84744

2 metylacja - grupa 2'-0H w 2 nukleotydzie, jeśli jest to adenina to metylowana jest grupa NH₂ i powstaje czapeczka typu 1.

Wszystkie transkrypty polimerazy II posiadają czapeczki.

Oznacza to, że nie tylko mRNA je posiadają, ale wszystkie transkrypty, np. snRNA.

Czapeczka ma duże znaczenie dla procesu elongacji, ale nie wiadomo pewnie jakie.

Elongacia

Różnice w długości tranksryptów:

Procaryota < kilka tysięcy par zasad, synteza jest szybka, na minutę dobudowywanych jest kilkaset nukleotydów

Eucaryota - czas syntezy to czas godzin, chociaż synteza jest szybsza, polimeraza II syntezuje 2000 nukleotydów/min. Czas jest dłuższ, bo jest więcej zasad i są introny.

W komórce eukariotycznej występują czynniki elongacyjne - białka, które w kompleksie z polimerazą pomagają jej transkrybować.

U ssaków jest około 13 czynników elongacyjnych.

Czynniki niektóre zapobiegają zatrzymaniu się polimerazy.

Mutacja w genie CSB, dokładniej jego inaktywacja (CSB jest jednym z czynników elongacyjnych)

powoduje opóźnienie umysłowe

Mutacja w genie ELL-ostra białaczka szpikowa.

Polimeraza ma problem, bo musi radzić sobie z obecnością nukleosomów.

Czynniki elongacyjne pomagają polimerazie w modyfikacji struktury chromatyny.

U drożdży ważnym czynnikiem jest elongator, który modyfikuje strukturę chromatyny.

Poliadenylacia

Dotyczy 3' końca transkryptu.

Większość eukariotycznego mRNA posiada na końcu 3' ciąg reszt A (ogon Poli A)

Ciąg reszt A nie jest kodowany w DNA.

Ciągi Poli A są dodawane przez polimerazy RNA ( polimeraza Poli A), która jest niezależna od matrycy. Miejscem rozpoczęcia poliadenylacji jest AAUAA - jest to sekwencja sygnałowa.

Sekwencja sygnałowa jest położona między -10, a -30.

Poliadenylacja zaczyna się zaraz za sekwencją CA.

Sekwencja sygnałowa nie jest miejscem, gdzie przyłączają się zasady A.

Dalej za CA jest region bogaty w GU.

Sekwencja sygnałowa i region GU, są rozpoznawane przez specjalne białka.

1    czynnikiem jest CPSF - czynnik specyficzności cięcia i poliadenylacji - rozpoznaje sekwencję sygnałową.

2    czynnik -CstF - czynnik stymulacji cięcia - rozpoznaje sekwencję GU Z nimi musi się związać polimeraza.

Oprócz polimerazy jeszcze są 2 czynniki białkowe. Jeden to białko wiążące się z sekwencją Poli A.

Jego obecność wpływa na długość syntezowanego łańcucha.

Poliadenylacja biegnie po utworzeniu tego kompleksu. Najpierw odcinany jest fragment za CA.

To białko wiąże się dalej z powstającym ciągiem Poli A i ma za zadanie stabilizację tej struktury. Poliadenylacja jest nieodłącznym elementem germinacji transkrypcji.

CPSF - oddziałuje z podstawowym czynnik transkrypcji - TFIID

CPSF jedzie na polimerazie do momentu pojawienia się sekwencji sygnałowej.

terminacja jest skorelowana z poliadenylacją.

Nie wszystkie transkrypty mRNA mają region Poli A.

Przykładem są transkrypty histonów.