powinny być otoczone specjalnie troskliwą opieką, jak i takie, na które można pod pewnymi warunkami polować.
Dyrektywa siedliskowa. Podstawowym celem Dyrektywy Siedliskowej jest ochrona różnorodności biologicznej na obszarze państw członkowskich Unii Europejskiej. Zadanie to ma być realizowane poprzez: 1) ochronę siedlisk zagrożonych lub/i reprezentatywnych dla poszczególnych regionów biogeograficznych zjednoczonej Europy, 2) zachowanie roślin i zwierząt rzadkich i zagrożonych na terenie Wspólnoty, realizowaną poprzez ochronę gatunkową i/lub ochronę ich siedlisk. Tym dwu blokom tematycznym podporządkowana jest cala struktura wewnętrzna dyrektywy.
Zasady ochrony przyrody na obszarach Natura 2000. Ochrona obszaru w ramach sieci NATURA 2000 nie wyklucza jego gospodarczego wykorzystania. Jednakże każdy plan lub przedsięwzięcie, które może w istotny sposób oddziaływać na obiekt wchodzący w skład sieci, musi podlegać ocenie oddziaływania jego skutków na ochronę obiektu. Zgoda na działania szkodzące obiektowi może być wyrażona wyłącznie w określonych przypadkach i pod warunkiem zrekompensowania szkód w innym miejscu (w celu zapewnienia spójności sieci). Kraje członkowskie będą współfinansować ochronę obszarów NATURY 2000. Dyrektywa zawiera zasady tego finansowania. Będą do tego celu wykorzystywane różne narzędzia finansowe Unii. Stan chronionych siedlisk i gatunków, a także sytuacja na obszarach wchodzących w skład sieci, muszą być monitorowane. Dyrektywa przewiduje również procedurę rezygnacji z uznawania danego obszaru za ostoję wchodzącą w skład sieci, jeśli na skutek naturalnych procesów utraci chronione wartości.
Procedura tworzenia obszarów Natura 2000. Każdy kraj sam przygotowuje propozycję sieci na jego terytorium. Wyznaczanie OSO następuje na podstawie Dyrektywy Ptasiej, a ustalanie listy proponowanych SOO następuje na podstawie kryteriów określonych w załączniku III do Dyrektywy Siedliskowej. Ważne jest to, iż kryteria te mają wyłącznie charakter przyrodniczy - ocenia się więc stan obszaru, zagrożenia, stopień izolacji, wartość dla zachowania gatunku lub typu siedliska w skali globalnej itp. W tym przypadku jakiekolwiek uwarunkowania ekonomiczne nie są brane pod uwagę. Potrzeba ochrony przyrody została uznana za nadrzędną. Komisja Unii Europejskiej, w porozumieniu z zainteresowanymi krajami, ustala ostateczną listę obszarów o znaczeniu wspólnotowym (OZW), które wejdą w skład sieci. Dla zatwierdzonych elementów sieci opracowuje się priorytety ochrony, ustala komeczne działania ochronne, a w miarę potrzeby także tworzy palny ochrony. Wyznaczaniu obszarów do oclirony, a następnie ustalaniu zasad oclirony, powinny towarzyszyć konsultacje społeczne. Kraje są odpowiedzialne za zachowanie na obszarach wchodzących w skład sieci chronionych walorów w stanie niepogorszonym.
O utworzeniu zespołu przyrodniczo-krajobrazowego, użytku ekologicznego, pomnika przyrody oraz stanowiska dokumentacyjnego decyduje odpowiedni wojewoda lub rada
gminy.