Wady - w miarę rozwoju firmy trudniej szybko uzyskać decyzję, gdyż kierownicy funkcjonalni muszą się zwracać o rozstrzygnięcie sprawy do centrali. Bywa też, że niełatwo jest określić odpowiedzialność lub ocenić efektywność. Wreszcie skoordynowanie funkcji członków całej organizacji może stwarzać problemy dla naczelnego kierownictwa. Członkowie poszczególnych działów mogą czuć się odizolowani (lub lepsi) od członków innych działów. Trudniej zatem doprowadzić do jedności działania w dążeniu do osiągania celów całej organizacji.
W organizacji funkcjonalnej mogą występować poważne trudności w koordynowaniu przez kierownictwo działalności pracowników (dział produkcji może skupiać uwagę tylko na utrzymywaniu się w granicach kosztów i dotrzymaniu ustalonych terminów dostaw, nie zwracając uwagi na kontrolę jakości, przez co dział obsługi klienta może być zasypywany reklamacjami).
c) Sztabowa:
Władzę sztabową sprawują w organizacji te osoby lub grupy osób, które świadczą usługi na rzecz kierowników liniowych i doradzają im. Pojęcie sztabu obejmuje wszystkie elementy organizacji, których nie zalicza się do linii.
Sztab zapewnia kierownikom rozmaite formy pomocy i udziela porad eksperckich. Ich autorytet wynika przede wszystkim z władzy eksperckiej.
Sztab może służyć kierownikom liniowym radami planistycznymi, może pomagać we wdrażaniu przyjętej polityki, w sprawowaniu nadzoru i kontroli, w sprawach prawnych i finansowych, w projektowaniu i prowadzeniu systemów przetwarzania danych.
d) Macierzowa:
Jest to struktura organizacyjna, w której dany pracownik podlega jednocześnie kierownikowi funkcjonalnemu i kierownikowi programu lub zespołu. Dlatego