W przypadku dyfrakcji elektronów wprowadza się czynnik strukturalny analogiczny do stosowanych dla dyfrakcji promieni rentgenowskich i neutronów:
FC(H) = v J F(r)expz'27tH • r
Jest to transformata Fouriera potencjału elektrycznego F(r) w komórce sieci krystalicznej. Można także napisać
^e(H) = 2 (/.)*expi27rH ■ Tk
k
W równaniu tym (/e)fc oznacza czynnik atomowy atomu k położonego na końcu wektora rk. Wartości/e są transformatami potencjałów wytworzonych przez każdy atom oddzielnie; /e rozkłada się na sumę dwóch wyrazów:
Pierwszy wyraz jest potencjałem wytworzonym przez elektrony atomu i zmienia się wraz ze zmianą sin0/A w taki sposób, jak czynniki atomowe w przypadku dyfrakcji promieni rentgenowskich: drugi wyraz oznacza potencjał wytworzony przez jądro atomowe i jest stały, podobnie jak czynniki jądrowe w przypadku dyfrakcji neutronów.
Równanie na czynnik strukturalny można przekształcić i otrzymać wyrażenie
F(r) = — V Fe (H) exp — ■ r
Zależność między natężeniem wiązki ugiętej a czynnikiem strukturalnym jest znacznie bardziej skomplikowana niż w przypadku dyfrakcji promieni rentgenowskich. Duże natężenie wiązki ugiętej nie pozwala przyjąć przybliżenia teorii kinematycznej, przydatnego w przypadku promieni rentgenowskich. Konieczne jest odwołanie się do teorii dynamicznej (patrz s. 459) i wprowadzenie do obliczeń parametrów, ogólnie niedostępnych, opisujących stopień doskonałości kryształu. Utrudnia to poważnie wyznaczanie struktury kryształów metodą dyfrakcji elektronów.