RAPORT - REGULATOROWE RNA

Poniżej przedstawiono sekwencje trzech miRNA, występujących w trzech różnych organizmach oraz sekwencję mRNA jednego genu Drosophila erecta. Sekwencje miRNA i mRNA całego genu poddano foldingowi na stronie http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAfold.cgi. Otrzymane struktury uzyskano dzięki algorytmowi MFE (Minimum Free Energy). Na podstawie prawdopodobieństwa sparowania zasad dopasowano odpowiednie kolory.

1. Sekwencja miRNA (gma-miR4341), występująca w genomie Glycine max.

>gma-miR4341 MIMAT0018229

UGUGUUGAAAGUUUAACAUGACGG

2. Sekwencja miRNA (ath-miR169f) zlokalizowana na chromosomie 3, pochodząca z Arabidopsis thaliana.

>ath-miR169f MIMAT0000910

UGAGCCAAGGAUGACUUGCCG

3. Sekwencja miRNA (lgi-miR-133) zlokalizowana na chromosomie sca_1, pochodząca z Lottia gigantea.

>lgi-miR-133 MIMAT0009580

UUGGUCCCCUUCAACCAGCUGU

4. Sekwencja genu dehydrogenazy alkoholowej (Dere\Adh) Drosophila erecta.

>gi|194864491:6373109-6374013 Drosophila erecta strain TSC#14021-0224.01 scaffold_4929, whole genome shotgun sequence

ATGGCATTCACCTTGACCAACAAGAACGTCATTTTCGTGGCCGGTCTGGGAGGCATTGGCCTGGACACCAGCAAGGAGCTGGTCAAGCGTGATCTGAAGGTAAGTAGGCGATGTGCGCACATGCATCCATTGGATTGAGGTTAAATTCGTGTTATCCATCCTAGAACCTGGTGATCCTCGACCGCATTGAGAACCCGGCCGCCATTGCCGAGCTGAAGGCAATCAATCCAAAGGTGACCGTCACCTTCTATCCCTATGATGTGACCGTGCCCATTGCCGAGACCAGCAAGCTGCTGAAGACCATCTTCGCCAAGCTGACGACCGTCGATGTCCTGATCAACGGAGCTGGTATCCTGGACGATTACCAGATCGAGCGCACCATTGCCGTCAACTACACTGGCCTGGTCAACACCACGACGGCCATTCTGGACTTCTGGGACAAGCGCAAGGGCGGTCCCGGTGGCATTATCTGCAACATTGGATCCGTGACTGGATTCAATGCCATCTACCAGGTGCCCGTCTACTCTGGCACCAAGGCTGCCGTGGTCAACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTAAAACGACTAAATGACTGAAACAGCAAAGTAAACGAGCTAATTTCCTCAATGACACCTCTAGAAACTGGCCCCCATCACCGGCGTGACCGCTTATACCGTGAACCCCGGCATCACCCGCACCACCCTGGTGCACAAGTTCAACTCCTGGCTGGATGTTGAGCCCCAGGTGGCCGAGAAGCTCCTGGCTCATCCCACCCAGACCTCGTTGTCCTGCGCCGAGAACTTTGTCAAGGCCATCGAGCTGAACGAGAACGGTGCCATCTGGAAACTGGACCTGGGCACCCTGGAGGCCATCCAATGGAGCAAGCACTGGGACTCCGGCATCTAA

Struktura całego mRNA genu jest o wiele bardziej złożona i skomplikowana niż struktura 21-23nt miRNA. Występuje tu więcej fragmentów dwuniciowych i struktur o charakterze szpilki do włosów aniżeli w prostej strukturze miRNA.

---