PREZ metody wykrywania mutacji

background image

Metody
wykrywania
mutacji

background image

Izolacja DNA

Izolacja DNA polega na oddzieleniu

DNA od innych struktur komórkowych

oraz od cząsteczek RNA i białek

związanych z DNA.

Istnieje kilka metod izolacji DNA. O ich

wyborze decyduje rodzaj materiału

biologicznego oraz przeznaczenie

uzyskanego DNA.

background image

Izolacja DNA - etapy

Liza komórek

Denaturacja i hydroliza białek

Usunięcie białek

Zagęszczenie DNA

background image

Izolacja RNA - metody

Izolacja specyficznego RNA w wyniku

frakcjonowania całkowitego RNA

komórki

Bezpośrednia izolacja specyficznego

RNA ograniczona do kom syntezujących

dany RNA w zwiększonej ilości

Izolacja poli(A)RNA

Izolacja RNA z polirybosomów

Izolacja całkowitego RNA komórki, a

następnie uzyskanie określonego RNA w

formie DNA w procesie odwrotnej

transkrypcji

background image

Izolacja RNA - różnice

RNA jest bardziej narażony na
degradację niż DNA

Konieczność usunięcia DNA podczas
izolacji

rRNA, tRNA oraz RNA
niskocząsteczkowy w komórkach
eukariotycznych stanowią łącznie ok.
80-98% RNA

background image

Elektroforeza

Elektroforeza preparatywna
umożliwia izolację z żelu tej części
preparatu, która jest niezbędna do
dalszych prac

Elektroforeza analityczna – służy do
charakterystyki badanego preparatu

Elektroforeza kapilarna – stosowana
podczas analizy DNA celem ustalenia
sekwencji pojedynczego łańcucha DNA

background image

DGGE/TGGE – elektroforeza na
żelach z gradientem
czynnika
denaturującego/temperatury

Metoda polega na elektroforezie

dwuniciowego DNA w żelu o

wzrastającym stężeniu czynnika

denaturującego. Pod wpływem

denaturacji fragmenty DNA ulegają

dysocjacji na pojedyncze nici. W

momencie rozdzielenia na pojedyncze

nici przemieszczanie DNA w żelu zostaje

gwałtownie przyhamowane. Moment

denaturacji DNA zmutowanego jest inny

niż DNA prawidłowego.

background image

SSCP – single strand
conformation
polymorphism

Metoda służąca do

badania polimorfizmu

konformacyjnego

jednoniciowych

cząsteczek DNA, czyli

różnic powstałych w

wyniku tworzenia

odmiennych struktur

trójwymiarowych przez

jednoniciowe cząsteczki

DNA, normalne i

zmutowane tego

samego fragmentu

łańcucha

polinukleotydowego –

dzięki wykorzystaniu

elektroforezy.

background image

Techniki hybrydyzacyjne
analizy kwasów
nukleinowych

Hybrydyzacja – tworzenie podwójnej
helisy między komplementarnymi
nićmi DNA lub RNA pochodzących z
różnych źródeł

background image

Sondy molekularne i
znakowanie

SONDY

Fragmenty

jednoniciowego DNA

i RNA poszukiwanego

genu sklonowanego

wcześniej

Syntetyczny

oligonukleotyd o

sekwencji

komplementarnej do

odcinka DNA

Sonda utworzona

dzięki amplifikacji

metodą PCR

ZNAKOWANIE

Radioaktywne

Nieradioaktywne (np

metodami

fluorescencyjnymi)

Immunochemiczne,

cytochemiczne

enzymatyczne

background image

Metoda Southerna –
Southern blot

Umożliwia
zidentyfikowanie
fragmentów
restrykcyjnych
poprzez użycie
elektroforezy
oraz sond
molekularnych

background image

Metoda Southerna –
zastosowanie i
ograniczenia

Metoda b. często stosowana w
diagnostyce DNA, użyteczna w
wykrywaniu mutacji punktowych

Konieczna jest znaczna ilość DNA

Wynik można uzyskać po 7-14 dniach

Ekspozycja na znaczniki radioaktywne

background image

Hybrydyzacja typu
northern

Wykorzystywana do analizy RNA i

procesu transkrypcji poszczególnych
genów. Dzięki niej można ustalić, które
geny ulegają transkrypcji w badanych
tkankach lub na danym etapie rozwoju
organizmu. Ponadto umożliwia
poznanie długości RNA badanych
genów a także intensywność, z jaką są
one transkrybowane w różnych
układach biologicznych.

background image

Hybrydyzacja typu
western

Rozdziela zdenaturowane białka według

ich mas oraz niezdenaturowane według

ich struktury przestrzennej, za pomocą

elektroforezy w żelu

poliakrylamidowym. Później białka są

przenoszone na membranę (zwykle

nitrocelulozową). Obecność

odpowiednich białek jest sprawdzana za

pomocą barwników takich jak Ponceau

S, czerń amidowa czy Coomassie

Brilliant Blue lub za pomocą przeciwciał

przyłączających się do ich epitopów.

background image

RFLP - Restriction
Fragments Length
Polymorphism

Tą techniką wykrywa się różnice
pomiędzy rozmiarami fragmentów
DNA pociętych restryktazami. Różnice
długości fragmentów DNA powstają w
wyniku mutacji, które tworzą lub
eliminują miejsca rozpoznawane przez
te enzymy. Sekwencje polimorficzne
RFLP, które wykrywa się tą metodą, są
używane jako znaczniki zarówno w
mapach fizycznych jak i genetycznych.

background image

ASO - Hybrydyzacja
Oligonukleotydu
Specyficznego względem
allelu

Stosuje się sondy molekularne – jedną

komplementarną do sekwencji

prawidłowej, drugą do zmutowanej.

pomiędzy sondą a badanym DNA

dochodzi do hybrydyzacji. Obecność

sygnału po hybrydyzacji z sondą

komplementarną do sekwencji

prawidłowej oznacza brak mutacji, sygnał

otrzymany po hybrydyzacji z sondą

komplementarną do odcinka

zmutowanego oznacza obecność mutacji.

background image

Hybrydyzacja z użyciem
mikromacierzy

Naniesienie na odpowiedni nośnik w sposób

zaplanowany i uporządkowany licznych

wzorcowych sekwencji, będących

podłożem do hybrydyzacji materiału

badanego.

Analiza transkryptominczna (RNA)

Badanie DNA

Badanie sekwencji genów

Analiza jednonukleotydowych

polimorfizmów DNA typu SNP

Badanie oddziaływań DNA z białkami

background image

Analiza heterodupleksów

Polega na wychwyceniu powstającego w

wyniku mutacji braku parowania
pomiędzy pojedynczymi nukleotydami
w komplementarnych (dwuniciowych)
fragmentach kwasów nukleinowych.
Struktury wytwarzane w zależności od
typu mutacji: „pęcherzyki”
(substytucje), zgięcia nici DNA,
wybrzuszenia jednostronne (insercje
lub delecje).

background image

FISH- fluorescent in situ
hybridization

Stosuje się fluorescencyjnie

wyznakowane sondy DNA,

metoda ta pozwala na

wykrycie mutacji i jej

lokalizację.

Można stosować

jednocześnie wiele sond

wyznakowanych różnymi

związkami

fluorescencyjnymi.

Zastosowanie do

wykrywania aneuploidów,

mikrodelecji, duplikacji,

utraty heterozygotyczności

(nowotwory).

background image

Enzymatyczna - metoda
Sangera

Na jednoniciowej matrycy syntetyzuje się in

vitro DNA. Synteza przebiega od

radioaktywnego, oligonukleotydowego startera

komplementarnego do 3` końca matrycy.

Reakcję wykonuje się równolegle w czterech

probówkach, w których oprócz kompletu

deoksytrifosforanów nukleotydów (dATP , dCTP ,

dTTP , dGTP) dodana jest niewielka ilość jednego

z nich w postaci dideoksytrifosforanu

nukleotydu, co uniemożliwia kontynuowanie

reakcji w momencie włączenia takiego

nukleotydu w syntetyzowany łańcuch, ponieważ

brakuje wtedy grupy hydroksylowej na 3` koncu.

background image

Chemiczna - metoda
Maxama-Gilberta

Polega na degradacji wyznakowanych na 5` końcu

cząsteczek DNA związkami chemicznymi

przecinającymi specyficznie wiązania

fosfodiestrowe za nukleotydem odpowiadającym

określonej zasadzie azotowej. Wynikiem reakcji jest

zbiór fragmentów DNA o różnej długości co

spowodowane jest takim doborem warunków , że w

poszczególnych cząsteczkach przecinane jest tylko

jedno lub dwa wiązania. Fragmenty z czterech

niezależnych reakcji rozdziela się elektroforetycznie

po czym poddaje autoradiografii. Prążki na

autoradiogramie odpowiadają fragmentom DNA

posiadającym na końcu 5` znakowany fosfor a na

końcu 3` określoną zasadę


Document Outline


Wyszukiwarka

Podobne podstrony:
Metody wykrywania mutacji
GMO metody wykrywania 2
hodowlane i niehodowlane metody wykrywania drobnoustrojów
Metody wykrywania antygenu D
Metody wykrywania zagrozenia przedsiebiorstwa upadkiem w2
DSC Metody wykrywania zafałszowań
Główne metody wykrywania włamań są następujące
metody wykrywania włamań są następujące
Metody wykrywania i identyfikacji oraz oceny lekowrazliwści drobnoustrojów
Metody Wykrywania Skażeń Promieniotwórczych, szkoła
WYKRYWANIE MUTACJI 2
Metody wykrywania mechanizmów oporności bakterii na antybiotyki nowa (1)
Instrumentalne metody wykrywania skazy korkowej w winach
GMO metody wykrywania 2
hodowlane i niehodowlane metody wykrywania drobnoustrojów

więcej podobnych podstron