Podział środków oparty jest o następujące kryteria:
• liczba ludności,
• wielkość PKB na głowę mieszkańca liczonego według parytetu siły nabywczej,
• powierzchnia kraju.
Beneficjentami Funduszu Spójności w sektorze transportu są:
• PKP PLK S.A.,
• GDDKiA,
• Ministerstwo Infrastruktury.