysokich sosen. Nad całym obszarem dominowała wysoka wieża strażnicza.
Najbardziej odizolowany teren eksterminacji (Lager III) usytuowany był w północno- zachodniej części obozu. Tu znajdowały się komory gazowe, doły z ciałami i baraki dla pracujących w tej części obozu więźniów żydowskich.
Z terenu “recepcji” na miejsce eksterminacji prowadziła ścieżka o szerokości 3 - 4 m i długości 150 m (tzw. "Schlauch"). Ścieżkę po obu stronach zamykało ogrodzenie z drutu kolczastego, podobnie jak w innych częściach obozu przeplecionego sosnowymi gałęziami. Tą ścieżką nagie ofiary były pędzone w kierunku komór. W połowie drogi znajdował się barak fryzjera, w którym żydowskim kobietom obcinano włosy (celem późniejszego wykorzystania w Niemczech).
Trzy gazowe znajdowały się w ceglanym budynku. Były to kwadratowe pomieszczenia (4 x 4 m) o pojemności od 160 - 180 osób. Do każdego prowadziły małe drzwi, wprost z werandy biegnącej wzdłuż budynków. Po zagazowaniu ciała były wyciągane przez wahadłowe drzwi o wymiarach 2 x 2 m, które znajdowały się naprzeciwko wejścia, prowadziła do nich druga weranda. Obok budynku stała szopa, w której umieszczono silnik wytwarzający tlenek węgla - śmiercionośny gaz. Był on doprowadzany do komór rurami.
Doły, do których wrzucano ciała zabitych miały wymiary: 50 - 60 m długości, 10 - 15 m szerokości i 5 - 7 m głębokości. Piaszczyste ściany biegły w dół po skosie – miało to ułatwiać chowanie ciał. Od stacji do masowych grobów, z pominięciem komór gazowych, biegła wąskotorowa kolejka z wagonami – wywrotkami.
Równocześnie z powstawaniem części obozu przeznaczonej do eksterminacji Żydów, kształtowała się struktura organizacyjna SS i Ukraińców.
Stangl był Austriakiem, mającym za sobą doświadczenia w programie eutanazji. Jego zastępcą był inny esesman, również z doświadczeniem w programie eutanazji - Hermann Michel, którego z kolei kilka miesięcy później zastąpił SS-Oberscharführer Gustaw Wagner. Lager I, gdzie znajdowali się pracujący więźniowie żydowscy i Lager III miał swoich własnych komendantów, podległych Stanglowi.
Komendantem częsci obou zwanej Lager I był SS-Oberscharführer Weiss, zastąpiony przez SS-Oberscharführera Karla Frenzela. Uprzednio nadzorował on żydowskich więźniów w części zwanej Lager II.
Od kwietnia do jesieni 1942 r. komendantem części Lager III był SS-Oberscharführer Kurt Bolender, przez SS-Oberscharführer Ericha Bauera.
Alfred Ittner był dowódcą obozowej administracji, następnie przeniesiono go do Lager III. Strażnicy ukraińscy w Sobiborze pochodzili z obozu szkoleniowego SS w Trawnikach, gdzie byli przygotowywani przez SS-Scharführera Ericha Lachmanna. Był on dowódcą "Trawnikowców" od kwietnia 1942. Jesienią 1942 r zastąpił go Bolender. „Trawnikowcy” byli zorganizowani w trzy plutony, dowodzone przez Ukraińców, którzy już wcześniej służyli w szeregach policji niemieckiej i posiadali odpowiednie stopnie wojskowe.
W połowie kwietnia 1942 r, gdy budowa obozu była prawie zakończona, miały miejsce pierwsze eksperymenty z zagazowywaniem ofiar. W tym celu przywieziono około 250 Żydów z obozu pracy przymusowej w Krychowie. Wirth, komendant obozu w Bełżcu przybył do Sobiboru, aby być świadkiem tych prób; towarzyszył mu chemik dr Karl Blaurock.
Po tym eksperymentalnym zabójstwie, w pierwszych dniach maja 1942 r. Rozpoczęła się masowa eksterminacja.
Pociągi kierowane na bocznicę, liczące do 60 wagonów, zatrzymywały się na stacji Sobibór. Potem lokomotywa popychała od 18-20 wagonów przez bramę do obozów. Tu wagony rozładowywano, to samo działo się z kolejną partią. Pracownicy ochrony kolei i kolejarze musieli pozostać na zewnątrz ogrodzenia. Tylko wyspecjalizowany, zaufany zespół pracowników Reichsbahn miał pozwolenie na wejście na teren obozu. Gdy pociąg znalazł się na terenie obozu, zatrzymywał się na rampie, gdzie wagony otwierali ukraińscy strażnicy. Tym, którzy jeszcze żyli kazano opuścić ciemne i cuchnące wagony, następnie esesmani prowadzili ich na teren "recepcji” w Lagrze II. Czynnościom tym towarzyszyła muzyka obozowej orkiestry.
SS-Oberscharführer Kurt Bolender zeznał jak wyglądał proces eksterminacji: “Zanim Żydzi się rozebrali, Oberscharführer Hermann Michel wygłaszał do nich mowę. Na tę okazję zwykle przywdziewał biały płaszcz, udając w ten sposób lekarza. Michel obwieszczał Żydom, że zostaną wysłani do pracy, ale zanim to nastąpi musza wziąć prysznic i przejść dezynfekcję, w celu zapobiegnięcia rozprzestrzenianiu się chorób. Po rozebraniu się Żydzi byli prowadzeni przez "Schlauch". Na czele szedł esesman, a z tyłu 5 lub 6 Ukraińców poganiających ludzi. Po wejściu Żydów do komór gazowych Ukraińcy zamykali drzwi. Silnik był włączany przez Ukraińca Emila Kostenko i przez niemieckiego kierowcę z Berlina. Po zagazowaniu, drzwi były otwierane, a ciała wyjmowane przez grupę pracujących tam więźniów żydowskich."
Starszym, chorym i inwalidom mówiono, że otrzymają pomoc medyczną. Wsadzano ich na wózki (potem używano kolejowych wywrotek) które mężczyźni lub konie ciągnęli prosto do dołów znajdujących się w części Lager III, tu też ich rozstrzeliwano.
Po pierwszych kilku tygodniach rozbierania się na wolnym powietrzu na terenie Lager II, postawiono barak, które pełnił rolę rozbieralni Wewnątrz baraku znajdowały się oznaczenia wskazujące poszczególne kierunki – "Do Kasy”, "Do Łaźni”. Żydzi przekazywali swoje pieniądze i kosztowności przez okienko do pokoju, w którym znajdowała się kasa. Kasjerem był SS-Oberscharführer Alfred Ittner, który pełnił funkcję obozowego księgowego. Później zastąpiono go Scharführerem Herbertem Flossem. Z transportu wybierana była określona liczba wykwalifikowanych pracowników – między innymi: cieśle, krawcy, szewcy i kilka tuzinów silnych, młodych mężczyzn i kobiet. Do ich obowiązków należało wykonywanie pracy fizycznej.
Każdego dnia kilkoro z nich było rozstrzeliwanych, bądź wysyłanych do komór gazowych. Ich miejsce zajmowali ludzie z kolejnych transportów. Spośród nowego transportu wybierano również ludzi, których zabierano do części Lager III, gdzie musieli pracować przy wyciąganiu zagazowanych ciał z komór i grzebaniu ich w dołach. Innych zatrudniano przy układaniu i segregacji mienia ofiar, które następnie było wysyłane do Niemiec. Tych 200-300 osób przetrzymywanych na terenie Lager III nie miało kontaktu z więźniami z pozostałych części obozu. Jedzenie dla nich przygotowywane było na terenie Lager I i przywożone przez żydowskich więźniów pod bramę Lager III.
Podczas pierwszej fazy masowych mordów w Sobiborze - od 5 Maja (transport z Opola), aż do końca lipca 1942 r. zginęło tu co najmniej od 90,000 - 100,000 Żydów. Transporty przybywały głównie z gett lub obozów przejściowych z okręgu Lublin (co najmniej 57,000), z Czech i Słowacji (6,000) jak również z Niemiec i Austrii (10,000).
W końcu lipca 1942 wstrzymano przywożenie więźniów do obozu w Sobiborze z powodu prac remontowych na linii Lublin - Chelm. W czasie dwóch kolejnych miesięcy przybyło tylko kilka niewielkich transportów z pobliskich gett.
Rosnąca liczba transportów spowodowała, że dotychczasowa wydajność komór gazowych (jednorazowo 600 osób) nie była wystarczająca, w związku z czym stare komory przeniesiono do większego budynku. Prace budowlane nadzorował SS Unterscharführer Erwin Lambert i SS-Scharführer Lorenz Hackenholt. Oni też byli głównymi wszystkich komór gazowych Akcji Reinhard i nazistowskiego programu eutanazji ( Akcja T4). Nowy budynek miał sześć komór gazowych - trzy po każdej stronie korytarza biegnącego przez środek budowli. Teraz mogło być w nich zagazowanych aż 1300 osób naraz. Po zakończeniu prac remontowych na linii kolejowej Lublin - Chelm do Sobiboru pomiędzy październikiem 1942, a czerwcem 1943 r. Przybył kompletny transport z Generalgouvernement (145,000 - 155,000 osób) i Słowacji (25,000).
Na początku lutego 1943 do obozu przyjechał z wizytą Reichsführer-SS Heinrich Himmler. Obóz wyglądał na nieczynny. Jest prawdopodobne, że właśnie dlatego Himmler wydał rozkaz, żeby odtąd transporty z Holandii przybywały do Sobiboru, jak również do innych obozów śmierci. Himmler uczestniczył także w specjalnym pokazie zagazowywania, w którym straciło życie kilkaset dziewcząt żydowskich z pobliskiego obozu pracy.
W marcu 1943 przybyło do obozu 4.000 ludzi w czterech transportach z Francji. Wszyscy zostali zabici. Między majem, a lipcem 1943 r. przybyło do Sobiboru 19 transportów pociągami pasażerskimi, którymi przyjechało 34,313 Żydów z Holandii (właściwa liczba nigdy nie została ustalona, ale większość źródeł podaje, że było 19 transportów z liczbą 34,313 Żydów przywiezionych, z których ocalało mniej niż 20). Byli oni uprzejmie witani przez SS, aby uśpić jakiekolwiek podejrzenia, co do przeznaczenia transportu. Oczywiście holenderscy Żydzi także kończyli swoje życie w komorach gazowych. Gdy ci ludzie nie byli przekonani, że są wywożeni do obozów pracy gdzieś na Wschodzie, można przypuszczać, że próbowaliby uciekać z pociągów w czasie podróży.
5 lipca 1943 na rozkaz Himmler rozszerzono teren obozu o część zwaną Lager IV. Zbudowano bunkry i zaminowano teren wokół obozu. Ostatni transport przybył w drugiej połowie września 1943 r., było w nim 14,000 Żydów z gett w Wilnie, Mińsku i Lidzie.
Próby stawiania oporu i ucieczek miały miejsce przez cały okres istnienia obozu. 20 lipca 1943 r. zbuntowało się "Leśne Komando”" (Waldkommando / ścinające drzewa, na opał, gałęzie do kamuflażu ogrodzenia obozu). Ośmiu więźniów uciekło, wszyscy pozostali zostali zastrzeleni. Na przełomie lipca i sierpnia 1943 pośród więźniów żydowskich zawiązała się tajna organizacja podziemna, pod dowództwem Leona Feldhendlera, byłego przewodniczącego Judenratu w getcie w Żółkwi. W jednym z ostatnich transportów z Mińska, do obozu trafili żydowscy członkowie Armii Czerwonej. Jednym z nich był Lt. Aleksander (Sasza) Pecherski. Został on przywódcą podziemnej grupy, jego zastępcą był Feldhendler.
Rozpoczęcie buntu zaplanowano na 13 października 1943 r., jednak wybuch opóźnił się o 24 godziny z powodu niespodziewanego przybycia do Sobiboru oddziału SS z obozu pracy z Ossowa. W dniu 14 października na urlopie byli Reichleitner, Wagner, Gomerski. Nieobecność w obozie dwóch najokrutniejszych esesmanów Wagnera i Gomerskiedgo, spowodowało poważnie osłabienie garnizonu straży. Około 16.00 zastępca komendanta Johann Niemann odwiedził warsztat krawiecki aby przymierzyć nowy mundur. Tam został zabity siekierą przez Yehudę Lernera. Nie było odwrotu - powstanie się rozpoczęło.
Zginęło dziesięciu Niemców, dwóch Volksdeutschów i ośmiu ukraińskich strażników, a SS-Oberscharführer Werner Dubois został poważnie ranny. 15 października 1943, SSPF Lublin przesłało swojemu sasiadowi SSPF in Luzk, SS Brigadeführerowi Wilhelmowi Güntheowi, wiadomość radiową, że około 700 Żydów wydostało się z obozu w Sobiborze i ucieka w jego kierunku. Powinien podjąć środki zaradcze. Faktycznie w tym czasie przetrzymywano w Soboiborze 700 Żydów, ale nie wszyscy uciekli (źródło: S. Tyas), tak więc szacunkowo liczba uciekinierów musiała być mniejsza (w przybliżeniu 300). Większość z nich straciło życie podczas pościgu, który urządziło SS i jednostki policji.
Po buncie w Treblince w sierpniu 1943 i rozbiórce obozu, ostatni więźniowie I esesmami zostali skierowani stamtąd do Sobiboru 20 października 1943 r.
23 listopada 1943 Wagner ogłosił egzekucje ostatnich trzydziestu pozostałych Żydów. Esesmani: Jührs, Sporleder i Zierke, w asyście Trawnikowcy (byli wśród nich Bodessa i Kaiser), zmusili ich do bezsensownej, cieżkiej fizycznej pracy. Potem Żydzi ci, zostali zamordowani partiami po pięć kulą w szyję.
Po wybuchu powstania Niemcy zdecydowali zlikwidować obóz w Sobiborze. Lager III – teren eksterminacji został zniszczony natychmiast. Innych obiektów, szczególnie tych znajdujących się blisko rampy używano jeszcze w lipcu 1944 r. jako niemieckiego obozu Baudienst (Służby Budowlanej). Zgodnie z zeznaniami świadków we Włodawie, którzy tam pracowali jako członkowie ekipy Baudienstu, komory gazowe nie zostały zniszczone w czasie rozbiórki Lager III, ale w czasie późniejszym.
Sobibór został wyzwolony latem 1944 r. przez żołnierzy Armii Czerwonej i oddziały polskie. Pod koniec wojny, około pięćdziesięciu byłych więźniów obozu ciągle żyło. Wielu z nich ukryło się lub wstąpiło do partyzantki.
Jako, że obóz zagłady Sobibór nie był już używany jako obóz zagłady, większości baraków nie zniszczyli esesmani, raczej zostały rozebrane w okresie powojennym. Rampy używano, aż do 1947 r. do gromadzenia transportów Ukraińców. W latach 1945 - 47 Ukraińcy ze wschodniej części okręgu Lubelskiego byli przesiedloni na Ukrainę lub do zachodnich części Polski. Gdy Ukraińcy ci oczekiwali na swoje pociągi (czasem nawet dłużej niż tydzień) potrzebowali drewna na ogniska, tak więc rozebrali pozostałe baraki. Większa wieża strażnicza nie została zniszczona, ponieważ była potrzebna do obserwacji lasu przez leśniczego (aby zapobiegać pożarom). Dom komendanta ("Jaskółcze Gniazdo") nie został wyburzony, gdyż należał wcześniej do nadleśnictwa, któremu został zwrócony. Ponadto budynek ten nie był bezpośrednio związany z eksterminacją, dlatego też Niemcy nie uznali, za konieczne jego wyburzenie. Rampa była używana do roku 1960. Ruch kolejowy ustał w 1999 roku. Stacja Sobibór pozostaje w normalnym użytkowaniu do chwili obecnej.
W Sobiborze straciło życie 150 – 200 tysięcy Żydów.
Po wojnie podczas procesu Erich Bauer (Gasmeister) został skazany na śmierć, ale wyrok zamieniono na dożywotnie więzienie. Hubert Gomerski został również skazany na dożywocie. Główny proces odbył się w Hadze latach 1965-66. Głównymi oskarżonymi byli Karl Frenzel (dożywocie), Kurt Bolender, Werner Dubois (3 lata więzienia), Erich Fuchs (4 lata więzienia) i Franz Wolf (8 lat więzienia). Bolender popełnił w celi samobójstwo. Gustav Wagner zbiegł do Brazylii, gdzie popełnił samobójstwo w 1980 r.
W 1961 r. w Sobiborze został wybudowany pierwszy pomnik. Obecny na terenie obozu znajduje się pomnik oraz dobrze utrzymane muzeum.