ZAGADNIENIA DO KOLOKWIUM 1 (09.04.2010)

1. Budowa i organizacja genomu pro- i eukariotycznego (roślinne i zwierzęce).

2. Rodzaje kwasów nukleinowych - budowa.

3. Właściwości fizyko-chemiczne kwasów nukleinowych.

4. Funkcje kwasów nukleinowych.

5. Procesy transkrypcji i replikacji DNA (najważniejsze etapy i kompleksy enzymatyczne, czynniki transkrypcyjne itp.).

6. Techniki izolacji kwasów nukleinowych - zestawy komercyjne (zasada działania).

7. Techniki izolacji kwasów nukleinowych - manualne (najważniejsze etapy i reakcje chemiczne).

8. Uszkodzenia kwasów nukleinowych - indukcja i detekcja.

9. Rozdział elektroforetyczny kwasów nukleinowych (agaroza, PFGE).

10. Oznaczanie ilościowe kwasów nukleinowych (spektrofotometrycznie, na podstawie widma UV).

11. Analiza fragmentacji wewnątrzjądrowej DNA - apoptoza i nekroza komórki.

12. Wpływ promieniowania UV i jonizującego na DNA komórkowe.

13. Reakcje powstawania wolnych rodników.

14. Komórkowe systemy antyoksydacyjne.

15. Detekcja modyfikowanych zasad azotowych w DNA za pomocą HPLC-ECD.

16. Chromatografia HPLC - zasada działania.

17. Techniki detekcji stresu komórkowego (test kometowy, HPLC-ECD itp.).

18. Mechanizmy naprawy DNA w komórkach (NER, BER, NHEJ, HR, fotoliazy).

19. Interpretacja wyników na podstawie krzywych wzorcowych i uzyskanych rozdziałów (HPLC-ECD, elektroforeza, test kometowy itp.).

20. Obliczenia biochemiczne !!! (przygotowywanie i przeliczanie stężeń roztworów).

21. Reaktywne formy tlenu w komórce - naturalne szlaki powstawania (mitochondrium, wybuch rodnikowy w stanie zapalnym).

22. Reaktywne formy tlenu i azotu jako cząsteczki sygnalizacyjne.

23. Techniki detekcji RTF za pomocą mikroskopii fluorescencyjnej i cytometrii przepływowej.

24. Rola syntetycznych antyoksydantów w stresie komórkowym (wit. A, E, C).

25. Skutki działania RTF na terenie komórki (uszkodzenia, blok cyklu itp.).

26. Inwazja i migracja komórki nowotworowej (degradacja macierzy pozakomórkowej ECM, enzymy proteolityczne MMP).

27. Budowa macierzy zewnątrzkomórkowej i techniki detekcji aktywności enzymatycznej metaloproteinaz (zymografia).

28. Przygotowanie i rozdział ektroforetyczny ekstraktów białkowych metaloproteinaz w żelu poliakrylamidowym - warunki, obliczenia.

29. Reakcja PCR - dobieranie primerów i projektowanie reakcji, obliczenia.

30. Detekcja zakażeń bakteryjnych i mykoplazmą w hodowlach in vitro.

Zalecana literatura:

1. ,,Biochemia” Stryer;

2. „Biochemia” Harper;

3. ,,Biologia komórki” Alberts;

4. ,,Genomy” Brown;

5. ,,Genetyka molekularna” Wegleński;

6. Wykłady Prof. Rzeszowska I i II rok BMiGO; BKiIG;

7. Wykłady Prof. Wideł III rok KTZiR;

8. Instrukcje do ćwiczeń w/w przedmiotów;

9. ,,Ćwiczenia z biochemii” Kłyszejko-Stefanowicz;

10. ,,Obliczenia biochemiczne” Zgirski;

---