Dalsze wydłużanie łańcucha może zachodzić jedynie pod warunkiem przeniesienia reszty malonylowej na grupę -SH 4’- fosfopantoteiny, która zajęta jest przez nasyconą grupę acylową. Dlatego w końcowym etapie tych przemian dochodzi do połączenia reszty malonylowej do grupy -SH 4 -fosfopantoteiny z jednoczesnym wyparciem reszty acylowej na wolną grupę SH cysteiny.
Reszta kwasu palmitynowego jest uwalniana z kompleksu syntetazy kw. jszczowych działaniem tioesterazy.