To swoiste exegi monumentum nie było wyrazem pychy, lecz udręki i dramatu człowieka czynu pozbawionego możliwości działania.
W latach późniejszych, już w czasie powtórnego pobytu w Ołomuńcu i uzyskaniu możliwości dostępu do książek, napisał Kołłątaj dzieło pt. Porządek fizyczno-moralny, czyli Nauka o należytościach i powinnościach człowieka wydobytych z praw wiecznych, nieodmiennych i koniecznych przyrodzenia. W teoretycznym centrum tego dzieła tkwiła problematyka filozofii społecznej, będącej wyrazem doświadczeń politycznych i aktywności społecznej i edukacyjnej autora, skupiona na indywidualnie pojmowanym antropomorfizmie, co sygnalizował bardzo rozwinięty tytuł. Zarówno rozważania poznawcze jak i metafizyczne odnosiły się wyłącznie do zgłębienia przeznaczenia człowieka jako siły sprawczej współtworzącej świat. Porządek fizyczno-moralny wydał autor nie bez trudności zewnętrznych w 1810 r. w Krakowie jako tom pierwszy, w postaci podręcznika przystosowanego do „nauki moralnej”. W tym ujęciu zrezygnował z trudnej problematyki filozoficznej, pozostawiając obszerny rękopis „obejmujący pomysły do dzieła Porządek fizyczno-moralny" (ogłoszone w 1955 r.).
W dodatku do Porządku (w wersji drukowanej) znalazł się szkic pt. Co można z pewnością wiedzieć o początkowym stanie rodu ludzkiego i jakie są około tego domysły, będący zaczątkiem, również w więzieniu powstałego, dzieła pt. Rozbiór krytyczny zasad historii o początku rodu ludzkiego, które nie zostało przez autora wydane. Z funkcji hipotezy o katastrofie potopu wyłania się tu koncepcja historyzmu Kołłątajowskiego, objaśniająca, że kataklizm ten legł u przyczyn ignorancji, objawiającej się podejmowaniem przez ludzi „złych” i fałszywych decyzji dotyczących porządku społecznego. „Od tej epoki — pisał Kołłątaj — zaczyna się teraz nasza historia; wszystko, co ją poprzedziło, zginęło dla nas na zawsze; rewolucja potopu nie tylko powierzchnię Ziemi, ale nawet człowieka odmieniła, dawszy mu wcale nowy popęd w porządku moralnym i politycznym. Nie jesteśmy więc tym, czym byli ludzie przed tą okropną klęską; jesteśmy, czym być musiał ów nieszczęśliwy człowiek, który się w niej uratował, od którego wzięliśmy pierwsze prawidła moralnego życia. Przestrach nadzwyczajny, nędza, smutniejsze na przyszłość widoki — wszystko to dało powód do nowych wrażeń, z których utworzyła się jego moralność i założyła pierwsze zasady takiego życia, w jakim się potem znalazł cały ród ludzki.” Już na wolności, w 1806 r. Kołłątaj przedłożył rękopis Rozbioru Janowi Śniadeckiemu z prośbą, by ,jak najsurowiej tę pracę roztrząsnął, osobliwie w obiektach fizycznych i astronomicznych”, co tenże potraktował z całą powagą i rzetelnością, przesyłając prócz uwag ogólnych plik materiałów w kwestiach, o które prosił autor.
Dwa inne ważne dokumenty pisarstwa i przemyśleń więziennych powstały wówczas w postaci szkicowej. Obszerny Prospekt do napisania dzieła pt. Pamiętniki historyczne do objaśnienia dziejów mego czasu służące był zaprogramowaną na sześć tomów historią lat 1750-1796 (w 21 tzw. pamiętnikach, z których zrealizowany został tylko pierwszy pt. Stan oświecenia
584