SRS 2
Znajdź w bazie danych UNIPROT białka histonowe roślin (rosliny po łacinie : viridiplantae). Ile jest sekwencji białek histonów roślin w bazie UNIPROT?
Srs.ebi.ac.uk (najłatwie poszukaćj „srs” w google)
Description : histone protein
Organism name : viridiplantae
Znajdź w bazie danych UNIPROT sekwencje nieroślinnych białek histonowych. Ile jest takich białek?
Description : histone protein
Organism name : viridiplantae , wybrać z lewej strony „BUT NOT”
Znajdź w bazie danych EMBL sekwencje DNA, do których istnieją odnośniki w wejściach do bazy danych UNIPROT białek histonowych nieroślinnych.
Wynik z poprzedniego, zakładka result - ostatnie zapytanie - link - embl - search
Zaprojektuj własny view (sposób przedstawienia wyników) UNIPROTa, zawierające dane z pola opis wejść EMBL „połączonych” z oglądanymi wejściami UNIPROTa. Za pomocą swojego view obejrzyj wyniki z ćwiczenia pierwszego.
Zakładka views , w jednym oknie EMBL, w drugim UNIPROT, - nazwać profil - create new view - wybieramy co chcemy z danej bazy - wybrac pytanie - na dole „view”
Znajdź enzymy z bazy danych ENZYME obrabiające GTP. Ile jest takich enzymów? Ile jest w bazie danych UNIPROT białek kodujących te enzymy?
Library page: expand all - baza ENZYME
-query : reaction : GTP
Do UNIPROT przez linki
Ile enzymów używających GTP wykorzystują wspólnie eukaryota, bacteria i archebacteria? Wykorzystaj fakt, że baza danych ENZYME jest połączona z bazą danych UNIPROT, a sekwencje UNIPROTa można przeszukiwać taksonami. (nazwy stosowane przez srs : bacteria , archaea, eukaryota)
Podziel bazę UNIPROT na 3 części : podbazę białek archeonowych, prokariotycznych i eukariotycznych
Stwórz podzbiór bazy ENZYME enzymów wykorzystujących GTP jak w p.5
Utwórz trzy podzbiory bazy ENZYME zawierające połączenia do odpowiednich podzbiorów UNIPROTa z p.a
Znajdź część wspólną tych podzbiorów
3x query form - taxonomy : kolejno - Archaea , bacteria, eukaryota.
Otrzymujemy trzy niezależne.
Result - wybieramy zapytania (query numner) : GTP > Uniprot i Uni:Euk -> combine (po lewej)
zrób mapę restrykcyjną sekwencji j01749
Srs - j01749.
Tools - nucleic - Remap - lunch
Wyniki w results
Na jakie fragmenty sekwencja j01749 zostanie pocięta przez enzym AfaI?
Tools - nucleic (restriction) - remap (wklejamy sekwencję) - AfaI (izoschizomer RsaI)
Czy białko o identyfikatorze p17547 posiada motywy sekwencji związane funkcją?
Srs - baza UNIPROT - p17547 (id)
Tools - protein motifs - patmatmotifs - wklejamy sekwencję aa
Znajdź najlepszy lokalny alignment histonów H1.0 człowieka i H1.1 Arabidopsis thaliana
Org. name : homo sapiens sapiens v arabidopsis thaliana
Swprotname : histone H1
Odnalezienie obu sekwencji, wrzucenie formatu fasta do machern/macherp
Powtórz powyższe ćwiczenie używając. Policz Z-score dla uzyskanego alignmentu.
wynik : wartość E
Poszukaj PSI-blastem homologów ludzkiego histonu H1.0. Znajdź najlepszy lokalny alignment tego białka i ostatniego homologa z PSI-Blasta. Policz Z-score (za pomocą PRSS) dla 200 i 1000 randominizacji drugiej sekwencji.
NCBI - psi-blast (na sekwencji z pkt.10)
Znajdź najlepszy globalny alignment histonów H1 człowieka i H1.1 Arabidopsis thaliana
Tools - strecherp
Znajdź paralogi białka ypt7_yeast w genomie drożdżowym
Sekwencja białkowa - blast (NCBI) - sacca (baza yeast)) - blast!
Znajdź potencjalne miejsca modyfikacji potranslacyjnych w ludzkiej dehydrogenazie alkoholowej.
Alkohol dehydrogenase - przejście do EXPASY (google) - program Prosite scan(umieszczamy czystą sekwencję, nie w formacie Fasta)
Expasy home - (po prawej) post-tran - pattern & profiles - Prosite scan
Znajdź 10 sekwencji homologicznych do rybonukleazy A z Cavia porcellus. Zrób multiple alignment tych sekwencji.
Srs - Uniprot base - protein blast - get a selected sequences - display: Fasta - sent to:text - alignment
Znajdź domeny w białku p43610 przez porównanie sekwencji do ukrytych modeli Markowa znanych domen białek.
Tools - expand all - Hmmpfam
Czy drożdżowy H1 zawiera zduplikowane domeny?
Bioinformatyka 2006/07 2.2007