Bioskrubery są z warstwą stałego, nieruchomego wypełnienia lub z warstwą rozproszonych cząstek biomasy w postaci szlamu. W pierwszym przypadku zanieczyszczone gazy przepływają przez wypełnienie zraszane wodą, które absorbują się i dalej dyfundują do biowarstwy osadzonej na elementach wypełnienia, gdzie ulegają biodegradacji. W drugim typie bioskruberów absorpcja zanieczyszczeń zachodzi w zawiesinie (mechanizm podobny jak przy oczyszczaniu ścieków metodą osadu czynnego).