Transportowi elektronów z cząsteczki wody na NADP+ towarzyszy wytworzenie gradientu stężenia protonów w poprzek błony tylakoidu. Wewnątrz pęcherzyka tyłakoidu gromadzą się protony pochodzące z rozkładu wody oraz protony uwalniane w procesie utleniania plastochinolu przez kompleks cy-tochromowy bhf. Z kolei w stromie maleje stężenie protonów na skutek protonacji zredukowanych dwuelektronowo cząsteczek plastochinonu w miejscu QB, aktywności cyklu Q oraz przekształcania cząsteczek NADP+ w NADPH (rys. 5.16). Ponieważ błona tylakoidu jest nieprzepuszczalna dla