Zakładając przybliżenie pręta sztywnego, oblicz odległość pomiędzy początkiem a końcem oligopeptydu zwierającego 25 reszt aminokwasowych. Długość wiązania peptydowego 3.85 A.
Oblicz stosunek odległości pomiędzy początkiem a końcem oligopeptydu w przybliżeniu pręta sztywnego do odległości w przybliżeniu kłębka statystycznego dla oligopeptydu zawierającego 100 reszt aminokwasowych.
Oblicz odległość pomiędzy początkiem a końcem oligopeptydu zawierającego 100 reszt aminokwasowych w przybliżeniu kłębka statystycznego.
Zakładając, że kąt pomiędzy wiązaniami wynosi 120o oblicz odległość pomiędzy początkiem, a końcem oligopeptydu zawierającego 100 reszt aminokwasowych.
Oblicz stosunek odległości pomiędzy początkiem a końcem oligopeptydu w przybliżeniu kłębka statystycznego do odległości uwzględniającej kąt pomiędzy wiązaniami.
Ilukrotnie zwiększy się energia oddziaływania pomiędzy dwoma naładowanymi resztami aminokwasowymi po przeniesieniu ich do wnętrza białka o stałej dielektrycznej 7,85.
Reszta serynowa w pierwszym białka jest oddalona od reszty kwasu asparaginowego o 5 A w drugim zaś o 25 A. Powównaj energię oddziaływania w obu białkach.
Dwie reszty serynowe w pierwszym białku są oddalone o 5 A, w drugim zaś o 25 A. Oblicz stosunek energii oddziaływań w tych białkach.
Fenyloalanina w pierwszym białku jest oddalona od reszty kwasu asparaginowego o 5 A, a w drugim zaś o 25 A. Oblicz stosunek energii odzdziaływania w obu białkach.
10. Fenyloalanina w pierwszym białku jest oddalona od reszty serynowej o 5 A, a w drugim zaś o 25 A. Oblicz stosunek energii oddziaływania w obu białkach.
11. Podaj algorytm energii całkowitej dla cząsteczki CO2 w przybliżeniu pola siłowego AMBER.
12. Podaj algorytm energii całkowitej dla cząsteczki H2O w przybliżeniu pola siłowego AMBER.
13. Podaj algorytm energii całkowitej dla cząsteczki CO w przybliżeniu pola siłowego AMBER.
14. Podaj algorytm energii całkowitej dla cząsteczki C2H4 w przybliżeniu pola siłowego AMBER.
15. Podaj algorytm energii całkowitej dla cząsteczki NH3 w przybliżeniu pola siłowego AMBER.
16. Oblicz stosunek energii pierwszego stanu wzbudzonego do podstawowego w atomie wodoru.
17. Drugi postulat Bohra.
18. Porównaj długości fali elektronów przyspieszanych różnicą potencjału 100 V oraz 100 000 V.
19. Interpretacja Borna funkcji falowej.
20. Równanie Schrödingera dla elektronu swobodnego.
21. Równanie Schrödingera dla atomu wodoru.
22. ΔG rozfałdowania białka wynosi 80kJ/mol. Podaj stopień rozfałdowania w temperaturze 25o C.
23. Stała równowagi oddziaływania pomiędzy pewnym białkiem a ligandem wynosi 100 000. Oblicz ΔG tych oddziaływań. T = 298 K
24. Który z parametrów termodynamicznych reakcji chemicznej zmienia obecność enzymu katalizującego tę reakcję?
25. Omów metodę badania kinetyki reakcji enzymatycznej w okresie prestacjonarnym.