Obróbka danych sekwencyjnych
Uruchom komputer i zaloguj się.
Login: student1
Hasło: student1
Uruchom program BioEdit, a następnie otwórz plik chromatograficzny "02-63A-5"" (dysk sieciowy P/bioinformatyka/2008). Obejrzyj chromatogram.
Otwórz zakładkę Sequence --> Nucleic Acid i zobacz jakie narzędzia się w niej znajdują.
Uruchom przeglądarkę internetową i wejdź na stronę:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov
Wybrać hiperłącze Nucleotide (Popular resources).
W oknie wyszukiwania wpisać nazwę genu, którego sekwencję chcemy znaleźć (np. atp8). Jeżeli interesuje nas sekwencja genu konkretnego organizmu, należy zmienić formułę zapytania na poniższą:
atp8 („Daucus carota”[organism])
Wciśnij GO.
Zapoznaj się z wynikami wyszukiwania.
Wejdź do pierwszego rekordu:
Daucus carota ATPase8 (ATP8) gene, ATP8-Sp2 allele, complete cds; and cytochrome b (cob) gene, cob-Sp allele, complete cds; mitochondrial genes for mitochondrial products.
Zapoznaj się ze strukturą rekordu bazy danych sekwencji nukleotydowych.
Wybierz zakładkę BLAST, a następnie nucleotide blast.
Naciśnij przycisk Przeglądaj obok okna (Or, upload file), a następnie wybierz plik "COXII_seq" (dysk sieciowy P/bioinformatyka/2008).
W zakładce (Choose Search Set) wybierz opcję Others (nr etc.).
W zakładce (Program Selection) wybierz opcję Highly similar sequences (megablast).
Kliknij BLAST.
Zapoznaj się z wynikami przeszukiwania.
Kliknij na hiperłącze wykazujące największe podobieństwo do zadanej sekwencji (np. X63625.1). Zapoznaj się ze strukturą rekordu bazy danych sekwencyjnych.
Kliknij na hiperłącze identyfikatora kodowanego białka:
/protein_id="CAA45171.1".
Zapoznaj się ze strukturą rekordu bazy danych sekwencyjnych białek.
Kliknij na hiperłącze identyfikatora białkowej domeny transmembranowej: /db_xref="CDD:111663".
Zapoznaj się ze strukturą rekordu bazy danych struktury białek.
Wróć do strony rekordu bazy danych sekwencyjnych białek.
Zmień format rekordu na FASTA.
Skopiuj sekwencję aminokwasową białka COXII.
Uruchom przeglądarkę internetową i wejdź na stronę:
http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
Do okna programu (OR by pasting sequence(s) in FASTA format:) wklej skopiowaną sekwencję aminokwasową białka i naciśnij Submit.
Zapoznaj się z otrzymanym wynikiem.
Wejdź na stronę:
http://npsa-pbil.ibcp.fr
Uruchom program: PREDATOR (Secondary structure prediction ).
Do okna programu (Paste a protein sequence below) wklej skopiowaną sekwencję aminokwasową białka, a następnie naciśnij SUBMIT.
Zapoznaj się z otrzymanym wynikiem.
Przejdź do strony rekordu bazy danych sekwencyjnych.
Wejdź na zakładkę CDS (coding sequence).
Zmień format rekordu na FASTA, a następnie skopiuj sekwencję nukleotydową kodującą białko COXII.
Wejdź na stronę: www.expasy.ch i w zakładce Tools & Software wybierz Proteomics tools. Następnie w zakładce DNA-> Protein wybierz Translate.
W oknie programu wklej skopiowaną sekwencję nukleotydową. Wybierz format wyniku na Compact ("M", "-", no spaces), a następnie naciśnij translate sequence.
Skopiuj pierwszą otwartą ramkę odczytu (ORF) i porównaj sekwencję z sekwencjami znajdującymi się w banku genów.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ --> BLAST --> protein blast --> wklej wybraną sekwencję ORF w okno programu --> BLAST.
Zapoznaj się z otrzymanymi wynikami.
1