Badania mikrobiologiczne wymagają zawsze odpowiednio dostosowanego laboratorium wraz z zapleczem. Lokal na laboratorium mikrobiologiczne powinien być jasny, możliwie odizolowany od innych pomieszczeń oraz podzielony na wiele oddzielnych pomieszczeń, ze względu na specyficzność ich użytkowania i konieczność zabezpieczeń sanitarnych. Mikrobiologia środowiskowa i sanitarna nie mogą prosperować w oderwaniu od chemii, biochemii i biofizyki, dlatego muszą mieć do dyspozycji odpowiednie pracownie pomocnicze. Laboratorium mikrobiologiczne powinno mieć pomieszczenia umożliwiające kadrze naukowo-dydaktycznej zarówno pracę dydaktyczną, jak i pracę naukowo-eksperymentalną w odpowiednich pracowniach. Potrzebne są również szatnie dla personelu i pokój socjalny.
Wielkości metrażu laboratorium mikrobiologicznego oraz liczby pracowników naukowo-dydaktycznych i technicznych nie powinno się dostosowywać na uczelniach do liczby godzin dydaktycznych, gdyż muszą one odpowiadać potrzebom specyfiki przedmiotu. Potrzeby lokalowe i personalne mikrobiologii różnią się zasadniczo od potrzeb innych przedmiotów dydaktycznych. Sala ćwiczeń powinna posiadać odpowiednią liczbę stanowisk pracy wyposażonych w prąd, gaz i wodę. Niezależnie od sali ćwiczeń dla studentów oraz pokoi dla personelu dydaktycznego, istnieje konieczność wydzielenia pomieszczeń na odpowiednie zaplecze pracowni mikrobiologicznej.
W skład zaplecza pracowni mikrobiologicznej wchodzą następujące pomieszczenia (odpowiednio zagospodarowane i ustawione w kolejności ich użytkowania): zmywalnia, sterylizatornia sucha, pożywkarnia, sterylizator-nia czysta, magazyn na pożywki, boksy do jałowych wysiewów, sterylizatornia brudna, pomieszczenie na kolekcję szczepów, magazyn na szkło i odczynniki oraz pomieszczenia na sprzęt pomocniczy.
Do podstawowych i najczęściej używanych aparatów należą: cieplarki (termostaty), lodówki, suszarki, wirówki, termostaty próżniowe, pompy próżniowo, autoklawy, aparaty Kocha, destylarki i redestylarki, lupy binokula-i o w o, mikroskopy optyczne zwykłe do ćwiczeń, mikroskopy specjalne do Imilan naukowych, wagi analityczne i techniczne z kompletami odważni-ków, aparaty do hodowli beztlenowców (anaerostaty), manometry laborato-ln ryjne, potencjometry, aparaty do sączenia przez filtry bakteriologiczne, aparaty do liczenia kolonii, łaźnie wodne, lampy kwarcowe, lampy Wooda. Pożądane jest, aby nowoczesne laboratorium mikrobiologiczne było zaopatrzone w mikroskop elektronowy, liofilizator, spektrofotometr, ultrawirówkę, aparat do chromatografii gazowej i inne aparaty do specyficznych badań.
Do podstawowego sprzętu mikrobiologicznego należą następujące przedmioty: statywy na probówki małe i duże, statywy na pipety, statywy na zestawy barwników, wanienki do barwienia preparatów, kasety i teczki do przechowywania preparatów, ręczne lupy, komory Thoma do oznaczania liczby drobnoustrojów, mikrometry okularowe i przedmiotowe, różne filtry bakteriologiczne, mieszadła elektromagnetyczne, różne naczynia emaliowa ne, zegary sygnalizacyjne, termometry, pęsety małe i duże, szczypce Cor netta, obsadki metalowe, igły bakteriologiczne i ezy, igły preparacyjne, skalpele, nożyczki, łyżki metalowe, porcelanowe i z tworzywa sztucznego, pojemniki metalowe na pipety i płytki Petriego, palniki bunsenowskie z mikropalnikami, komparator tarczowy do nastawiania pH pożywek, korki gumowe i z tworzywa sztucznego, węże gumowe lub z tworzywa sztucznego, tace metalowe i z tworzywa sztucznego.
Podstawowe szkło laboratoryjne składa się z podanych niżej przedmiotów, koniecznych w każdym laboratorium. Są to: płytki Petriego, probówki bakteriologiczne (bez kołnierzyka), probówki małe o pojemności 5 ml, rurki (probóweczki) Durhama, kolby miarowe o różnej pojemności, kolby i kolbki płaskodenne różnej pojemności, butelki z doszlifowanym korkiem, cylindry miarowe o różnej pojemności, lejki szklane, pipety miarowe o różnej pojemności zwykłe i automatyczne, biurety zwykłe i automatyczne, zlewki o różnej pojemności, słoje szklane, naczynia na płyny dezynfekcyjne, naczynka wagowe, rurki szklane, bagietki szklane proste i zgięte, szkiełka przedmiotowe zwykłe i Lindnera (z wgłębieniem), szkiełka nakrywkowe.
Każde laboratorium mikrobiologiczne, aby mogło funkcjonować, powinno być wyposażone w niezbędne pożywki bakteriologiczne, jak: suchy bulion, ekstrakt wołowy, ekstrakt kazeiny, ekstrakt drożdżowy, różne peptony,