Polimorfizm genetyczny - to regularne i jednoczesne występowanie w tej samej populacji dwóch lub więcej genotypów bez form przejściowych z częstością, która nie jest wytłumaczalna powtarzającymi się mutacjami (a więc z częstotliwością większą niŜ 1%).
Najczęstsze typy polimorfizmy:
SNP - (ang. single nucleotide polymorphism) polimorfizm pojedynczych nukleotydów
D/I - (ang. deletion/insertion) delecja-utrata/insercja-wtrącenie
VNTR - (ang. variable number of tandem repeats) zmienna liczba tandemowych powtórzeń
Konwencja zapisu polimorfizmu SNP
C3435T w pozycji 3435 doszło do zamiany cytozyny (C) na tyminę (T) w sekwencji danego genu
G85A w pozycji 85 doszło do zamiany guaniny (G) na adeninę (A) w sekwencj promotorowej danego genu
Metabolizm = biotransformacja
REAKCJE I FAZY - unieczynniają (lek) lub tez uczynniają (prolek) wprowadzoną do organizmu substancję leczniczą.
Reakcje I fazy mają na celu taką zmianę struktury chemicznej związku aby mogły zajść reakcje II fazy.
Utworzenie grup funkcyjnych w reakcjach I fazy metabolizmu:
• utworzenie grupy -OH (reakcja hydroksylacji):
REAKCJE II FAZY - są to reakcja sprzęgania w wyniku których powstają związki nieaktywne farmakologicznie, dobrze rozpuszczalne w wodzie, a tym samym łatwo wydalane przez nerki wraz z moczem.
Najczęstszymi substratami do reakcje sprzęgania są:
• kwas glukuronowy (UDP-glukuronylotransferaza (UGT))
• kwas siarkowy
• glicyna
• glutation (transferaza S-glutationowa (GST))
Nazewnictwo: CYP 3 A 4
Rodzina >40% homologii w sekwencji
Podrodzina >55% homologii w sekwencji
Izoenzym *15 A-B
Allel CYP 2D6*1A, CYP 2D6*1B, CYP 2D6*2A, CYP 2D6*2B
cytochrom p-450 2D6 CYP 2D6
katalizuje oksydacje 40 klinicznie wasnych leków (leki nasercowe, psychotropowe, pochodne morfiny i inne)
w obrebie genu kodujacego CYP 2D6 zidentyfikowano 48 mutacji punktowych (SNP)
16 genotypów prowadzi do fenotypu „słabo metabolizujacego”(poor metabolizer), dla rasy białej fenotyp ten wystepuje z czestoscia 7%
zwielokrotnienie liczby funkcjonalnych genów CYP 2D6 prowadzi do fenotypu „ultraszybko metabolizujacego” (ultrarapid metabolizer)
Rodziny białek biorących udział w transporcie leków (drug transporters)
_ rodzina ABC (ATP-binding cassette family)
_ rodzina OAT (organic anion transporter family)
_ rodzina OCT (organic cation transporter family)
_ rodzina OATP (organic anion transporting polypeptide family)
_ rodzina PepT (peptide transporter family)
Rodzaje mikromacierzy DNA (chip DNA; DNA microarrays)
Ze względu na budowę sond
- oligonukleotydowe (25 - 70 NN)
- cDNA (odpowiadające sekwencjom mRNA)
Ze względu na rodzaj wykrywanych sekwencji
- do badania ekspresji genów
- sondy w obrębie mRNA
- sondy to sekwencje eksonów
- tiling arrays do badania ekspresji obszarów pozagenowych
- splicing arrays do badania ekspresji różnych form składania mRNA
- do badania sekwencji genów
- mikromacierze SNP - wykrywające jednonukleotydowe polimorf.