W przeciwieństwie do morskich organizmów zwierzęcych, które możemy hodować w naszych akwariach, liczba nadających się do tego celu gatunków roślin jest stosunkowo niewielka. Spośród i tak dość nielicznej grupy roślin wyższych zamieszkujących dna mórz, do dziś znane są jedynie pojedyncze przykłady udanej hodowli w warunkach akwariowych. Dotyczy to przede wszystkim zostery morskiej, która jest zaliczana do roślin kwiatowych. Kwiaty tej rośliny są niepozorne i małe, dlatego żeby je zobaczyć podczas zwiedzania podwodnych łąk zostery morskiej, musimy się jej bardzo dokładnie przyjrzeć. W Morzu Śródziemnym występują 4 gatunki traw morskich, w morzach strefy tropikalnej spotkamy ich nieco więcej - w sumie istnieje około 20 gatunków tych roślin.
Najprawdopodobniej dla prawidłowego wzrostu traw morskich potrzebne jest bogate w substancje odżywcze, piaszczysto-błot-niste podłoże, w którym dodatkowo zachodzą procesy gnilne. A przecież właśnie takiego rodzaju podłoża chcemy uniknąć w naszym akwarium. Kolejnym utrudnieniem w hodowli zostery morskiej są jej dość wygórowane wymagania dotyczące jakości wody. Potwierdza to masowe wymieranie łąk trawy morskiej na obszarach znacznego zanieczyszczenia mórz. Dotychczas nie zwracano zbyt dużej uwagi na ten problem, chociaż może on mieć poważne konsekwencje. Przecież trawy morskie często przyczyniają się do wzmacniania linii brzegowej i chronią ją przed niszczącym działaniem fal morskich. Są też miejscem, w którym dorasta i rozmnaża się wiele gatunków ryb i innych organizmów morskich.
W wielu akwariach, zamiast trudnej w hodowli zostery, sadzi się niektóre gatunki glonów. Dzięki nowoczesnej technice akwarystycznej, która umożliwiła uzyskanie znacznej poprawy parametrów wody oraz dzięki coraz lepszym metodom oświetlania zbiorników, hodowla tych organizmów nie powinna stanowić dla nas większego problemu.
Glony podzielono na sinice, brunatnice, krasnorosty i zielenice. Jednak sinice nie są już dzisiaj zaliczane do glonów właściwych, ale do bakterii (Cyanobacteria). Jeszcze inni botanicy traktują je jako odrębny typ, spokrewniony tylko z typem bakterii. Po urządzeniu nowego akwarium samoistnie pojawią się w nim brązowe i czerwone sinice. Mimo swego zabarwienia organizmy te nie należą ani do brunatnie, ani do krasnorostów. Są to przedstawiciele sinic, u których niebieski kolor został zdominowany przez inne barwniki.
Chociaż w zasadzie sinice mogą spełniać funkcje podobne do tych, jakie pełnią w zbiorniku inne glony, są bardzo nie łubiane przez akwarystów. Często pokrywają one śluzowatym kożuchem wszystkie przedmioty umieszczone w akwarium, utrudniając przepływ świeżej wody i ograniczając ilość światła w zbiorniku. Ponadto mogą one dodatkowo wydzielać substancje hamujące rozwój innych organizmów. Dlatego przykryte warstwą sinic zwierzęta szybko umierają. Poza tym kożuch sinic bardzo oszpeci nasze akwarium.
Dzięki wyrafinowanej technice jesteśmy już w stanie znacznie skrócić lub całkowicie wyeliminować ten etap dojrzewania wody w akwarium. Z odrobiną szczęścia, już po krótkim czasie miejsce śluzowatych sinic zajmą nitkowate zielenice. Także i ta faza będzie trwała dość krótko. Nitkowate zielenice znikną najpóźniej wtedy, gdy w naszym akwarium zasadzimy „glony wyższe” z klasy zielenic (np. pełzatkę). Jak to już wspomniano na stronie 74., możemy znacznie przyśpieszyć ten proces, wprowadzając do zbiornika jeżowce lub zjadające glony ślimaki. Glony są też chętnie zjadane przez niektóre ryby z rodziny śli-zgowatych.
Jeśli jednak dochodzi do nagłego pojawienia się dużych ilości brunatnie czy krasnorostów w funkcjonującym od dawna akwarium.