KLASTFIKACJA BAKTERII
Królestwo: Procaryotae
Gromada: Gracilicutes (bakteriw gram ujemne)
Klasa: Scotobacteria
Gromada: Firmicutes (bakterie gram-dodatnie)
Klasa: Firmibacteria
Thalobacteria
Gromada: Tenericutes (Mykoplazmy)
Klasa: Mollicutes
BAKTERIE GRAM- UJEMNE
Rząd: SPIROCHAETALES (KRĘTKI)
Rodzina: SPIROCHAETACEAE
Rodzaj: Treponema Gatunek : pallidum ssp pallidum, pallidum ssp pertenue, pallidum ssp endemicum, carateum, denticola, vincentii, scoliodontum, refringens, minutum, phagedensis, bryantii, sockranskii, paraluiscuniculi, pectinovorum, saccharophilum, sccinifaciens
Borelia :recurrentis, burgdorferi (sensu stricto), garinii, afzelii, armenica, crocidurae, dipodilli, graingeri, hermsii, japonica, hispanica, latyschewii, duttonii, mazzottii, parkeri, persica, turicateae, venezuelensis, merionesi
Rodzina: LEPTOSPIRACEAE
Leptospira :interrogans (serotypy- canicola, pomona, grippotyphosa, icterohaemorrhagiae)
PAŁECZKI GRAM(-)MIKROAEROFILNE I BEZTL. (proste, zagięte, spiralne)
Campylobacter :fetus ssp fetus, fetus ssp venerealis, fetus ssp jejuni, fetus ssp doylei, coli,sputorum (biotyp- sputoru, bubulus, fecalis), concisus, curvus, rectus, lari, mucosalis, hyointestinalis, upsalienisis, helveticus
Arcobacter :nitrofigilis, skirrowi, butzleri, cryaerophilus
Helicobacter :mustelae, pylori, fennelliae, cinaedi, acinonyx, bilis, canis, felis, hepaticus, muridarum, nemestrine, pametensis, pullorum, Helicobacter sp., Flexispira H. rappini, H heilmanii
Anaerospirillum :succiniproducens
PAŁECZKI GRAM(-) NIEFERMENTUJĄCE GLUKOZY
Rodzina: PSEUDOMONADACEAE
Pseudomonas :aeruginosa, fluorescens, putida, stutzeri, mendocina, alcaligenes
Burkholderia :mallei, pseudomallei, cepacia, picketii, gladioli
Comamonas: acidovorans, terrigena, testosteroni
Acidovorax: delafieldi, facilis, temperans
Brevundimonas: diminuta, vescicularis
Stenotrophomonas :maltophilia
Rodzina: INNE RODZAJE
Chryseomonas: luteola
Flavimonas: oryzyhabitans
Sphingomonas: paucimobilis, parapaucimobilis, yanoikuyae, adhesiva, capsulata
Shewanella: putrefaciens
Rodzina: METHYLOCOCCACEAE
Methylobacterium: extorquens, orangophilum, aminovorans, radiotolerans, mesophilicum, rodinum, rhodesianum, zatmanii, fujisawanse
Rodzina: INNE RODZAJE
Roseomonas: gilardi, cervicalis, fauriae,
Balneatrix :alpica
Rodzina: ALCALIGENACEAE
Alcaligenes: faecalis, piechaudii, xylosoxidans ssp xylosoxidans, xylosoxidans ssp denitrificans
Bordetella: avium, parapertussis, bronchiseptica
Rodzina: RHIZOBIACEAE
Agrobacterium: radiobacter, tumefaciens
Rodzina: INNE RODZAJE
Achromobacter
Ochrobactrum: anthropi
Oligella: ureolytica
Rodzina: CYTOPHAGACEAE
Flavobacterium: breve, gleum, indologenes, meningosepticum, odoratum,
Sphingobacterium: multivorum, spiritivorum, mizutanii, thalophilum, yabuchiae
Weeksella: virosa, zoohelcum
Rodzina: INNE RODZAJE
Moraxella: lacunata, nonliquefaciens, osloensis, phenylpyruvica, atlantae
Oligella: urethralis
Neisseria: weaveri, elongata ssp nitroreducens
Psychrobacter: immobilis
Acinetobacter : calcoaceticus- Genomospecies 1, baumannii- Genomospecies2, Acinetobacter sp 3- Geno3, haemoliticus- Geno4, junii- Genomospecies 5,Acinetobacter sp 6- Genosp 6, johnsonii- Geno7, lwoffii-Geno8, Acinetobacter sp9-Geno9, Acinetobact 10-Geno10, Acinetobact 11-Geno11, radioresistans- Geno12
PAŁECZKI I ZIARNIAKI GRAM(-) TLENOWE
Rodzina: LEGIONELLACEAE (pałeczki Gram-ujemne)
Legionella :pneumophila, bozemanii, micdadei, dumoffi, gormanii, longbeachae, jordanis, feelii, maceadenii, sainthelens, birminghamensis, cincinnatiens, tucsonensis, wadsworthii
Rodzina: NEISSERIACEAE (ziarniaki i pałeczki Gram-ujemne)
Neisseria: gonorrhoeae, meningitidis, lactamica, sicca, subflava, flavescens, mucosa, cinerea, denitrificans, elongata ssp elongata, canis
Kingella: kingae, denitrificans
Branhamella: catarrhalis
Rodzina: INNE RODZAJE (pałeczki Gram-ujemne)
Brucella: melitensis, abortus, suis, ovis, neotomae, canis
Bordetella: pertussis
Francisella: tularensis, novicida
PAŁECZKI GRAM(-) WZGLĘDNIE BEZTLENOWE
Rodzina: ENTEROBACTERIACEAE (pałeczki jelitowe)
Escherichia: coli, blattae, fergusonii, hermannii, vulneris
Shigella: dysenteriae, flexneri, boydii, sonnei
Salmonella Podrodzaj I : choleraesuis, hirschfeldii(S.paratyphi C), typhi, parathypi A, schottmelleri (paratyphi B), typhimurium, enteritidis, gallinarum; Podrodzaj II: salamae; Podrodzaj (podgrupa 3a i 3b) III: arizonae; Podrodzaj IV: houtenae; Podrodzaj V: bongori
Citrobacter: freundii, amalonaticus, braakii, farmeri, koseri, sedlakii, youngae, Citrobacter genomospecies 10, Citrobacter genomospecies 11
Klebsiella: pneumoniae ssp pneumoniae, pneumoniae ssp ozaenae, pneumoniae ssp rhinoscleromatis, oxytoca, terrigena, planticola, ornithinolytica
Enterobacter: aerogenes, amnigenus, asburiae, cancerogenus, cloacae, gergoviae, hormaechei, intermedius
Serratia :marcescens, liquefaciens, plymuthica, rubidaea,odorifera, ficaria, fonticola, grimesii, proteamaculans ssp quinovora
Hafnia: alvei
Edwardsiella: tarda, hoshinae
Proteus :vulgaris, mirabilis, penneri
Providencia: alcalifaciens, stuartii, rettgeri, rustigianii,
Morganella: morganii ssp morganii, morganii ssp sibonii
Yersinia: pestis, pseudotuberculosis, enterocolitica, intermedia, frederiksenii, kristensenii, mollaretii, bercovieri, aldovae, rohdei
Xenorhabdus: luminescens
Kluyvera: ascorbata, cryocrescens
Rahnella: aquatilis
Cedecea: davisae, lapagei, neteri, Cedecea sp 3 i 5
Tatumella: ptyseos
Pantoea: agglomerans
Leclercia: adecarboxylata
Leminorella: grimontii, richardii
Moellerella: wisconsensis
Pragia: fontium
Ewingella: americana
Budvicia : aquatica
Trabusiella: guamensis
Yokenella: regensburgei
Rodzina: VIBRIONACEAE (przecinkowce)
Vibrio: cholerae, carchariae, cincinnatiensis, alginolyticus, damsela, fluvialis, furnissii, hollisae, metschnikovii, mimicus, vulnificus,
Aeromonas : hydrophila, caviae, veronii, biotyp veronii ;biotyp sobria, salmonicida, trota, schubertii, media, jandaei
Plesiomonas: shigelloides
Rodzina: INNE RODZAJE
Chromobacterium: violaceum
Cardiobacterium: hominis
Calymmatobacterium: granulomatis
Gardnerella: vaginalis
Eikenella: corrodens
Streptobacillus: moniliformis
Suttonella: indologenes
Rodzina: PASTEURELLACEAE
Pasteurella: aerogenes, bettyae, caballi, canis, dagmatis, gallinarum, haemolytica, multocida ssp gallicida, multocida ssp multocida, multocida ssp septica, pneumotropica, stomatis, volantium
Haemophilus: influenzae, aegyptius, aphrophilus, ducreyi, haemolyticus, parahaemolyticus, parainfluenzae, paraphrophilus, segnis, pleuropneumoniae
Actinobacillus: actinomycetemcomitans, urae, hominis, lignieresii, suis
PAŁECZKI I ZIARNIAKI GRAM(-) BEZTLENOWE
Rodzina: BACTEROIDACEAE (pałeczki Gram-ujemne beztlenowe)
Bacteriodes Grupa: Bacteriodes fragilis: fragilis, caccae, distasonis, eggerthii, merdae, ovatus, stercoralis, thetaiotaomicron, uniformis, vulgatus, coagulans, splanchnicus, gracilis, ureolyticus
Porphyromonas (czarno pigmentowane): gingivalis, endodontalis, asaccharolytica
Prevotella: melaninogenica, intermedia, loescheii, denticola, corporis, buccae, buccalis, oralis, oris, heparinolytica, oulora, veroralis, zoogleoformans, bivia, disiens
Fusobacterium: nucleatum ssp nucleatum, nucleatum ssp polymorphum, nucleatum ssp vincentii, alocis, sulci, peridonticum, necrophorum, naviforme, necrogenes, mortiferum, russi, varium
Leptotrichia: buccalis
Mitsuokella: dentalis, multiacidus
Wolinella: succinogenes
Selenomonas: sputigena, noxia, flueggei, infelix, dianae, artemidis
Capnocytophaga: sputigena, ochracea, gingivalis, canimorsus, cynodegmi
Megamonas: hypermegas
Mobilluncus: curtisii ssp curtisii, curtisii ssp holmesi
Rikenella: microfusus
Sebaldella: termitidis
Tissierella: praeacuta
Centipeda: periodontii
Rodzina: VEILLONELLACEAE ( ziarniaki Gram- ujemne beztlenowe)
Veillonella: parvula, dispar, atypica
Rodzina: BARTONELLACEAE (Gram-ujemne pałeczki; cienkie, lekko zakrzywione)
Bartonella: baciliformis, vinsonii, quintana, henselae, elizabethae
Grahamella: talpae, peromysci
Rząd: RICKETTSIALES (Riketsje)
Rodzina: RICKETTSIACEAE
Rickettsia: prowazekii, typhi, canada, rickettsii, sibirica, conorii, parkeri, australis, akari, montana, tsutsugamushi, japonicum, rhipicephali, felis
Coxiella: burnetti
Ehrlichia: sennetsu, chaffeensis, equi, canis, phagocytophila, risticii, muris, ewingii, platys
Rodzina: ANAPLASMATACEAE
Anaplasma: marginale, centrale, caudatum, ovis
Eperythrozoon: coccoides, ovis, suis, parvum, wenyonii
Rząd: CHLAMYDIALES (CHLAMYDIE)
Rodzina: CHLAMYDIACEAE
Chlamydia: trachomatis, pneumoniae, psittaci, pecorum
Rząd: MYCOPLASMATALES (MYKOPLAZMY)
Rodzina: MYCOPLASMATACEAE
Mycoplasma: pneumoniae, hominis, salivarium, orale, faucium, buccale, lipophilum, fermentas, pirum, genitalium, penetrans, spermatophilum
Ureaplasma: urealyticum, diversum
Rodzina: ACHOLEPLASMATACEAE
Acholeplasma: laidlawii, granularum, axanthum, modicum, oculi, equifetale, hippikon, morum
BAKTERIE GRAM-DODATNIE
ZIARNIAKI GRAM(+) KATALAZO(+)
Micrococcus: luteus, lylae, varians, roseus, agilis, kristinae, nishinomiyaensis, sedentarius, halobbius
Planococcus: citreus, halophilus
Staphylococcus: aureus ssp aureus, aureus ssp anaerobius, epidermidis, warneri, haemolyticus, hominis, saccharolyticus, auricularis, saprophyticus, cohnii ssp cohnii, cohnii ssp urealyticum, xylosus, simulans, intermedius, sciuri, gallinarum, caprae, hyicus ssp hyicus, hyicus ssp chromogenes, schleiferi ssp schleiferi ssp coagulans, capitis ssp capitis, capitis ssp urealyticus, arlettae, equorum, lentus, vitulus, kloosii, pulvereri, pasteuri, lugdunensis
Stomatococcus: mucilaginosus
Alloiococcus: otitidis
ZIARNIAKI GRAM(+) KATALAZO(-)
Streptococcus Grupa rRNA I.Paciorkowce ropotwórcze : pyogenes, agalactiae, equi, dysgalactiae, uberis, parauberis, iniae, canis, porcinus, intestinalis Grupa r RNA II :bovis, equinus, alactolyticus, Grupa III: pneumoniae, oralis, sanguis, parasanguis, anginosus, constellatus, intermedius Grupa IV.: mutans, sobrinus, ferus, rattus, cricetus, macacae, downei Grupa V :salivarius, vestibularis, thermophilus, GrupaVI :acidominimus, suis
Lactococcus :lactis, gervieae,
Enterococcus: faecalis, faecium, dispar, durans, avium, casseliflavus, gallinarum, mundtii, hirae, raffinosus, flavescens,
Aerococcus: urinae, viridans
Gemella: haemolysans, morbillorum,
Pediococcus: damnosus, parvulus, inopinatus, dextrinicus, pentosaceus, acidilactici
Tetragenococcus: halophilus
Helcococcus: kunzii
Globicatella :sanguis
Vagococccus: fluvialis, salmoninarum
Leuconostoc: mesenteroides, paramesenteroides, lactis, oenes, pseudomesenteroides, fallex
Peptostreptococcus( beztl): anaerobius, asaccharolyticus, heliotrineducens, indolicus, ,magnus, micros, prevotti, productus, tetradus,
Peptococcus(beztl): niger,
LASECZKI GRAM (+) PRZETRWALNIKUJĄCE
Bacillus(tlen.): anthracis, subtilis, cereus, circulens, coagulans, licheniformis, macerans, megaterium, mycoides, pumilus, sphaericus, thuringiensis
Clostridium(beztl.): aminovalericum, arcticum, baratii, barkeri, beijerinckii, bifermentans, botulinum, butericum, cadaveris, carnis, celatum, cellobioparum, clostridioforme, cocleatum, difficile, fallax, haemolyticum, hastiforme, histolyticum, indolis, innocuum, irregulare, leptum, limosum, mangenotti, malenominatum, nexile, novyi, perfringens, putrefaciens, ramnosum, septicum, sordellii, sphenoides, spiroforme, sporogenes, subterminale, sporosphaeroides, tetani, tertium
PAŁECZKI GRAM(+) REGULARNE
Listeria: monocytogenes, innocua, welshimeri, ivanovi, seeligeri, grayi, murrayi,
Erysipelotharix: rhusiopathyiae
Brochotrix: thermocpacta,
Lactobacillus
PAŁECZKI GRAM(+) NIEREGULARNE
Corynebacterium: diphteriae ssp gravis ;ssp mitis; ssp intermedius; ssp belfanti, pseudotuberculosis, xerosis, pseudodiphteriticum, kutscheri, minutissimum, striatum, renale, cystitidis, pilosum, bovis, matruchotti, propinquum, vitarumen, accolans, amycolatum, jeikeium, urealyticum
Gardnerella: vaginalis,
Acranobacterium: haemolyticum
Rothia : dentocariosa
PAŁECZKI GRAM(+) BEZTLENOWE
Actinomyces: israelii, naeslundii, odontolyticus, viscosus, meyeri, pyogenes, georgiae, gerencseriae, bovis
Bifidobacterium: dentium, bifidum, longum, infantis, globosum, adolescentis, breve, catenulatum, eriksonii,
Eubacterium: alactonicum, lentum, limosum, monoforme, brachy, timidium, nodatum, yurii, saburreum, aerofaciens, combessii, contortum, dolichum, multiforme, rectale, tenue,
Propionibacterium: avidum, granulosum, acnes, propionicus,
Lactobacillus: catenaforme, casei, rhamnosus, fermentum, acidophilus, plantarum, cellobiosus, buchneri, crispatus, gasseri, oris, uli, animalis
Rodzina: MYCOBACTERIACEAE (Mykobakterie, prątki)
Mycobacterium: tuberculosis, microti, bovis, africanum, kansaii, marinum, gastri,nonchromogenicum, terrae, triviale, malmoense, shimoidei, gordonae, asiaticum, szulgai, simiae, scrofulaceum, avium, intracellulare, xenopi, ulcerans, haemophilum, farcinogenes, lepraemurium, paratuberculosis, leprae, chelonae, fortuitum, chitae, senegalense, agri, smegmatis, phlei, mucogenicum,
TLENOWE PROMIENIOWCE(pałeczki,rozgałęzione,formy nitkowate)
Nocardia:asteroides, farcinica, nova, transvalensis, brasiliensis, otitidiscaviarum, amarae, brevicatena, carnea, pinensis, seriolae, vaccinii,
Rhodococcus: equi, bronchialis, sputi, coprophilus, luteus, ruber, erythropolis,
Tsukamurella:paurometabolum, aurantiacus, wratislaviensis,
Actinomadura:madurae, pelletieri,
Gordona: bronchialis, sputi, terrae, rubroperinticta,
Streptomyces: somaliensis, anulatus, albus, rimosus, coelicolor, lavendulae, violaceoruber,
Nocardiopsis: dassonviellei
Oerskovia: turbata, xanthineolytica,
Saccharopolyspora: rectivirgula
Saccharomonospora: viridis