inne nietoksyczne substancje organiczne
• wody podgrzane
Spływ powierzchniowy-spływ wody po powierzchni terenu powoduje zmywanie i wypłukiwanie z niej cząstek gleby, materii organicznej, resztek nawozów. Najmniej korzystne warunki panują na zboczach o dużym nachyleniu, gdzie znajdują się grunty orne. Najistotniejsze zanieczyszczenia wprowadzane są przez rolnictwo. Wymywanie nawozów powoduje zwiększoną dostawę do rzek biogenów. Podobnie jak w wodach stojących, w wodach płynących również może zachodzić proces eutrofizacji. W małych rzekach eutrofizacja objawia się wzmożonym rozwojem makrolitów (duże rośliny naczyniowe, mchy, niektóre duże zielenice), w dużych rozwojem fitoplanktonu. Budowa zbiorników retencyjnych zmniejszających prędkość przepływu wody w rzece prowadzi również do wzmożenia eutrofizacji wód.
Jeziora
Ok. 25% jezior stanowi odbiorniki ścieków bytowo-gospodarczych lub przemysłowych. Jakość wód jezior zależy od sposobu zagospodarowania ich zlewni. Zlewnia ponad połowy jezior w Polsce ma charakter rolniczy. Rolnictwo i hodowla pozostają źródłem zanieczyszczenia wód-pola uprawne przylegają zazwyczaj bezpośrednio do obrzeży zbiorników. Brak barier ochronnych w postaci pasów zadrzewień i zakrzaczeń wzdłuż linii brzegowej sprzyja zanieczyszczeniu wód. Jeziora rekreacyjne-ścieki przedostają się z ośrodków wypoczynkowych, domków letniskowych, kempingów.
308 jezior posiada wodę o 3 klasie czystości; jeziora o wodach poza klasowych-164 zbiorniki. Najmniejszym obciążeniem zanieczyszczeń są jeziora Mamry Północne i śniardwy-są to jeziora stabilne, które posiadają dobra jakość wód-1 i 2 klasa czystości. Największym zagrożeniem jezior jest proces eutrofizacji-wzrost żyzności zbiornika poprzez wzbogacenie w substancje biogenne spływające z terenu zlewni. Proces ten jest przyspieszony działalnością człowieka.