własnych kościołów, powstających od XVI wieku; na soborze watykańskim II jako obserwatorzy byli także przedstawiciele innych wyznań chrześcijańskich - prawosławnych i protestanckich).
Sobór zaczął przygotowywać Pius XII (był papieżem w I. 1939-1958; nazywał się Eugenio Pacelli), ale nie zdążył go otworzyć. Sobór nie miał potwierdzić nauczania Kościoła katolickiego - jak ten zaprzeszły (trydencki, w I. 1545-1563), autorytetu papieża - jak ostatni (watykański I). a zająć się tym. co ma robić Kościół, kiedy świat tak gwałtownie, na oczach ludzkich się zmienia, chyba jak nigdy dotąd, a wraz z nim wiara i religijność ludzi.
Wyszyński był dość ważnym biskupem na soborze, inaczej niż reszta polskich biskupów. Przed soborem był zwolennikiem dużych zmian w Kościele (ankieta), ale w trakcie soboru okazało się, że w wielu sprawach jest „konserwatystą", zwłaszcza w sprawie zarządzania Kościołem („centralizm") i języków w liturgii (łacina). Był także zwolennikiem potępienia komunizmu przez sobór, choć inaczej niż większość biskupów. Nie udało mu się także doprowadzić do ogłoszenia przez sobór dogmatu, że Maryja jest Matką Kościoła, zrobił to jednak Paweł VI, zachęcony przez Wyszyńskiego, w 1964 r.
Służba Bezpieczeństwa, w porozumieniu z radzieckim wywiadem, bardzo interesowała się soborem, werbowała konfidentów, także polskich księży mieszkających wtedy w Rzymie, a przede wszystkim dostarczała propagandzie partyjnej materiałów do dyskredytowania Wyszyńskiego, przeciwstawiając, nieprawdziwie, jego poglądy poglądom Jana XXIII („papież pokoju”). Robiła także prowokacje, usiłując przedstawić Wyszyńskiego jako heretyka („anonim maryjny" w 1963 r.).
Reformy soborowe (i posoborowe) w polskim Kościele wprowadzano powoli, bo Wyszyński nie chciał niczego robić szybko, uważając, że ludzie nie połapią się o co chodzi, a komunistom będzie łatwiej ich prześladować i ogłupiać. Przede wszystkim były to reformy liturgiczne, zakończone w 1986 r., troszkę reform związanych z ruchem ekumenicznym i z rolą osób świeckich w Kościele.
(Czaczkowska, s. 441-468)
II. Cytat
„Kościół nie może zaprzestać odrzucenia" w sposób zdecydowany „tych trujących doktryn i działań, które sprzeciwiają się zasadom i ogólnym doświadczeniom ludzkości" (Paweł VI, „Konstytucja o Kościele w świede współczesnym”, 7 XII 1965, nr 21)