Przy odbudowie polskiego więziennictwa postanowiono wykorzystać nie tylko dorobek polskiej przedwojennej penitencjary-styki, ale także uwzględnić pewne rozwiązania radzieckie. Toteż po krótkiej dyskusji więziennictwo przekazano resortowi bezpieczeństwa publicznego, a nie resortowi sprawiedliwości. Za takim rozwiązaniem przemawiała jeszcze sytuacja polityczna w kraju, a zwłaszcza rozpoczęta wtedy walka o władzę.
Kierownik resortu bezpieczeństwa publicznego w dniu 4 października 1944 r. wydał okólnik nr 1, którym powołał Wydział Więziennictwa i powierzył mu kierownictwo oraz nadzór nad więzieniami i zakładami wychowa wczo-poprawczymi. Wobec tego, że Ministerstwo Obrony Narodowej nie zorganizowało własnych więzień, wykonanie kary pozbawienia wolności wobec żołnierzy przekazano więzieniom powszechnym. Wydziałowi nie podlegały tylko areszty przy terenowych jednostkach UBP. Wobec napływu jeńców wojennych w listopadzie 1944 r. Wydział Więziennictwa przekształcono na Wydział Więziennictwa i Obozów. W styczniu 1945 r. utworzone zostało Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego, a Wydział Więziennictwa i Obozów przekształcił się w Departament Więziennictwa MBP.
Departament początkowo miał 9 wydziałów. W ramach wydziałów tworzono sekcje i referaty. Wobec tego, że występowały nowe problemy, dla ich rozwiązywania tworzono nowe komórki organizacyjne, a inne likwidowano, toteż struktura organizacyjna Departamentu ulegała częstym zmianom. Wśród nowych komórek na uwagę zasługuje Wydział Polityczno-Wychowawczy.
Po utworzeniu wojewódzkich urzędów bezpieczeństwa organizowano w nich wydziały więziennictwa, które stanowiły ogniwo pośrednie między Departamentem a jednostkami podstawowymi. Szczególnie duże uprawnienia miały one w sprawach kadrowych. Szefowie wojewódzkich urzędów bezpieczeństwa byli przełożonymi funkcjonariuszy SW zatrudnionych w więzieniach znajdujących się na terenie województwa.
Mimo rozbudowanej struktury wewnętrznej Departament nie obejmował wszystkich problemów więziennictwa. Tworzono nie tylko ogniwa pośrednie między nim a jednostkami podstawowymi, ale także jednostki luźno z nim związane. Niektóre dziedziny wyłączano z gestii Departamentu i przekazywano innym komórkom organizacyjnym MBP.
Nowym problemem, przed którym stanęło polskie więziennictwo, była administracja obozów pracy. Wobec tego, że stosunkowo duża ich liczba znajdowała się na Pomorzu, w maju 1945 r. utworzono Pomorski Zarząd Obozów Pracy z siedzibą w Potuli-cach. Istniał on zaledwie kilka miesięcy i jeszcze w 1945 r. został zlikwidowany, wtedy utworzono okręgowe zarządy obozów pracy
w Katowicach, Warszawie i Bydgoszczy. W czerwcu 1947 r. zarządy zostały zlikwidowane, ich agendy zostały przejęte przez wyspecjalizowane komórki organizacyjne Departamentu, a i same obozy ulegały likwidacji. Ostatecznie zlikwidowano je w 1950 r.
Ażeby zwiększyć zatrudnienie więźniów i podnieść wydajność ich pracy likwidowano małe nieopłacalne warsztaty, a zamiast nich tworzono duże zakłady produkcyjne i samodzielne przedsiębiorstwa. Od 1948 r. organizowano ponadto ośrodki pracy więźniów. Dla sprawniejszego administrowania tymi jednostkami zamiast Wydziału Pracy Więźniów utworzono w 1950 r. Centralny Dział Pracy Więźniów. Istniał on do 1953 r., kiedy uległ likwidacji. Jego kompetencje przejął utworzony wtedy Zarząd Przedsiębiorstw Produkcyjnych MBP podporządkowany bezpośrednio ministrowi. Takie rozwiązanie utrudniało prowadzenie racjonalnej polityki zatrudnienia skazanych.
Jeszcze większym utrudnieniem dla Departamentu było.wyłączenie z jego gestii w latach 1949—1950 spraw gospodarczo-finansowych i przekazania ich wyspecjalizowanym komórkom MBP. Nie ułatwiało też pracy wyłączenie spraw lecznictwa. Odciążeniem dla Departamentu było przekazanie w 1948 r. Ministerstwu Sprawiedliwości zakładów wychowawczo-poprawczych.
Częste zmiany struktury organizacyjnej władz więziennych i rozrost aparatu administracyjnego były spowodowane potrzebą rozwiązywania nowych problemów, których nie miało więziennictwo przedwojenne, metodą prób i błędów, bo nie było żadnych wzorów możliwych do zaakceptowania w nowym układzie warunków politycznych. Pewien wpływ na te zmiany miała też występująca wtedy w całym kraju tendencja do centralizacji i ograniczania samodzielności jednostek podstawowych.
Zorganizowanie polskiego więziennictwa po wojnie napotykało spore trudności powodowane brakiem przygotowanych kadr, złym stanem większości obiektów więziennych i trudną sytuacją w kraju. W szeregi Straży Więziennej przyjmowano żołnierzy LWP, byłych partyzantów AL, działaczy komunistycznych więzionych przed wojną, którzy znali więziennictwo niejako „z drugiej strony”, i przedwojennych strażników. Ze względu na przygotowanie fachowe odegrali oni dużą rolę w kształtowaniu nowej kadry, gdyż w początkowym okresie pozostawiono i utrzymano w mocy wiele przepisów przedwojennych. Utworzono nawet stanowisko Głównego Inspektora SW odpowiadające zastępcy kierownika wydziału. Istniało ono do stycznia 1945 r.
Pozostawiono przedwojenny podział więzień na karne, śledcze i karno-śledcze. Utrzymano również klasyfikację więzień w zależności od pojemności. Zrezygnowano natomiast z rozbudowanej przed wojną specjalizacji więzień. Zlikwidowano więzienia
— 61 —