Skargi, wnioski, zażalenia: Dagmara Adamska, gr 1

BIOLOGIA

1. Ekspresja genów, replikacja, etc.

• Co to jest alternatywny splicing?

łączenie ze sobą różnych egzonów z pre-mRNA na różne sposoby, niekoniecznie po kolei (według genu), czasem z pominięciem niektórych egzonów lub z zachowaniem niektórych intronów. W ten sposób z jednego genu może powstać więcej niż jedna cząsteczka mRNA, co jest źródłem zmienności białek.

• Czym są zakończone końce 5? i 3
  5’ czapeczka (cap)
  3’ ogon PoliAAA

• Co to jest replikacja semikoserwatywna?
  w nowej cząsteczce DNA (po replikacji) jedna nić pochodzi ze starej cząsteczki DNA, a druga (nowa) nić jest dobudowana na zasadzie komplementarności. Synteza nowych nici może zachodzić tylko z udziałem nici rodzicielskich, służących jako matryce.
  

• W którą stronę zachodzi replikacja na nici opóźnionej?
  Teoretycznie 3’5’, jednak w praktyce 5’3’ jak w wiodącej (nie da się 35, głuptasku ^^’)- małymi fragmentami (f. okazaki), podobnież przestrzennie robi się jakaś pętelka, ale o co chodzi to nie wiem

• Z czego jest zbudowane DNA?
  z dwóch nici zbudowanych z dezoksyrybonukleotydów
  (cukier deoksyryboza, zasady azotowe-puryny i pirymidyny, grupy fosforanowe)
  

• Funkcje rRNA,
  budują rybosomy (razem z białkami)
  tRNA,
  przyłączanie wolnych aminokwasów w cytoplazmie i transportowanie ich do rybosomów, gdzie w trakcie procesu translacji zostają włączone do powstającego łańcucha polipeptydowego.
  mRNA,
  przenoszenie informacji genetycznej o sekwencji poszczególnych polipeptydów z genów do aparatu translacyjnego^[1].
  snRNA
  niekodujący RNA pełniący funkcję rybozymu w procesie wycinania intronów (splicingu).( z wyjątkiem U7 snRNA, które jest zaangażowane w obróbkę końca 3' pre-mRNA histonów)
  Horna=pre-mRNA

Co to są telomery i jakie mają funkcje
fragment chromosomu zapewniający mu stabilność, zlokalizowany na jego końcu, który zabezpiecza go przed uszkodzeniem podczas kopiowania. Telomer skraca się podczas każdego podziału komórki. Proces ten, będący "licznikiem podziałów" chroni komórki przed nowotworzeniem, ale przekłada się na proces starzenia się. Długość telomeru zależy od wieku organizmu.
Telomer ma cztery zasadnicze funkcje:

1. ochronę końca chromosomu przed uszkodzeniem lub nieprawidłową rekombinacją,

2. umożliwienie całkowitej replikacji chromosomu,

3. nadzorowanie ekspresji genów,

4. wspomaganie organizacji chromosomów w trakcie podziałów komórki.
   
   Telomer zbudowany jest z kilku tysięcy zasad nukleinowych i związanych z nimi białek (TTAGGG)
   Przy każdej replikacji miejsce przyczepu primera najbliższego telomerowi nie może zostać skopiowane, ponieważ polimeraza nie może się cofać. W efekcie replikacji towarzyszyć powinno skracanie chromosomu, w wyniku skracania nici potomnych.

• Opisz działanie telomerazy
  enzym rybonukleoproteinowy, którego zadaniem jest dobudowanie brakującego (w związku z tzw. problemem replikacji końca) terminalnego odcinka nici 3'-5' DNA (tak zwanej nici opóźnionej). Telomeraza posługuje się w tym celu zintegrowaną z nią cząsteczką RNA. Cząsteczka ta ma odcinek bogaty w cytozynę, odgrywający rolę matrycy do wydłużenia nici 5'-3' DNA. Do nici tej dobudowywane są sekwencje telomerowe. Z kolei prymaza syntetyzuje primer (RNA starterowy), którego obecność pobudza polimerazę do odtworzenia brakującego fragmentu nici opóźnionej DNA. Po replikacji RNA starterowy jest usuwany. Powstaje nowy ubytek - tym razem jednak w obrębie telomeru, a nie obszaru kodującego.
  
  Gdzie: kom. Intensywnie się dzielące; nowotworowe, makrofagi i limfocyty, pierwotne płciowe, komórki macierzyste szpiku kostnego.; w płciowych jest syntezowana, a w somatycznych ulega represji wraz ze starzeniem się;( nowotwór- brak represora)

• Stadia mitozy, i co się w nich dzieje

• Sekwencje palindromowe- co to jest, po co itd.
  Sekwencja palindromowa w genetyce oznacza taką sekwencję DNA, dla której sekwencja komplementarna jest identyczna (przy założeniu, że obie sekwencje czytamy z uwzględnieniem polarności nici; zgodnie z przyjętym obyczajem - od końca 5' do 3'):

5' A A T T 3'
3' T T A A 5'

-są często miejscem działania enzymów restrykcyjnych
-w sekwencjach telomerowych (robi się spinka? Da?)

• Po co jest kompartmentacja w komórce i co to wgl jest o_O’
  PRZEDZIAŁOWOŚĆ(uprzedziałowienie) KOMÓRKI występujący w → komórkach eukariotycznych rozdział poszczególnych procesów przemiany materii między różne otoczone błonami wewnątrzkomórkowe przedziały (kompartmenty) lub organelle.
  zjawisko ścisłego lokalizowania wielu białek w określonych strukturach lub organellach komórkowych, tzw. kompartmentach, czyli otoczonych błonami przedziałach w komórce. Zjawisko to dotyczy biochemicznego, przestrzennego i fizjologicznego zróżnicowania w komórce.
  Zjawisko kompartmentacji pozwala na zachodzenie w komórce przeciwstawnych procesów w tym samym czasie.
  

• Polimerazy RNA i ich funkcje
  

• Zasada tolerancji Cricka
  Istnieje 61 kodonów determinujących aminokwasy, jednak większość komórek zawiera tylko 40 różnych rodzajów cząsteczek tRNA. Niektóre z tych tRNA mogą rozpoznawać więcej niż jeden rodzaj kodonu, tak więc wykorzystywane mogą być wszystkie rodzaje kodonów. Francis Crick podał jako pierwszy wyjaśnienie tego pozornego odstępstwa od reguły parowania zasad komplementarnych, formułując hipotezę tzw. Tolerancji rozpoznawania. W hipotezie swej Crick przyjął, że trzeci nukleotyd antykodonu w tRNA ( zasada 5’ antykodonu ) może czasami tworzyć wiązanie wodorowe z więcej niż jednym rodzajem nukleotydu w trzeciej pozycji kodonu w mRNA ( zasada 3’ kodonu ). Badacze potwierdzili później tę hipotezę eksperymentalnie, określając sekwencje antykodonów w poszczególnych cząsteczkach tRNA i badając ich specyficzność w sztucznych układach doświadczalnych. Cząsteczki niektórych tRNA mogą rozpoznawać aż trzy różne kodony determinujące ten sam aminokwas.
  ''Pierwsza zasada od 5'-końca antykodonu moŻe z pierwszą i drugą zasadą kodonu tworzyć tylko właściwe pary, natomiast z trzecią zasadą kodonu - nawet trzy róŻne pary. Oddziaływanie tego rodzaju między pierwszą zasadą antykodonu i trzecią kodonu jest znane pod nazwą: zasada tolerancji Cricka.''

• Polimerazy DNA u eukariota

• Przykład choroby wyst po błędzie polimerazy gamma

• Wrzeciona kariotyczne (tym amfiastralny i an astralny)

• Reakcja i enzym tworzenia AA-trna

• W jaki sposób następuje skracanie telomerów

• Dlaczego polimeraza nie przyczepia się do kasety TATA tylko 30pz dalej?

• Operony

• Powstawanie wrzeciona

2. Apoptoza, nekroza, kontrola cyklu komórkowego

• Opisz szlak zewnętrzny

• Opisz szlak wewnętrzny apoptozy

• Co to są domeny śmierci

• Jak dzielimy kaspazy
  aktywujące i efektorowe?
  

• Które kaspazy są aktywowane podczas szlaku zewnętrznego

• Jak działają kaspazy

• Jak jest zbudowany apoptosom
  cytochrom c+ Apaf1 , do tego prokaspaza 9 żeby aktywować do kaspazy 9
  

• Co to jest ciałko apoptotyczne
  
  

• Przyporządkuj cykliny do kinaz

• Porównaj apoptozę i nekrozę

• Co to są cykliny

• Apoptoza stresowa-opisz

• Inna nazwa diplotenu- jaka?

• Co się dzieje w profazie I mejozy po kolei każdy etap

• Przy danej ilości chromosomów podać ilość chromatyd i biwalentów w komórce

• Z czego jest zbudowane włókno kariotyczne

• Budowa genu p53
  w chromosomie 17p, w strefach 12-13, 3
  53kDa
  11 egzonów - 20 kpz
  fosfoproteiną o składającą się z 393 aminokwasów zorganizowanych w trzy domeny (ryc. 1).
  N-końcowa domena (bogata w aminokwasy kwaśne) aktywuje transkrypcję,
  środkowa (rdzeniowa) wiąże się do specyficznych sekwencji DNA,
  natomiast C-końcowa (bogata w aminokwasy zasadowe) jest odpowiedzialna na tetrameryzacje białka umożliwiającą wiązanie się do promotorów, które zawierają wiele powtórzeń sekwencji palindromowej złożonej z 10 par zasad.
  
  

• Co to jest punkt restrykcyjny
  
  
  (Kluczowym momentem fazy G1 cyklu komórkowego

jest tak zwany punkt restrykcyjny, po osiągnięciu

którego komórka może już bez udziału czynników

pobudzających przejść do fazy syntezy DNA)

• Co to jest proteasom
  jest to białkowy wielkocząsteczkowy agregat enzymatyczny o masie cząsteczkowej ok. 2 MDa utworzony z białek (kilku rodzajów proteaz) tworzących kształt cylindra. Występuje u Eukaryota ( w jądrze i w cytoplazmie), ale analogiczne struktury są także obecne u Prokaryota. Proteasomy w komórce skupiają się wokół centrioli tworząc centrum proteolityczne komórki.

Budowa[edytuj]

Proteasomy składają się z około 30 podjednostek białkowych. Każdy pierścień proteasomu to kompleks siedmiu różnych białek.

Funkcja[edytuj]

W komórce rozkładanie białek jest równie ważne jak biosynteza nowych cząsteczek białkowych. Istnieją dwa zasadnicze, ale wykorzystywane do odmiennych celów, mechanizmy rozkładu białek: lizosomy i proteasomy. To proteasomy są odpowiedzialne za degradację ubikwitynowanego białka do małych peptydów. Pełni funkcję w ubikwitynozależnej, specyficznej proteolizie białek (zwłaszcza krótko żyjących, czyli o sekwencji sygnałowej blisko N-końca).

W przebiegu degradacji białek przez proteasomy zużywana jest energia w postaci ATP.

• 
  

• Czynniki fizyczne/chemiczne wywołujące apoptoze/nekroze

• Wymień pkt kontroli w cyklu komórkowym

• Co to jest mfp i csf

• Na czym polega ubikwitynacja

• Negatywna ekspresja genów u Prokaryota

• Co to jest i jakie funkcje ma białko p53

• Co to jest i jakie funkcje ma białko Rb

• Aminoacylacja (równanie sumaryczne)

• Która z kaspaz aktywuje się sama

• Która z Kaspaz łączy szlak zew i wew

• Białka Bid, Bax

• Szlak parakrynowy

• Szlak okołokrynowy

• Cykl receptorowy apoptozy- która prokaspaza rozpoczyna i jak ma się on do cyklu mitochondrialnego

• Autoaktywacja prokaspaz

• Wykres mpf w cyklu komórkowym

• Granzym B- co po co i dlaczego

• Kompleks DISC
  
  
  
  
  Ubikwitynacja, ubikwityzacja to zjawisko unieczynniania białek przez przyłączenie cząsteczek innego, małego białka, ubikwityny. Proces ten zachodzi w komórce zarówno w cytoplazmie, jak i jądrze komórkowym. Wyróżnia się 2 rodzaje ubikwitynacji:monoubikwitynację i poliubikwitynację.
  Poli: naznaczone ubikwityną białko jest kierowane do proteasomu, gdzie następuje jego degradacja. Ubikwitynacji podlegają białka uszkodzone, zdeformowane, zdenaturowane i nieprawidłowo funkcjonujące, białka obce dla danej komórki (np. wirusowe), a także - białka krótko żyjące.

·

3. Gametogeneza, zapłonienie, bruzdkowanie

• Określ typy jaj /przykłady

• Określ typy bruzdkowania /przykłady

• Co to jest poligynia

• Co to jest poliandria

• Opisz cykl jajnikowy, podaj w punktach co dzieje się w każdym z etapów

• Opisz cykl miesiączkowy, podaj w punktach (?)

• Wymień gruczoły których wydzieliny wchodzą w skład spermy

• Jaką drogę pokonuje plemnik od powstania do wytrysku

• Co to są protaminy
  zasadowe białka zastępujące histony w chromatynie plemnika dla większej kondensacji mat. Gen. (są bardziej zasadowe od histonowych)
  
  

• Opisz sprematogeneze (schemat)

• Opisz oogeneze (schemat)

• Co to jest plazma płciowa
  specyficzne obszary cytoplazmy w komórkach jajowych płazów (Amphibia), odpowiadające za powstawanie pierwotnych komórek rozrodczych. P.p. wykazuje stałe położenie w jajach danego gatunku i zwykle zawiera dużo RNA.

• Regulacja hormonalna mężczyzn i kobiet

• Co powoduje niepłodność u mężczyzn?

• Opisz rozwój pęcherzyka zarodkowego

• Opisz proces witellogenezy

• Co to jest reakcja korowa

• Co to jest faza/reakcja akrosomalna

• Stężenie hormonów u kobiety w czasie cyklu

• Wszystko o blastuli- dlaczego pola jasne są jasne, a ciemnie-ciemne

• Bruzdkowanie jeżowca i żaby

• W jakiej fazie cyklu jest najwyższe stężenie estrogenu i progesteronu

• Białka prm1, prm2- protaminy

4. Gastrulacja, błony płodowe

• Różnicowanie mezodermy wewnątrzzarodkowej

• Co powst z którego elementu mezdoremy wewnatrzzarodkowej

• Struna grzbietowa- pochodzenie, funkcje, pozostałości w życiu popłodowym

• Błony płodowe- funkcje

• Błony płodowe- z jakich listków powstają

• Co to są somity, podział i funkcje

• Budowa łożyska

• Funkcje łożyska

• Narysuj szypułę boczną

• Narysuj pęcherzyk żółtkowy pierwotny i wtórny

• Powstawanie układu nerwowego

• Przewód żółtkowo jelitowy

• Co tworzy się z celomy

• Rola i miejsce prod. gonadotropiny kosmówkowej

• Czym się różni pęcherzyk żółtkowy pierwotny od ostatecznego

• Rola smugi pierwotnej