plik


ÿþZmienno[ genomów a ewolucja 1 Maria Wdzony 2009 Zagadnienia: Zmienno[ genomu jdrowego -Mutacje -Przyczyny i tempo mutacji -Mutacje genowe -Mutacje chromosomowe (aberracje chromosomów) -Mutacje chromosomowe (aberracje chromosomów) -Mutacje genomowe (poliploidalno[ i diploidyzacja) -Rekombinacje -Ruchome sekwencje DNA  transpozycja Ewolucja genów  przykBady Zmienno[ genomu jdrowego Mutacje - przyczyny " BBdy kopiowania " Uszkodzenia DNA nie zwizane z replikacj:  deaminacje, depurynacje, oksydacje. " DziaBanie mutagenów chemicznych lub fizycznych uszkadzajcych DNA Mapa czsto[ci mutacji genomów mutacji genomów ro[linnych w Europie  miara stresu [rodowiska. Widoczne s dwa gBówne zródBa stresu [rodowiska: przemysB (np. Niemcy, widoczna ró\nica dawnego podziaBu RFN-NRD) oraz du\e napromieniowanie sBoneczne (np. Turcja) Zmienno[ genomu jdrowego Mutacje  tempo mutacji " Czsto[ mutacji wynikajcych z bBdu w trakcie replikacji wynosi mutacja jednej zasady na ok. 109 replikacji " Nie ka\de miejsce DNA jest jednakowo podatne na bBdy kopiowania  Gorce miejsca mutacji np. cig AAAAAA  Gorce miejsca mutacji np. cig AAAAAA " Tempo mutacji na jedno pokolenie jest o trzy rzdy wiksze (raz na 106 replikacji ), gdy\ do wytworzenia gamety \eDskiej potrzebne jest minimum 30 podziaBów (jajo), znacznie wicej podziaBów potrzeba dla gamety meskiej!!! Lecz gamety mskie s selekcjonowane w trakcie zapBodnienia i uszkodzone mog by wyeliminowane. Zmienno[ genomu jdrowego Mutacje Mutacja (Bac. mutatio - zmiana), nagBa, skokowa, bezkierunkowa zmiana w materiale genetycznym organizmu. Rozró\nienie ze wzgldu na miejsce wystpienia: Mutacja gametyczna  mutacja w komórkach linii gametycznej lub w samych gametach: dziedziczy si. Mutacja somatyczna  mutacja w komórkach ciaBa (Bac. soma): nie Mutacja somatyczna  mutacja w komórkach ciaBa (Bac. soma): nie dziedziczy si. Rozró\nienie ze wzgldu na mechanizm: Mutacja punktowa  dotyczy niewielkiej liczby nukleotydów Mutacja chromosomowa (aberracja chromosomowa)  zmiana budowy chromosomu, dotyczy znacznego odcinka chromosomu. Mutacja genomowa  zaburzenia stopnia ploidalno[ci komórki, zmiany liczby chromosomów. Zmienno[ genomu jdrowego Mutacje Rozró\nienie ze wzgldu na skutki fenotypowe: Mutacja: Korzystna  poprawia mo\liwo[ci prze\ycia organizmu i jego potomstwa w danych warunkach (zawsze odniesienie do [rodowiska). [rodowiska). Obojtna (mutacja cicha) - nie wpBywa na mo\liwo[ci prze\ycia. Niekorzystna - powoduje obni\enie zdolno[ci organizmu i jego potomstwa do prze\ycia w danych warunkach albo uniemo\liwia rozmna\anie. Sub-letalna - prowadzi do powa\nego upo[ledzenia organizmu i zwikszonej [miertelno[ci. Letalna  prowadzi zawsze do [mierci. Rozró\nienie ze wzgldu na miejsce wystpienia - szczegóBy Mutacja gametyczna  mutacja w komórkach linii gametycznej lub w samych gametach: dziedziczy si. Tylko mutacje komórek gametycznych (tych, z których powstan gonady i gamety) s dziedziczne i tylko one s motorem ewolucji. Natura chroni lini gametyczn przed mutacjami: komórki gametyczne przechodz znacznie mniej podziaBów w trakcie \ycia osobnika, ni\ komórki somatyczne. W komórkach gametycznych stwierdzono wystpowanie wikszej liczby mechanizmów naprawczych genomu i specjalne enzymy chronice telomery chromosomów przed skracaniem. chromosomów przed skracaniem. Mutacja somatyczna  mutacja w komórkach ciaBa (Bac. soma): nie dziedziczy si. Mutacje somatyczne mog by zródBem deformacji, chorób, a w[ród nich przede wszystkim chorób nowotworowych. W zale\no[ci od czasu i miejsca wystpienia obejmuj wikszo[ komórek ciaBa, mniejszy jego fragment lub jedn komórk. Mówimy, \e ciaBo osobnika z mutacj (mutacjami) obejmujcymi tylko cz[ organizmu ma budow mozaikowat (mozajka wyj[ciowych i zmutowanych tkanek). Organizm jest hybryd. Mutacje somatyczne (przykBady)  tylko niektóre komórki lub rejony ciaBa ujawniaj mutacj Mutacje barwy u Petunia hybrida Krokodyl z mutacj Krokodyl z mutacj albinotyczn skóry Mutacja  albinotyczna u ro[liny Oczywi[cie mutacje somatyczne nie musz dotyczy wygldu: mog to by mutacje metabolizmu lub innych funkcji komórek i tkanek nie dajce si bezpo[rednio zaobserwowa. Pojedyncza mutacja somatyczna zaczyna rozwój raka W normalnej komórce regulowany jest wzrost komórki i tempo namna\ania. Onkogeny pobudzaj w sposób niekontrolowany wzrost i mno\enie si komórek. mno\enie si komórek.  BiaBko zapobiegajce nowotworzeniu powoduje [mier komórek, w których nagromadziBo si du\o mutacji. W nowotworach ten gen te\ jest uszkodzony. Rozwój nowotworu Wzrasta tempo namna\ania komórek Pocztkowo komórki namna\aj nowotworowych, wdzieraj si w si lokalnie i niezbyt szybko  ssiadujce tkanki (inwazja) i wystpuje tendencja do ostatecznie pojedyncze komórki dalszych mutacji: faza dysplazji rozpoczynaj wdrówk naczyniami krwiono[nymi (przerzuty) Zaczyna si od mutacji w pojedynczej komórce Zniesienie reakcji Dalsze mutacje, brak kontaktowej stabilno[ci genetycznej  Intensywne Mutacje w Kumulowanie si pomidzy metastaza. Tkanka podziaBy rejonach genów mutacji w tym komórkami  nowotworowa pobudza naprawczych protoonkogeny komórka uwalnia rozwój naczyD krwiono[nych, DNA mutuj w onkogeny si spod kontroli którymi nastepnie komórki organizmu. wdzruj w organizmie. Rozró\nienie ze wzgldu na mechanizm - szczegóBy: Mutacja punktowa  dotyczy niewielkiej liczby nukleotydów Mutacja chromosomowa (aberracja chromosomowa)  zmiana budowy chromosomu, dotyczy znacznego odcinka chromosomu. Mutacja genomowa  zaburzenia stopnia ploidalno[ci komórki, zmiany liczby chromosomów. Mutacja punktowa  nazywana bywa tak\e  mutacj genow lub  mutacj nukleotydow. Nie ka\da mutacja punktowa to zmiana tylko jednego nukleotydu, mo\e by zmienionych, utraconych, dodanych kilka lub kilkana[cie nukleotydów. Nazwa  mutacja genowa mylca. Wskazuje, \e dotyczy jednego genu. Tymczasem mutacja w jednym punkcie chromosomu, mo\e dotyczy znacznej cz[ci chromosomu, o ile zostanie przesunita  otwarta ramka odczytu na skutek dodania lub wypadnicia nukleotydów w liczbie ró\nej od 3. Mutacje punktowe - rodzaje Podstawienie  zamiana jednej zasady na inn Tranzycja = puryny w puryn albo pirymidyny w pirymidyn Transwersja = puryny w pirymidyn lub pirymidyny w puryn Delecja punktowa  utrata zasady lub zasad Insercja punktowa  wBczenie zasady lub zasad Insercja punktowa  wBczenie zasady lub zasad W wyniku delecji lub insercji punktowej liczby zasad ró\nej od 3 wystpuje  po[lizg  zmiana sekwencji odczytu, bardzo grozne dla caBego genomu. Mo\e zmieni znaczenie zapisu od miejsca powstania tej mutacji, a\ do koDca chromosomu, a przynajmniej do koDca sekwencji transkrybowanych, w obrbie których mutacja nastapiBa. Mutacje punktowe - skutki Utrata lub dodatkowe aminokwasy " Po[lizg mo\e zupeBnie zmieni sens zapisu, wic zmiany o 1 lub 2 zasady s bardziej brzemienne w skutki ni\ zmiany o 3 zasady lub wielokrotno[ 3. " Insercje/delecje caBych tripletów mog tak\e mie du\e znaczenie je\eli dotycz centrum aktywnego enzymu, zmieni struktur przestrzenn biaBka lub lokalne wBa[ciwo[ci DNA i struktur przestrzenn biaBka lub lokalne wBa[ciwo[ci DNA i mog na przykBad spowodowa, \e czynniki transkrypcyjne nie bd rozpoznawa specyficznego dla siebie fragmentu. Mutacja ma inne znaczenie kiedy dotyczy sekwencji regulatorowych, intronów, a inne je\eli dotyczy sekwencji kodujcych biaBko. Je\eli mutacja punktowa dotyczy odcinka regulatorowego mo\e mie wpByw na dziaBanie wielu genów (caBej kaskady). Mutacje punktowe - skutki " Zmiana synonimiczna (jeden z rodzajów  mutacji cichych )  brak bezpo[redniego skutku, nowy triplet koduje ten sam aminokwas lub ma to samo znaczenie (ale mo\e zmieni si na przykBad gitko[ DNA w tym miejscu). " Zmiana niesynonimiczna  mutacja zmiany sensu. Zamienia si mog:  Kodon sensowny => sensowny o innym znaczeniu = skutek to nowy aminokwas w tym miejscu biaBka.  Kodon sensowny => nonsensowny = skutek to przedwczesna terminalizacja transkrypcji. Skrócenie peptydu.  Kodon nonsensowny => sensowny  przedBu\enie mRNA o sekwencj wcze[niej nie transkrybowan, a w konsekwencji przedBu\enie BaDcucha biaBkowego o nowe aminokwasy lub na przykBad zmiana adresu. Mutacje punktowe - albinizm Albinizm (bielactwo) - brak pigmentu w skórze, tworach skórnych, wBosach i tczówce oka (czerwone oczy lub, rzadziej, niebieskawe). Albinizm wywoBany jest przez brak enzymu tyrozynazy przeksztaBcajcego prekursor przeksztaBcajcego prekursor melaniny w barwnik melanin. Warunkuje go allel recesywny, musi by homozygotyczny by wywoBa efekt Czsto[ wystpowania: 1/110 000 osób. Prócz albinizmu wBa[ciwego (uogólnionego) wystpuje tak\e albinizm lokalny (cz[ciowy) Mutacje punktowe - albinizm Albinizm uogólniony u pingwina i myszy laboratoryjnej Albinizm lokalny u krokodyla  mutacja somatyczna Mutacje punktowe - melanizm Melanizm uogólniony u jaguara: z lewej zwierz o typowym ubarwieniu, u doBu zwierz o czarnej sier[ci. Melanizm lokalny to ró\ne miejscowe przebarwienia skóry, równie\ u czBowieka: nale\ tutaj tzw. Pieprzyki. Nale\y obserwowa te zmiany ze wzgldu na mo\liwo[ pózniejszych zmian nowotworowych. Mutacje punktowe  anemia sierpowata Anemia sierpowata, niedokrwisto[ sierpowata - polega na wadzie budowy hemoglobiny. Mutacja punktowa w genie BaDcucha ² hemoglobiny powoduje zmian pojedynczego aminokwasu w sekwencji biaBka hemoglobiny A (HbA) (z kwasu glutaminowego na walin, w pozycji 6 od koDca -NH2) powstaje hemoglobina S (HbS). Hemoglobina HbS sBabiej wi\e tlen co powoduje staBe niedotlenie tkanek u osobników homozygotycznych pod wzgldem tego allelu. Choroba dziedziczy si w pod wzgldem tego allelu. Choroba dziedziczy si w sposób autosomalny i recesywny, z allelem kodominujcym HbA. Ten rodzaj dziedziczenia, polega na tym, \e nosiciele tylko jednej kopii wadliwego genu (heterozygoty), w normalnych warunkach nie maj Krwinki osobnika objawów klinicznych (to znaczy niedotlenienia), jednak ich heterozygotycznego: erytrocyty zawieraj ok. 40% hemoglobiny HbS obok normalnych (naddominacja HbA). Heterozygoty HbA HbS s równie\ w widoczne krwinki du\ym stopniu odporne na malari. Naddominacja sierpowate. powoduje, \e na terenach wystpowania malarii mutacja powodujca anemi sierpowat utrzymuje si w populacji  gdy\ wystepuje pozytywna selekcja heterozygot. Mutacje punktowe  hemofilia Hemofilia (inaczej zwana "krwawiczk" czy te\ "chorob królów") - grupa chorób spowodowanych genetycznie uwarunkowanym niedoborem czynnika krzepnicia. Hemofilia jest chorob sprz\on z pBci. Gen, którego mutacje powoduj chorob, znajduje si na chromosomie X. Zatem choroba przenoszona jest dziedzicznie zarówno przez kobiety i m\czyzn. dziedzicznie zarówno przez kobiety i m\czyzn. Jednak\e ojciec nie mo\e przenie[ tej choroby na syna, a jedynie na córk. Cecha ta dziedziczy si recesywnie, co oznacza, i\ choruj jedynie osoby z peBn ekspresj recesywnego allelu, czyli: m\czyzni hemi-zygotyczni wzgldem tego genu (XaY) Ludzkie chromosomy X i Y kobiety homozygotyczne wzgldem tego genu (XaXa) (zdjcie z mikroskopu Hemofilia ma wiele postaci i nie wszystkie maj elektronowego przebieg ostry. WspóBcze[nie mo\na zapobiega jej skaningowego skutkom podajc chorym preparaty poprawiajce krzepnicie krwi. chromosomów mitotycznych. Mutacje punktowe  dynamiczne Mutacja dynamiczna - mutacja polegajca na powieleniu si (ekspansji) fragmentu genu, zwykle o dBugo[ci 3 nukleotydów. Jedn z prawdopodobnych przyczyn takich mutacji jest zjawisko po[lizgu polimerazy DNA podczas replikacji DNA. Liczba powtórzeD mo\e zwiksza si w miar liczby podziaBów komórki. Mutacje dynamiczne s przyczyn wielu neurodegeneracyjnych i neuromi[nioiwych chorób genetycznych: Plsawica Huntingtona ZespóB Bamliwego chromosomu X Dystrofia miotoniczna Choroba Friedricha Ataksja rdzeniowo mó\d\kowa inne choroby Rozró\nienie ze wzgldu na mechanizm - szczegóBy: Mutacja chromosomowa (aberracja chromosomowa)  zmiana budowy chromosomu, dotyczy znacznego odcinka chromosomu. PBytka mitotyczna zawierajca fragment ramienia chromosomu pozbawiony centromeru (strzaBka): delecja Mutacje chromosomowe (1) Insercja z translokacj  Duplikacja - Inwersja - Delecja - wstawienie z przeniesieniem podwojenie odwrócenie utrata Szczególny rodzaj fuzji chromosomów: fuzje Robertsona = powstaje chromosom bez centromeru i Translokacja wzajemna  dicentryk. Chromosom bez centromeru przeniesienie wzajemne jest skazany na eliminacj z genomu, a dicentryk na rozerwanie i powstaj nowe pary chromosomów. Mutacje chromosomowe (2) Translokacja fragmentu ramienia do chromosomu telocentrycznego Fuzja chromosomów telocentrycz- nych Chromosomy telocentryczne wystpuj bardzo rzadko i s bardziej od innych aktywne w generowaniu nowych aberracji Pknicie chromosomowych. w centro- merze Inwersja wokóB centromeru  szczególny rodzaj inwersji Mutacje chromosomowe (3) Bezpo[rednie wykazanie translokacji jest mo\liwe dziki metodzie  malowania chromosomów . Mo\emy u\y sondy DNA z jednego chromosomu i w genomie mutanta mo\emy znalez miejsca, gdzie znajduje si translokowane DNA (kolor ró\owy na zdjciu). Mutacje genomowe - poliploidalno[ Mutacja genomowa  zaburzenia haploid stopnia ploidalno[ci komórki, zmiany liczby chromosomów. Poliploidalno[  zwielokrotnienie liczby zwielokrotnienie liczby chromosomów Autopoliploidalno[: zwielokrotnienie wBasnego genomu Allopoliploidalno[: poBczenie genomów midzy gatunkami poliploid Przypomnienie niektórych aspektów budowy chromosomów - kochezyny Kochezyny to biaBka fibrylarne i globularne tworzce razem kompleks podobny do agrafki, która zapina si na chromatydach siostrzanych bezpo[rednio po zakoDczeniu replikacji danego odcinka DNA w fazie S cyklu komórkowego. 1. Kochezyny pojawiaj si w jdrze w trakcie 1. Kochezyny pojawiaj si w jdrze w trakcie syntezy. 2. Acz chromatydy siostrzane do pocztków anafazy . 3. Umieszczone s co ok. 18 kB wzdBu\ caBego chromosomu. 4. Przy centromerze rozmieszczone s znacznie g[ciej i trudniej si rozBczaj. 5. Wystpuj zarówno w mitozie jak i mejozie (zawsze Bcz chromatydy siostrzane). Rozpad kochezyn w profazie mitozy 6. Kochezyny zaczynaj si  rozpina w profazie mitotycznej, czemu towarzyszy kondensacja chromatyny. 7. Pod koniec profazy wida chromatydy siostrzane le\ce blisko koBo siebie. 8. W metafazie mitozy niejednokrotnie widzimy rozdzielone chromatydy siostrzane poBczone cigle w rejonie centromeru (pozta  X chromosomu). 9. Kochezyny w rejonie centromeru 9. Kochezyny w rejonie centromeru rozpadaj si na pocztku anafazy, co umo\liwia rozej[cie si chromatyd siostrzanych do przeciwnych biegunów. 10.Brak rozpadu kochezyn centromerowych mo\e prowadzi do aneuplidalno[ci lub aberracji chromosomowych. Z lewej zdjcie we fluorescencji chromosomów metafazowych, u których wyznakowano na czerwono kochezyny, a DNA na zielono (z lewej) lub biaBoniebiesko (z prawej). Kochezyny s jeszcze obecne tylko przy centromerze. W mejozie kochezyny nie rozpadaj si w profazie I-ego podziaBu mejotycznego, nadal Bcz chromatydy siostrzane. Ponadto pojawia si nowy kompleks biaBek, Bczcych chromosomy homologiczne - kompleks synaptonemalny (zielona strzaBka na rysunku). Chromosom Chromosom Element Element Schemat budowy homologiczny homologiczny podBu\ny (o[ podBu\ny (o[ spity chromosomu mejotycznego: spity podBu\na) podBu\na) kochezynami kochezynami Element centralny Chromatydy siostrzane obu chromosomów homologicznych spite kochezynami na caBej kochezynami na caBej dBugo[ci. Pomidzy chromosomami homologicznymi pojawiaj si podBu\ne osie biaBkowe, do których doBczaj filamenty poprzeczne zachodzce na siebie podobnie jak elementy zamka bByskawicznego. Filamenty poprzeczne tworz element centralny kompleksu Komponenty elementu centralnego synaptonemalnego. Kompleks synaptonemalny uwidoczniony na preparatach. B A. Chromosomy w I mejozie z wybarwionymi biaBkami, widocznymi na zdjciu w czarnym kolorze (metoda nakrapiania, mikroskop elektronowy, maBe powikszenie) B. Chromosom  wysrebrzony w mikroskopie elektronowym  du\e powikszenie. Wida o[ utworzon przez nachodzce na siebie A filamenty elementu centralnego. Kompleks synaptonemalny uwidoczniony na preparatach. B A. BiaBka kompleksu synaptonemalnego widoczne na zdjciu preparatu jako czarna o[ biwalentów (metoda nakrapiana, mikroskop optyczny, chromatyna sBabo widoczna). B. BiaBka kompleksu wyznakowane przeciwciaBami z zielonym fluorochromem, telomery i pBytki koDcowe chromosomów wyznakowane przeciwciaBami ze znacznikiem czerwonym. Wida, \e tworzenie kompleksu rozpoczyna si od telomerów. Kompleks jest ukoDczony, gdy struktury budowane z obu koDców chromosomów homologicznych spotkaj si i utworz jedn o[ biwalentu. Kompleks synaptonemalny w pierwszej fazie podziaBu mejotycznego LEPTOTEN A ZYGOTEN B A. Proces nazywany profaz pierwszego podziaBu mejotycznego rozpoczyna si od uwidocznienia w mikroskopie [wietlnym chromatyny w postaci nici (Bac. leptum skd nazwa leptoten). Na poziomie molekularnym jest to etap tworzenia elementów (osi) podBu\nych kompleksu synaptonemalanego i wstpnej kondensacji chromatyny. B. Drugi etap, zygoten, rozpoczyna si gdy osie biaBkowe chromosomów homologicznych Bczone s elementami poprzecznymi kompleksy synaptonemalnego  zapinany jest biaBkowy  zamek . Chromatyna dalej kondensuje i biwalenty s ju\ wyraznie widoczne. Kompleks synaptonemalny w pachytenie C PACHYTEN W pachytenie, który trwa stosunkowo dBugo w mikroskopie [wietlnym nie wida zmian, oprócz dal- szej kondensacji chromatyny. Na poziomie molekularnym dziej si bardzo istotne zjawiska. Na kompleksie synaptonemalnym pojawiaj si biaBka enzymatyczne: wzBy rekombinacyjne. WedBug jednej z hipotez sprawdzaj one poprawno[ koniugacji jednocze[nie tnc i sklejajc fragmenty nici jednej z hipotez sprawdzaj one poprawno[ koniugacji jednocze[nie tnc i sklejajc fragmenty nici chromatynowych. Co jaki[ czas  myl si i sklejaj nici homologiczne na krzy\, nastpuje zjawisko znane nam jako  crossing-over , czyli wymiana fragmentów chromatyd pomidzy chromosomami homologicznymi - warunek rekombinacji mejotycznej. Dwa biwalenty w pachytenie i u góry powikszony fragment jednego z nich. StrzaBki pokazuj wzBy rekombinacyjne widziane w pachytenie na tle komple-ksu synaptonemalnego (mikroskop elektronowy) Mejoza I  chiazmy w diplotenie, zanik biaBek osi w dziakinezie D DIPLOTEN E DIAKINEZA D. W diplotenie niewidoczne s ju\ wzBy rekombinacyjne i koniugacja przestaje by taka [cisBa jak w pachytenie bo rozpada si element centralny kompleksu synaptonemalnego. Pary chromosomów homologicznych poBczone s tylko w miejscu chiazm. Dawniej uwa\ano za oczywiste, \e chiazmy s pozostaBo[ci po crossing-over. Ten pogld jest obecnie kwestionowany. Liczba chiazm nie koreluje z liczb zdarzeD crossing-over na poziomie molekularnym i oba zjawiska s odrbnie regulowane genetycznie. W miejscu chiazm zidentyfikowano podobne do kochezyn biaBka: chiazminy. E. W diakinezie zanikaj biaBka osiowe kompleksu synaptonemalnego a chromatyna ulega dalszej kondensacji. Dopiero teraz dezintegruje si otoczka jdrowa. Jak powstaj autopoliploidy? Autopoliploidy  dziedziczne zwielokrotnienie liczby chromosomów wystpuje zazwyczaj za po[rednictwem zaburzeD mejozy, gdy nie dochodzi do redukcji liczby chromosomów w trakcie tego procesu. Niekiedy takie gamety mog by zdolne do zapBodnienia, cz[ciej u ro[lin. Podwojenie liczby chromosomów mo\e zaj[ równie\ przed utworzeniem organów rozrodczych w linii gametycznej, wtedy mejoza redukuje liczb chromosomów, ale do poziomu pierwotnie somatycznego. Schemat cyklu Poliploidyzacja w komórkach komórkowego somatycznych jest czstym zjawiskiem u ro[lin. yródBem zjawiskiem u ro[lin. yródBem poliploidyzacji mo\e by endoreduplikacjia DNA (blokada endomitoza cyklu komórkowego w fazie S  zamiast w podziaB, komórka wchodzi w now faz G1) lub endomitoza (blokada podziaBu w fazie M  mitoza zaczyna si, lecz endoreduplikacja jest niepeBna i chromatydy siostrzane si nie rozchodz do ró\nych biegunów, chocia\ oddzielaj si od siebie). Przypomnienie: Regulacja cyklu komórkowego W prawidBowym cyklu komórkowym na przemian nastpuj po sobie etapy podwajania ilo[ci DNA (faza S) i jego rozdziaB Cyklina D na dwie równe cz[ci (mitoza, faza M). Rozdzielaj je fazy G1 i G2. Cykl komórkowy regulowany jest przez cykliny, cykliny kinazy zale\ne od cyklin i anafazowy kompleks Cykliny B i A degraduj gdy s ju\ enzymatyczny (APC czyli cyklosom). Cdk1 Cdk2 niepotrzebne 1. Poziom cyklin wzrasta lub opada: Cykliny A i E 1. Poziom cyklin wzrasta lub opada: Cykliny A i E Cyklina fazy G1  (cyklina D) Cykliny fazy S  (cykliny E i A) Cykliny mitotyczne (cykliny B i A) 2. Kinazy zale\ne od cyklin (Cdk)  ich poziom jest staBy, ale tylko w poBczeniu z cyklin 3. Anafazowy kompleks enzymatyczny mog dziaBa: (Anaphase promoting complex = APC) nazywany tak\e cyklosomem G1 Cdk (Cdk4) Cdk fazy S (Cdk2) -Powoduje rozpad kohezyn Cdk fazy M (Cdk1) -Degraduje cyklin B Przypomnienie: Kolejne fazy cyklu komórkowego 1. Wzrasta poziom cykliny G1 (cyklina D), przyBcza si do jej wBa[ciwej Cdk4 i komórka dostaje sygnaB do przygotowania replikacji Cyklina D 2. Wzrasta poziom czynnika fazy S (S-phase promoting factor = cyklina A + Cdk2) co powoduje przygotowanie jdra do fazy S cykliny Cykliny B i A degraduj 3. W trakcie replikacji DNA rozpada si cyklina E a gdy s ju\ Cdk1 Cdk2 Cdk2 wzrasta poziom cyklin mitotycznych. Na koniec wzrasta poziom cyklin mitotycznych. Na koniec niepotrzebne niepotrzebne fazy S rozpadaj si cykliny A i D => rozpoczyna Cykliny A i E si faza G2. Do nowo utworzonej nici DNA doBczj si gemininy = blokada replikacji. 4. Pod koniec G2 formuje si Kompleks promujcy mitoz (cykliny B i A Bcz si z ich Cdk1) co inicjuje: kondensacj chromatyny, formowanie wrzeciona podziaBowego, rozpad otoczki jdrowej. Na koniec nastpuje aktywacja kompleksu promujcego mitoz - APC 5. APC umo\liwia rozpad kohezyn i rozej[cie si chromatyd siostrzanych do biegunów wrzeciona. Do cykliny B przyBcza si ubikwityna co umo\liwia strawienie cykliny B przez proteosomy. Rozpoczyna si synteza cykliny G1 => komórka przechodzi do fazy G1. Rozpadaj si gemininy, które blokowaBy mo\liwo[ ponownej syntezy na matrycy DNA. Autopoliploidalno[: endoreduplikacja i endomitoza Faza G1 przebiega normalnie (cyklina D +Cdk4) Wzrasta poziom czynnika fazy S (cyklina A + Cdk2) Cyklina D co powoduje przygotowanie jdra do fazy S ENDOREDUPLIKACJA: W trakcie replikacji DNA nie rozpada si cyklina E i brak cykliny nie cyklin mitotycznych. Nie rozpadaj si cykliny A i degraduj w Cykliny B i A odpowiedni D. Do nowo utworzonej nici DNA nie doBczaj si m czasie co Cdk1 gemininy = brak blokady powtórnej replikacji. Na Cdk2 Cdk2 zaburza zaburza nowo powstaBych kopiach DNA tworzone s nowo powstaBych kopiach DNA tworzone s podziaB Cykliny A i E nastpne kopie, a kohezyny nie pozwalaj si rozej[ chromatydom siostrzanym = powstaj chromosomy politeniczne. Przy endomitozie faza G2 przebiega prawie normalnie: tworz si kompleksy promujce mitoz i anafaz, ale niektóre skutki ich dziaBania s zablokowane. ENDOMITOZA: rozchodz si chromatydy siostrzane (nie tworz si chromosomy politeniczne), a wic podwaja si liczba chromosomów. Jednak nie rozchodz si one do biegunów bo nie s przyBczane do wrzeciona podziaBowego i nie rozpada si otoczka jdrowa. Poliploidalno[  autopoliploidy potrzebuj stabilizacji mejozy co mo\e nastpi na skutek wtórnej diploidyzacji. Dziki wtórnej diploidyzacji Wtórna diploidyzacja U autopoliploidów chromosomy przywracana jest koniuguj czwórkami równowaga w mejozie. (kwadriwalenty), tak dBugo, a\ jakie[ powa\ne zmiany Zjawisko Zjawisko strukturalne (np, delecje, strukturalne (np, delecje, autopoliploidyzacji, a inwersje) nie zró\nicuj chromosomów na tyle, \e nastpnie wtórnej zaczynaj koniugowa znowu po diploidyzacji dwa. Je\eli wszystkie pary prawdopodobnie odegraBo chromosomów przejd ten proces koniugacja przebiega normalnie  du\e znaczenie w ewolucji tworz si biwalenty. Zjawisko to genomów. nazywamy wtórn diploidyzacj. Mutacje genomowe - aneuploidalno[ Aneuploidalno[  brak lub nadmiar jednego lub kilku chromosomów. Mutacja powstaje w trakcie podziaBu mejotycznego (zawsze jest to zmiana dziedziczna) lub mitotycznego (wtedy zarówno mo\e dotyczy komórek gametycznych jak i somatycznych, mo\e zatem mie charakter dziedziczny lub efekt lokalny). Brak chromosomu: Monosomia  jeden zamiast dwóch chromosomów z danej pary Nadmiar-Polisomia: Trisomia  trzy zamiast dwóch chromosomów danej pary Tetrasomia  cztery itd. Zarówno brak jak i nadmiar chromosomu mo\e dotyczy wicej ni\ jednej pary chromosomów w genomie. U zwierzt aneuploidalno[ oznacza powa\ne zaburzenia lub letalno[ organizmu. Ro[liny toleruj znaczny zakres zmienno[ci liczby chromosomów. Mutacje genomowe - aneuploidalno[ Liczne choroby czBowieka: Aneuploidalno[ chromosomów somatycznych ZespóB Downa  trisomia (nadmiar jednego) 21 pary chromosomów. Objawami s niedorozwój umysBowy, maBy wzrost, nieprawidBowe proporcje ciaBa, zbyt du\y jzyk, wady narzdów wewntrznych. ZespóB Edwardsa  trisomia 18 pary chromosomów. Objawami s gBboki niedorozwój umysBowy, wady rozwojowe. ZespóB Pataua - trisomia chromosomu 13 silny niedorozwój umysBowy ZespóB Pataua - trisomia chromosomu 13 silny niedorozwój umysBowy rozszczep wargi i podniebienia, wady oczu i uszu, anomalie koDczyn i wady innych narzdów. Aneuploidalno[ chromosomów pBciowych ZespóB Turnera  monosomia chromosomów pBci X, osobnik ma cechy kobiece. Jest to najczstsza aberracja chromosomów pBci (1:2500 ci\0 i najczstsza przyczyna spontanicznych poronieD (90% zbadanych przypadków). Trisomia chromosomu X (zespóB XXX, nadkobieta, metakobieta, nadsamica) ZespóB Klinefeltera  disomia chromosomów X u m\czyzn XXY ZespóB XYY  disomia chromosomu Y. M\czyzni charakteryzuj si wysokim wzrostem, zwikszon pobudliwo[ci emocjonaln i agresywno[ci, s pBodni. Mechanizmy powstawania nowych genów W historii \ycia wystpiBy dwa znaczce  skoki : " Przej[cie od Procariota do Eucariota ok. 1,4 mld lat temu to przej[cie od okoBo 1000 genów do ok. 10000 u osobnika. " Przej[cie od komórek do organizmów zBo\onych czyli od ok. 10000 do okoBo 80000 genów. Nowe geny mog powsta przez: " rearan\acj (przetasowanie, rekombinacje) odcinków DNA " duplikacj i dywergencj genów " nabywanie genów od innych gatunków W ewolucji genomów wa\ne byBy wszystkie te procesy. Przetasowanie (rearan\acje) genów Mechanizmy, które powoduj zmiany aran\acji genów i zwizane s z rozmna\aniem pBciowym. Rekombinacje:  Chromosomy matki i ojca losowo rozchodz si do komórek potomnych (niezale\ne dziedziczenie grup sprz\eD, rekombinacja niehomologiczna).  Crossing-over prowadzi do nowych aran\acji w obrbie grup sprz\eD (rekombinacja homologiczna). (rekombinacja homologiczna). Inne zjawiska zwizane z rearan\acj DNA: " Konwersja genów (zmiana stosunku alleli, dodatkowa kopia jednego z alleli zastpuje drugi allel,  lepsza kopia mo\e wypiera z genomu homologiczne  gorsze kopie) " Transpozycja  przeniesienie fragmentu DNA w inne miejsce na kilku mo\liwych drogach. Elementy transpozycyjne (transpozony) to sekwencje DNA wyposa\one w mechanizm umo\liwiajcy ich wycicie z chromosomu i wBczenie w inne miejsce: Rekombinacje genów - szczegóBy Rekombinacje, po mutacjach nastpny wa\ny mechanizm ewolucji. Rekombinacje zawsze zwizane s z dziedziczeniem pBciowym i wynikaj z przegrupowania genów w trakcie mejozy i zapBodnienia. Dwa rodzaje rekombinacji: Prawa odkryte przez Mendla: rekombinacja niehomologiczna Geny na chromosomach niehomologicznych (Mendel my[laB, \e wszystkie geny) dziedzicz si niezale\nie => zatem w potomstwie mog si spotka w zupeBnie nowych kombinacjach. Zjawisko odkryte przez Morgana: rekombinacja homologiczna Geny z jednej pary chromosomów homologicznych tworz grup sprz\eD. Geny z pary chromosomów homologicznych te\ mog rozej[ si niezale\nie, z ró\n, charakterystyczn dla siebie czstotliwo[ci. Jest to mo\liwe dziki zjawisku crossing over. Rekombinacje genów w mejozie: crossing over Mejocyt Od ojca Mejocyt profaza I metafaza I Koniuga- Diada cja w skutki cja w skutki mejozie PodziaB Crossing-over mejotyczny I Od matki Rekombinacje genów w mejozie: crossing over Sytuacja jest jeszcze bardziej skomplikowana ni\ na schemacie na poprzedniej stronie, gdy\ ka\dy chromosom jest zbudowany z dwóch kopii (chromatydy siostrzane) i ka\da z tych kopii rekombinuje niezale\nie w pierwszej profazie mejotycznej (pachyten). Ka\da gameta to inna kombiancja genów. Diada . Tetrada . II podziaB Rearan\acje genów wywoBane transpozycj Elementy insercyjne i transpozony Ostatnio (lata 80-te XX wieku) wykryto, \e istniej fragmenty DNA majce zdolno[ci przemieszczania si w obrbie chromosomu lub pomidzy chromosomami. Transpozycja nale\y do typu rekombinacji niehomologicznej. Jak dotd transpozony zostaBy znalezione w ka\dym gatunku gdzie ich poszukiwano  czy\by byBy powszechne? gdzie ich poszukiwano  czy\by byBy powszechne? U muszki owocowej 10% genomu to elementy ruchome. Elementy ruchome mog obejmowa krótkie fragmenty (elementy insercyjne = IS), a\ do dBugich, zawierajcych geny transpozonów. Jest kilka kategorii elementów ruchomych. Kategorie elementów ruchomych (transpozonów) Kategoria 1: DNA-RNA-DNA z sekwencj LTR i genem pol transkryptaza DNA RNA DNA Odwrotna transkryptaza LTR pol LTR  pol  gen kodujcy odwrotn transkryptaz; LTR  long terminal repeats = dBugie powtarzalne sekwencje, zawieraj promotory repeats = dBugie powtarzalne sekwencje, zawieraj promotory sprz\onych z nimi genów Tanspozony typu 1 maj wBasny mechanizm samopowielania do zBudzenia przypominaj retrowirusy!!! które te\ maj sekwencje LTR w genomach i odwrotn transkryptaz Pierwotna kopia nie jest wycinana =>powstaje wiele kopii tego samego genu, daje to mo\liwo[ dywergencji genu. Czy wirusy s zródBem transpozonów, czy te\ wirusy s to  usamodzielnione transpozony? Dylemat wci\ nie rozwizany. Kategorie elementów ruchomych (transpozonów) Kategoria 2: DNA-RNA-DNA z genem pol i sekwencj poly-A Odwrotna transkryptaza transkryptaza DNA RNA DNA AAAAA pol AAAAA pol  gen kodujcy odwrotn transkryptaz pol  gen kodujcy odwrotn transkryptaz Kategoria 2 nie ma wBasnych sekwencji promotorowych, zatem taki transpozon uruchomiany jest razem z ssiadujcymi genami, o ile le\y w miejscu gdzie nastpuje taka aktywacja ssiadujcych genów. Pierwotna kopia genu nie jest wycinana = powstaje wiele kopii tego samego genu, mo\liwo[ dywergencji. => przypominaj retrowirusy pozbawione elementów samopowielania Kategorie elementów ruchomych (transpozonów) Kategoria 3: DNA-DNA z genem tpn i sekwencj IR transpozaza DNA DNA  IR tpn IR IR  inverted repeats (sekwencje odwrócone) Tpn  gen kodujcy enzym transpozaz Transpozaza rozpoznaje IR i przecina DNA w tym miejscu, przenosi wycity fragment w inne miejsce, tam gdzie znajdzie IR i tam wkleja. " Pierwotna kopia fragmentu DNA jest trwale wycinana " Powstaj  rekombinacje nieuprawnione Ewolucja genów Eukariota Analizujc sekwencje nukleotydów w genomach znaleziono wiele odcinków DNA homologicznych = podobnych do siebie. Mo\na je znalez w obrbie tego samego genu, a tak\e w ró\nych genach. Std wnioski dotyczce mechanizmów ewolucji genów. Ò!Geny ewoluuj drog duplikacji i dywergencji. Ò!Geny ewoluuj drog duplikacji i dywergencji. Ò!Duplikacje mog powsta na ró\ne sposoby Nie zawsze w wyniku duplikacji nastpuje dywergencja. Skutkiem duplikacji mo\e by tak\e: 1. wydBu\enie si genu 2. zduplikowanie tych samych genów WydBu\anie genów dziki duplikacji Na skutek wydBu\enia si genu powstaj biaBka w których ta sama sekwencja aminokwasów powtarza si wielokrotnie. Dobrym przykBadem takiego biaBka jest kolagen, w którym ta sama sekwencja powtarza si ponad 50 razy. Dywergencja genu w nastepstwie duplikacji Jedna z podwojonych kopii genu mo\e zachowa swoje funkcje co Jedna z podwojonych kopii genu mo\e zachowa swoje funkcje co zapewnia stabilno[ procesów, w których gen uczestniczy. Jego zduplikowana kopia jest uwolniona od presji selekcyjnej i zachodzce w niej mutacje nie s dziki temu letalne. Mo\e to doprowadzi do powstania nowego genu, albo do utraty funkcji i powstania nieaktywnego  psedogenu , który tym bardziej bdzie mógB gromadzi mutacje do czasu, gdy jaka[ zmiana w strukturze DNA na powrót nie uruchomi transkrypcji w tym odcinku. Wikszo[ genów organizmów wy\szych wyewoluowaBa w ten sposób. Mo\na na poziomie molekularnym prze[ledzi pokrewieDstwo konserwatywnych (nie zmienionych) sekwencji, oraz rejony i kolejno[ gromadzenia mutacji w trakcie ewolucji genu. Drogi prowadzce do duplikacji genów lub grup genów (1) " Duplikacja caBych genomów (autopoliploidalno[).  Najszybszy sposób zwikszania liczby genów.  U zwierzt wielokomórkowych zjawisko zawsze letalne.  Prawdopodobnie czste zjawisko u organizmów ni\szych.  Do dzi[ czste zjawisko u ro[lin. " Duplikacja caBych chromosomów lub ich fragmentów.  U zwierzt wielokomórkowych zjawisko zawsze niekorzystne.  U organizmów ni\szych i u ro[lin zjawisko czste. " Duplikacja pojedynczego genu lub jego fragmentu.  Najczstsze i najskuteczniejsze zjawisko prowadzce do postpu ewolucyjnego.  Zledzc  rodziny genów mo\na odtworzy drogi ewolucji. Drogi prowadzce do duplikacji genów lub grup genów (2) Duplikacja pojedynczego genu lub grupy genów mo\e zaj[ na skutek: " Nierównomiernego procesu crossing-over (Nierównomierna wymiana chromatyd siostrzanych). " Amplifikacja DNA " Transpozycja Rodziny genów (duplikacja + dywergencja) - przykBady Rodziny genów (duplikacja + dywergencja) - przykBady  geny homeotyczne (homeobox, hox, mad-box)  miozyny, tubuliny  globiny krwi  rodopsyny  kinazy (enzymy odpowiedzialne m.in. za fosforylacj biaBek)  geny kodujce czynniki transkrypcyjne  geny t-RNA  wiele innych& PrzykBady duplikacji i dywergencji genów (1) Rodzina genów kodujcych globiny. Globiny w poBczeniu z hemem tworz hemoglobiny. U czBowieka wystpuj dwie rodziny globin. Hemoglobina czBowieka skBada si z dwóch BaDcuchów alfa i z dwóch beta  oba geny pochodz od wspólnego, pierwotnego genu na co wskazuje ich daleko posunite podobieDstwo = homologia. Globiny alfa  zakodowane w chromosomie 16 Rodzina alfa ma 3 kopie: jedna koduje alfaglobin embrionaln a dwie alfaglobiny osobników dojrzaBych. Globiny beta  zakodowane w chromosomie 11 Rodzina beta skBada si z 5 genów + 1 pseudogen: jeden gen funkcjonuje u zarodka, dwa u pBodu, dwa u osobników dorosBych. PrzykBady duplikacji i dywergencji genów (2) W[ród dzi[ \yjcych ssaków tylko bez\uchwowce (np.minog) maj monomeryczn (jednoBaDcuchow) hemoglobin. Wszystkie ryby kostnoszkieletowe i czworonogi maj ju\ BaDcuchy alfa i beta. To pozwala na ustalenie kiedy nastpiBo podwojenie kopii genu, a nastpnie dywergencja kopii i dalsza ewolucja tego genu  ok. 500 mln lat temu. U ssaków niemal ka\dy gen kodujcy biaBko U ssaków niemal ka\dy gen kodujcy biaBko wystpuje w wielu kopiach. " Geny kodujce aktyn, miozyn: ró\ne ich kopie uruchamiane s w ró\nych tkankach. " Rodopsyny: biaBka znajdujce si w siatkówce oka wra\liwe na ró\ne dBugo[ci [wiatBa determinuj mo\liwo[ kolorowego widzenia. PrzykBady duplikacji i dywergencji genów (3)  geny homeotyczne " Sekwencje genów homeotycznych u Drosophila zawieraj ok. 100 powtórzeD sekwencji 180 pz (homeoboks) kodujcych biaBka regulatorowe. Le\ one jeden za drugim na chromosomie 3, stanowi sekwencje regulatorowe odpowiedzialne za symetri ciaBa w osi przednio-tylnej. Ekspresja kolejnych odcinków regulatorowych nastpuje od przodu ku tyBowi wskazujc na histori powstania tych sekwencji. sekwencji. " U krgowców (i u czBowieka) wystpuj 4 kompleksy genów homeotycznych (Hox) homologicznych do kompleksów homeoboksu u Drosophila. Sekwencje tych kompleksów s bardziej zró\nicowane, ale tak\e odpowiadaj za symetri przednio-tyln zarodka, pBodu a nastpnie dojrzaBego organizmu. Hipoteza: powstanie sekwencji homeoboksu zapocztkowaBo ewolucj zwierzt wielokomórkowych. Duplikacja bez dywergencji  zwikszenie liczby kopii tych samych genów Geny, na których produkty jest du\e zapotrzebowanie maj zwykle wiele takich samych kopii na przykBad geny histonów = potrzebne dla zachowania struktury i upakowania DNA rRNA, tRNA = potrzebne przy ka\dej translacji Uwaga: Wszystkie 21 rodzajów t-RNA stanowi rodzin genów. Ponadto ka\dy z 21 rodzajów t-RNA ma wiele kopii. Geny histonów, rRNA, t-RNA nie ulegaj dywergencji zarówno w odcinakach kodujcych jak i niekodujcych dlatego mówimy, \e wykazuj daleko kodujcych jak i niekodujcych dlatego mówimy, \e wykazuj daleko posunity konserwatyzm. Przypuszczamy, \e geny s  konserwatywne wtedy gdy ich funkcja jest bardzo wa\na i najmniejsza zmiana zagra\a \yciu organizmu. Wielokrotnie powtórzone geny z zachowaniem funkcji np. geny rRNA podlegaj prawdopodobnie ewolucji zespoBowej, która realizuje si na skutek konwersji (zastpowania  gorszej kopii przez  lepsz stopniowo w caBej rodzinie). Szczególne znaczenie dla ewolucji ma z jednej strony konserwatyzm sekwencji regulatorowych, oraz ich nowe  przetasowanie caBkowicie zmieniajce wzór ekspresji genów.

Wyszukiwarka

Podobne podstrony:
Babik, Ewolucja genomow i powstawanie nowych genow (2009)
18 Mityczna seria ewolucji konia (2009)
Weiner, Hipotezy o powstaniu i wczesnej ewolucji zycia (2009)
ewolucja genomow slajdy
30 Kaszycka, Pochodzenie i ewolucja czlowieka (2009)
24 Koteja, Ewolucja eksperymentalna (2009)
17 Jeśli umysł ludzki jest tworem ewolucji, to czy można wierzyć, że poprawnie ujmuje on rzeczywist
26 Spalik, Piwczynski, Rekonstrukcja filogenezy i wnioskowanie filogenetyczne w badaniach ewolucyjn
Golik Pochodzenie i ewolucja genomu mitochondrialnego (2009)
20 Kacznowski, Ewolucja istotnych cech budowy organizmu zwierzecego (2009)
Moscicka, Bog i ewolucja (2009)
9 Mechanizmu ewolucji ich konsekwencje i metody badania (2009)

więcej podobnych podstron