Mleko, ze względu na bogaty skład chemiczny (białka - 3,1%, laktoza - 4,4%, lipidy - 3,2% oraz wiele witamin i mikroelementów), jest dobrym, naturalnym podłożem do wzrostu i rozwoju licznych mikroorganizmów. Jeżeli proces udoju zachodzi właściwie, a zwierzę, od którego pozyskujemy mleko jest zdrowe, zawiera ono niewielką ilość drobnoustrojów. Są to w głównej mierze bakterie saprofityczne strzyków, do których można zaliczyć bakterie z rodzajów Micrococcus, Lactobacillus oraz paciorkowce mlekowe Strepto-coccus lactis, S. cremoris, S. bovis, S. saliuarius subsp. salivarius, S. sali-varius subsp. thermophilus). Gdy zwierzę jest chore, w mleku mogą się również znaleźć mikroorganizmy chorobotwórcze, obniżające jego jakość sanitarną. Wśród nich mogą występować bakterie wywołujące choroby zakaźne, tzw. odzwierzęce, jak: wąglik - Bacillus anthracis, gruźlica - Mycobac-terium tuberculosis var. bovis, bruceloza - Brucella abortus; zapalenie wymion - Streptococcus agalactiae syn. Streptococcus mastidis, lub patogenne dla ludzi, jak: tyfus i paratyfus — Salmonella typki i Salmonella typhimurium, czerwonka — Shigella desynteriae, dyfteryt — Corynebacte-rium diphteriae, cholera - Vibrio cholerae; angina i szkarlatyna - Streptococcus pyogenes, silne zatrucia — Staphylococcus aureus. Już podczas udoju dochodzi do wtórnych zanieczyszczeń mleka, których źródłami mogą być sierść i kał zwierzęcia (Bacillus, Clostridium, Salmonella, Escherichia), ściółka i pasza (Lactobacillus, Clostridium butyricum), gleba (promieniowce z rodzaju Streptomyces, zarodniki pleśni oraz bakterie przetrwulnikują-ce), powietrze i woda, urządzenia i naczynia niezbędne do udoju i przechowywania mleka (bakterie kwasu mlekowego, drożdże oraz bakterie z rodzajów Micrococcus, Chromobacterium, Pseudomonas, Alcaligenes, Flaoobacterium, Acinetobacter), a także osoby przeprowadzające udój (drobnoustroje z rąk, z wydzielin górnych dróg oddechowych, zanieczyszczenia kałowe). Uznaje się, że pierwotne zanieczyszczenie mleka nie przekracza zazwyczaj 1 tys. komórek w 1 cm3 mleka, podczas udoju z przestrzeganiem zasad sanitarnych liczba ich wzrasta do 104 komórek, a bez ich przestrzegania - do 106 komórek w 1 cm3 mleka. W początkowej fazie przechowywania mleka zawartość drobnoustrojów zmniejsza się na skutek bakteriobójczego i bakteriostatycznego działania związków zawartych w mleku, jak: lizozymu (liza bakterii Gram-dodatnich), lakteniny (hamowanie wzrostu paciorkowców mlekowych) i leukocytów (fagocytoza bakterii). Jeśli mleko po udoju nie zostanie poddane szybkiemu schłodzeniu poniżej temp. 10°C (najlepiej poniżej temp. 7°C), dochodzi do rozwoju mikroflory kwaszącej,
173