Zawartość
Co to jest miejsce aktywne? .................................................................................................................... 2
3 cele dla których wyznaczamy Km .......................................................................................................... 2
Co to jest stała substratowa? .................................................................................................................. 3
Co to jest stan przejściowy reakcji chem.? .............................................................................................. 4
Co obrazuje wykres Arrheniusa? ............................................................................................................. 5
Co hamuje reakcje enzymatyczną? ......................................................................................................... 6
W jakim celu prowadzi sie dializę? .......................................................................................................... 6
Co to jest aktywnośd specyficzna i jak sie zmienia w miarę oczyszczania? ............................................. 6
Co to jest kataliza kwasowo-zasadowa? ................................................................................................. 7
Czemu inhibitor niekompetencyjny zmniejsza Vmax? .............................................................................. 8
Co to znaczy ze inhibitor jest ciasno wiążący? ........................................................................................ 9
Co to jest IC50 i kiedy to wyznaczamy? ................................................................................................... 12
Na czym polega fluorescencja? ............................................................................................................. 13
co trzeba zrobid żeby pomiar Vo był odpowiedni .................................................................................. 15
jaka metoda oddziaływania enzym-substrat najlepiej obrazuje katalizę .............................................. 18
Co to jest Km i w jakich jednostkach się ją podaje? ............................................................................... 18
Jakimi wiązaniami wiąże się substrat z enzymem w centrum aktywnym? ........................................... 18
Co to jest międzynarodowa jednostka enzymu? .................................................................................. 18
Co to jest kataliza nukleofilowa? ........................................................................................................... 19
Dlaczego Km rośnie w przypadku inhibicji kompetycyjnej? ................................................................... 20
Jakie próby kontrolne wykonad , aby dobrze oznaczyd aktywnośd enzymu? ....................................... 22
Na czym opiera się chromatografia powinowactwa? ........................................................................... 24
Na czym polega/ co to jest elektroradiografia? .................................................................................... 25
Do czego służy wykres L-B? ................................................................................................................... 25
Co wpływa na aktywnośd enzymu? ....................................................................................................... 27
Jak postępowad aby białka nie adsorbowały się na powierzchni naczyo laboratoryjnych? ................. 27
Co to jest inhibitor wolno wiążący? ...................................................................................................... 28
Co to jest energia aktywacji reakcji chemicznej? .................................................................................. 28
Jakie parametry katalityczne pozwalają na wybranie dobrego/złego substratu dla enzymu? ............. 28
Dlaczego protony mogą wpływad na aktywnośd enzymu w reakcji? .................................................. 28
jak działa enzym .................................................................................................................................... 28
co to ping-pong ..................................................................................................................................... 29
coś o inhibicji zwrotnej chyba ............................................................................................................... 30
wydaje mi się że było pytanie o stanie przejściowym, ale nie co to jest, tylko w czym to pomaga czy
coś.......................................................................................................................................................... 30
Co to koenzym: ...................................................................................................................................... 30
jakie reakcje katalizują transferazy i chyba izomerazy i podąd przykłady ............................................. 30
kataliza elektrofilowa chyba była ale ręki sobie nie utnę...................................................................... 33
Jaka reakcja enzymatyczna jest wspólna dla procesu produkcji piwa, wina i zakwasu chlebowego?.. 34
Dlaczego aktywnośd enzymu mierzymy w zbuforowanym środowisku? .............................................. 34
Dlaczego Hb płodowa ma większe powinowactwo do tlenu, niż Hb człowieka dorosłego? ................ 34
Dlaczego w chromatografii oddziaływao hydrofobowych używamy soli wysoko stężonych?.............. 35
Jak struktury rezonansowe wpływają na katalizę? ............................................................................... 36
Dlaczego badając aktywnośd enzymu potrzebujemy bardzo wysokiego stężenia substratu, a mierząc
Km, nie? .................................................................................................................................................. 37
Dlaczego krystalografia jest pomocna w analizie białek? ..................................................................... 38
Inhibicja zwrotna- co to jest? ................................................................................................................ 39
Kiedy stała substratowa jest równa Km?................................................................................................ 40
W jaki sposób wykorzystad kinetykę M-M (? Km) dla reakcji dwusubstratowych? .............................. 41
Wykres Eadie: ........................................................................................................................................ 42
Co to jest miejsce aktywne?
a. Obszar (trójwymiarowa szczelina, unikalne mikrośrodowisko) który wiąże pasujące substraty
(i kofaktor), zawierający reszty aminokwasowe biorące bezpośredni udział w tworzeniu i
zrywaniu wiązao (wiele słabych oddziaływao)  tworzenie stanu przejściowego.
3 cele dla których wyznaczamy K
m
b. Matematyczny opis kinetyki enzymu
c. Ilościowy pomiar aktywności enzymów
d. Wskaz
nik istnienia mechanizmów regulujących
e. Oszacowanie stężenia substratu w komórce
f. Porównywanie enzymów z różnych tkanek/organizmów/etapów rozwoju
g. Sprawdzenie czy ligand reguluje aktywnośd enzymu
h. Opracowywanie warunków do pomiaru Vmax
i. Porównywanie powinowactwa enzymu do różnych substratów
j. Wybranie najlepszego substratu dla enzymu: najlepszy  ma największy stosunek Vmax/Km=k
(stała szybkości reakcji)
Co to jest stała substratowa?
k. Stała dysocjacji kompleksu ES do E+S. Ks= Jest równa Km jeśli stała dysocjacji ES do
produktu jest znacznie mniejsza od stałej dysocjacji ES do E + S.
Co to jest stan przejściowy reakcji chem.?
l. Stan o najwyższej energii swobodnej.
m. Najrzadziej występujący stan związków reagujących w czasie reakcji.
n. S -> X -> P
Co obrazuje wykres Arrheniusa?
o.
p.
Co hamuje reakcje enzymatyczną?
q. Inhibitory
r. Niewłaściwe:
i. pH
ii. siła jonowa
iii. temperatura
iv. stężenie soli
W jakim celu prowadzi sie dializę?
Co to jest aktywność specyficzna i jak sie zmienia w miarę
oczyszczania?
s. Właściwa?: rośnie. Aktywnośd enzymu odniesiona do masy enzymu (białka) w preparacie, np.
umole wytworzonego produktu/min/mg białka
t.
Co to jest kataliza kwasowo-zasadowa?
u. Zachodzi w niej transfer protonów wymagający udziału grup zasadowych i kwasowych
v. Uniwersalna: Rolę donora lub akceptora protonu (kwasu lub zasady Bronsteda  Lowrego)
pełni cząsteczka inna niż woda (np. His w chymotrypsynie)
w. Specyficzna: H+ i OH- jako grupy kwasowo-zasadowe
Czemu inhibitor niekompetencyjny zmniejsza V ?
max
x. Zmniejsza stężenie funkcjonalnego enzymu  bardziej rozcieoczony roztwór enzymu
Co to znaczy ze inhibitor jest ciasno wiążący?
y.
z.
aa.
Co to jest I i kiedy to wyznaczamy?
C50
bb.
cc.
Na czym polega fluorescencja?
dd. Fluorescencja  jeden z rodzajów luminescencji  zjawiska emitowania światła przez
wzbudzony atom lub cząsteczkę. Zjawisko uznaje się za fluorescencję, gdy po zaniku czynnika
pobudzającego następuje szybki zanik emisji w czasie około 10-8 s. Gdy czas zaniku jest
znacznie dłuższy, to zjawisko jest uznawane za fosforescencję.
ee.
co trzeba zrobić żeby pomiar V był odpowiedni
o
ff.
gg.
hh.
ii.
jj.
jaka metoda oddziaływania enzym-substrat najlepiej
obrazuje katalizę
kk. Indukowane dopasowanie?
Co to jest K i w jakich jednostkach się ją podaje?
m
ll. Jest to takie stężenie substratu dla którego V=Vmax/2
Jakimi wiązaniami wiąże się substrat z enzymem w centrum
aktywnym?
mm. Interakcje elektrostatyczne
nn. Wiązania wodorowe
oo. Siły van der Walsa
pp. Oddziaływania hydrofobowe
Co to jest międzynarodowa jednostka enzymu?
qq. Taka ilośd enzymu która katalizuje utworzenie 1 umola produktu w czasie 1 min w
określonych warunkach
Co to jest kataliza nukleofilowa?
rr.
Dlaczego K rośnie w przypadku inhibicji kompetycyjnej?
m
ss.
tt.
Jakie próby kontrolne wykonać , aby dobrze oznaczyć
aktywność enzymu?
uu.
vv.
ww.
xx.
Na czym opiera się chromatografia powinowactwa?
yy. Jest to metoda, w której wykorzystuje się wysoce specyficzne, wzajemne powinowactwo
dwóch substancji. Jedna z nich, chemicznie związana z nierozpuszczalnym nośnikiem i zwana
ligandem, swoiście wiąże drugą substancję, izolując ją z mieszaniny innych związków
znajdujących się w roztworze. Substancje pozbawione powinowactwa do ligandu, przechodzą
przez złoże niezatrzymane. Przy oczyszczaniu enzymów ligandem może byd analog substratu,
inhibitor, kofaktor, przeciwciało; przy oczyszczaniu glikoprotein  lektyny; przy oczyszczaniu
kwasów nukleinowych  histony, komplementarne sekwencje zasad.
Na czym polega/ co to jest elektroradiografia?
zz.
Do czego służy wykres L-B?
aaa. Do wyznaczenia Vmax i Km
bbb.
Co wpływa na aktywność enzymu?
ccc.
Jak postępować aby białka nie adsorbowały się na
powierzchni naczyń laboratoryjnych?
ddd. Dodad dużo białek inertnych w stężeniu dużo większym niż enzym, np. albumina,
żelatyna.
Co to jest inhibitor wolno wiążący?
eee.
Co to jest energia aktywacji reakcji chemicznej?
fff. Różnica energii swobodnej pomiędzy stanem stanem przejściowym a substratem.
Jakie parametry katalityczne pozwalają na wybranie
dobrego/złego substratu dla enzymu?
ggg. ??ma największy stosunek Vmax/Km=k (stała szybkości reakcji
Dlaczego protony mogą wpływać na aktywność enzymu w
reakcji?
hhh. ?? zmiana pH  ale to raczej H30+
iii. W katalizie kwasowo zasadowej?
jak działa enzym
jjj. ułatwiają tworzenie stanu przejściowego
kkk. obniżają energię swobodną aktywacji
lll. zapewniają nowy przebieg reakcji w którym stan przejściowy ma mniejszą energię
swobodną i stąd może byd szybciej tworzony.
mmm. nie wpływa na spontanicznośd reakcji i jej równowagę
co to ping-pong
nnn.
coś o inhibicji zwrotnej chyba
ooo.
wydaje mi się że było pytanie o stanie przejściowym, ale nie co to jest, tylko w czym to
pomaga czy coś
Co to koenzym:
ppp. Rodzaj kofaktora - Małe cząsteczki organiczne, np. koenzym A, pochodne
witamin
jakie reakcje katalizują transferazy i chyba izomerazy i podąć przykłady
qqq.
rrr.
kataliza elektrofilowa chyba była ale ręki sobie nie utnę
sss.
ttt.
Jaka reakcja enzymatyczna jest wspólna dla procesu produkcji piwa,
wina i zakwasu chlebowego?
uuu. Hydroliza wielocukrów??
Dlaczego aktywnośd enzymu mierzymy w zbuforowanym środowisku?
vvv. Odp. Na górze
Dlaczego Hb płodowa ma większe powinowactwo do tlenu, niż Hb człowieka
dorosłego?
www. Bo 2,3  BPG wiąże się słabiej i w mniejszym stopniu zmniejsza powinowactwo
do tlenu.
xxx. Dzięki Hb płodowa może przejąd tlen od Hb matki.
Dlaczego w chromatografii oddziaływao hydrofobowych używamy soli
wysoko stężonych?
yyy. Rodzaj i stężenie soli bardzo silnie wpływają na oddziaływanie białko-ligand
w chromatografii hydrofobowej. Ze wzrostem stężenia soli wzrasta ilość białka
wiązanego z hydrofobowymi ligandami. Początkowo wzrost ten jest liniowy, ale
powyżej pewnego stężenia ilość białka wiązanego przez ligandy wzrasta
wykładniczo. Wykładniczy wzrost ilości wiązanego białka obserwuje się przy
stężeniu soli, w którym zachodzi wysalanie tego białka. Białko wytrąca się wówczas
na kolumnie chromatograficznej. Efekt ten, pomimo obserwowanego wzrostu ilości
wiązania białka, ma ujemny wpływ na selektywność rozdziału chromatograficznego i
należy go unikać. Poza stężeniem soli również jej rodzaj ma duże znaczenie dla
wydajności i selektywności wiązania oraz elucji białek. Wszystkie typy soli
rozpuszczalne w wodzie zostały uszeregowane ze względu na zdolność wysalania
białek (seria Hofmeistera). Nie wszystkie sole mają jednak podobne znaczenie w
praktyce chromatograficznej. Najważniejsze z nich, uszeregowane według
intensywności efektu wysalania, podane są poniżej (1):
Na2SO4>K2SO4>(NH4)2SO4>Na2HPO4>NaCl>KCl>LiCl>NaBr>KBr Jak widać,
siarczany sodu, potasu i amonu mają najsilniejszy efekt wysalania białek i one też
powodują największe ilościowo wiązanie białek do hydrofobowych ligandów. Nieco
słabsze są fosforan i chlorek sodu, które jednak pozwalają uzyskać zdecydowanie
lepszą selektywność wiązania i elucji białek. Większość białek związanych z
hydrofobowym ligandem daje się stosunkowo łatwo odmyć stosując jako eluent tę
samą sól, ale w niższym stężeniu.
Jak struktury rezonansowe wpływają na katalizę?
zzz.
Dlaczego badając aktywnośd enzymu potrzebujemy bardzo wysokiego
stężenia substratu, a mierząc K , nie?
m
aaaa.
bbbb.
cccc. Przy Km nie możemy mied wysokiego, tylko kilka różnych
Dlaczego krystalografia jest pomocna w analizie białek?
dddd. Bo ujawnia szczegóły na poziomie atomowym
Inhibicja zwrotna- co to jest?
eeee.
ffff.
Kiedy stała substratowa jest równa K ?
m
gggg. Pyt 3
W jaki sposób wykorzystad kinetykę M-M (? Km) dla reakcji dwusubstratowych?
hhhh.
Wykres Eadie:
iiii.