Celem mieszania jest:
- niedopuszczenie do rozwarstwienia się fermentujących osadów
(w czasie fermentacji następuje sedymentacja dużych zawiesin i wynoszenie przez gaz części cząstek (flotacja), na dnie komory tworzy się warstwa zagęszczonego osadu a na powierzchni kożuch - zjawisko to jest niekorzystne ponieważ spada dynamika wydzielania biogazu) np.kożuch zatyka rurociągi, zmniejsza objętość gazową reaktora.
- przyspieszenie wydzielania biogazu
(gdy osad jest rozwarstwiony to nad osadem a pod kożuchem tworzy się warstwa cieczy w której nie ma zawiesin co ogranicza szybkość reakcji)
- zapewnienie stałej temperatury w reaktorze
(bakterie wytwarzające metan są to bakterie mezofilne tj. żyjące w temperaturze 0-40°C gdzie temperatura optymalna to 25-40°C)