W 1958 roku profesor Morton Smith z Uniwersytetu Columbia odkrył w monasterze w pobliżu Jerozolimy list, który zawierał brakujący fragment Ewangelii według świętego Marka. Ów fragment wcale nie zaginął, lecz został celowo utajniony za namową, a być może na wyraźne żądanie, biskupa Aleksandrii Klemensa, jednego z najbardziej czczonych Ojców Kościoła.
Klemens otrzymał pismo od niejakiego Teodora, który uskarżał się na gnostycką sektę karpokratów. Najprawdopodobniej chodziło o to, że karpokraci interpretowali Ewangelię według świętego Marka zgodnie z własnymi zasadami, które różniły się od wyznawanych przez Klemensa i Teodora. W rezultacie Teodor zaatakował sektę i doniósł o tym Klemensowi. W liście odnalezionym przez profesora Smitha Klemens następująco odpowiada swojemu uczniowi:
„Dobrześ uczynił uciszając ohydne nauki karpokratów. Albowiem to oni są owymi wędrującymi gwiazdami, o których mówi przepowiednia, gwiazdami, które schodzą z wąskiej ścieżki przykazań w bezgraniczną otchłań grzechów cielesnych i zmysłowych. Nie wiedzą bowiem, że pyszniąc się, jak to mówią, wiedzą «głębokich [rzeczy] Szatana», wtrącają się w «piekło mrocznego fałszu», i że chełpiąc się, iż są wolni, stali się niewolnikami upadlających żądz. Takim [ludziom] winno się przeciwstawiać zawsze i wszelkimi sposobami. Nawet wtedy, gdy rzekliby coś prawdziwego, ktoś, kto prawdę miłuje, nie powinien, nawet wtedy, godzić się z nimi. Albowiem nie wszystkie rzeczy prawdziwe są prawdą, a ta prawda, która zdaje się prawdziwa podług osądów człowieka, nie powinna być pierwszą od tej, która jest prawdziwa podług wiary".
To niezwykła wypowiedź w ustach Ojca Kościoła. Słowa Klemensa znaczą po prostu: Jeśli twój przeciwnik mówi prawdę, musisz zaprzeczać i kłamać, twierdzić, że mówi nieprawdę.
W niżej zacytowanym fragmencie Klemens rozprawia o Ewangelii świętego Marka i błędnym według niego interpretowaniu jej przez karpokratów:
„Co się zaś [tyczy] Marka, podczas pobytu Piotra w Rzymie, napisał on [relację] o uczynkach Pana; jednakowoż nie o wszystkich [z nich], nie napomknął o sekretnych, lecz tylko o tych, które zdały mu się najbardziej użyteczne, aby umocnić wiarę tych, których pouczał. A kiedy Piotr umarł śmiercią męczeńską, Marek przybył do Aleksandrii wraz ze swymi pismami i pismami Piotra, z których zaczerpnął dla swej poprzedniej księgi wszelkie rzeczy zdatne w drodze ku poznaniu [gnozie]. [Tak oto] napisał bardziej duchową Ewangelię dla użytku tych, którzy się doskonalili. Jednakowoż nie wyjawił rzeczy, o których nie powinno się mówić, ani też nie napisał o hierofanckich naukach Pana, lecz do dziejów już napisanych dodał inne, ponadto wniósł jeszcze pewne słowa, których interpretacja, o czym wiedział jako mistagog, wprowadzi słuchaczy w najtajniejsze sanktuarium owej prawdy schowanej za siedmioma [zasłonami]. Tak oto ułożył sprawy, podług mojej opinii, ani nazbyt skrycie, ani nazbyt nieostrożnie, i umierając, pozostawił swe dzieło kościołowi w Aleksandrii, gdzie jest ono najpilniej strzeżone i czytane jedynie przez tych, którzy wprowadzeni są w wielkie tajemnice.
Ponieważ duchy nieczyste bez chwili wytchnienia obmyślają zniszczenie rodu człowieczego, Karpokrates, za ich namową i przy użyciu podstępnych czarów, tak otumanił pewnego prezbitera kościoła w Aleksandrii, iż ten dał mu kopię tajemnej Ewangelii, którą tamten przedstawił podług swych bluźnierczych i wysławiających zmysły doktryn i, co więcej, splugawił nieskalane i święte słowa najbezwstydniejszymi łgarstwami"2.
Klemens wyraźnie więc przyznaje, że istnieje tajemna Ewangelia świętego Marka, ale poleca Teodorowi, by ten temu zaprzeczał:
„Im, [karpokratom] zatem, jak już rzekłem, nie wolno nigdy ustępować, ani gdy wyrzekną swoje kłamstwa, przyznać, iż tajemna Ewangelia należy do Marka, lecz nawet pod przysięgą stwierdzić, iż nie istnieje. Albowiem nie wszystkie prawdziwe [rzeczy] rzec można wszystkim ludziom".
Co to była za tajemna Ewangelia, którą karpokraci błędnie interpretowali, można się dowiedzieć z listu Klemensa, gdzie umieścił jej dokładny tekst:
„Tobie zaś nie zawaham się odpowiedzieć, odrzucając kłamstwa słowami samej Ewangelii. I tak dla przykładu po słowach: «A byli w drodze idąc do Jerozolimy» aż do «lecz po trzech dniach zmartwychwstanie» [w tajemnej Ewangelii], czytamy:
I przybyli do Betanii, a była tam pewna kobieta, której brat zmarł. A gdy nadchodzili, przypadła do stóp Jezusa mówiąc: «Synu Dawida, zlituj się nade mną». Uczniowie poczęli ją ganić, a Jezus, rozgniewany, poszedł z nią do ogrodu, gdzie był grób. Dał się stamtąd słyszeć naraz wielki krzyk. Jezus, podszedłszy do grobu, odtoczył kamień od wejścia. I wszedł tam, gdzie leżał młodzieniec, i wyciągnął ręce i wskrzesił go, chwyciwszy za rękę. A młodzieniec patrząc na niego, miłował go i błagał, aby mógł z nim być. I wyszedłszy z grobu, udali się do domu młodzieńca, bowiem był on zamożny. A po sześciu dniach Jezus powiedział mu, co ten ma czynić, i wieczorem młodzieniec przyszedł do niego odziany w białe płótno na nagim [ciele]. I został z nim tej nocy, a Jezus nauczał go o tajemnicy Królestwa Bożego. A stamtąd wyruszywszy, powrócił na drugą stronę Jordanu.
Tego fragmentu nie ma w żadnej istniejącej wersji Ewangelii według świętego Marka. W ogólnych zarysach przypomina on oczywiście wskrzeszenie Łazarza, opisane niejasno w czwartej Ewangelii, przypisywanej świętemu Janowi. W zacytowanym fragmencie są jednak intrygujące zmiany. Przede wszystkim ów wielki krzyk, który dochodzi z grobu, zanim Jezus odtoczył kamień sprzed wejścia i kazał zmarłemu wyjść. To znaczy, że ten, kto leżał w grobowcu, nie mógł być martwy, a to pozbawia całe zdarzenie elementu cudowności. Bez wątpienia w zacytowanym fragmencie najważniejszą sprawą jest szczególny związek między człowiekiem z grobowca a tym, który go „wskrzesza". Współczesny czytelnik może się nawet dopatrzyć aluzji do homoseksualizmu. Być może karpokraci - sekta, która pragnęła przekroczyć ograniczenia zmysłów przez ich zaspokajanie — właśnie w ten sposób to odczytywali. Lecz jak utrzymuje profesor Smith, chodzi tu raczej o typową scenę inicjacji w kultowe misterium — zrytualizowana i symboliczna śmierć oraz zmartwychwstanie, tak powszechnie praktykowane na ówczesnym Bliskim Wschodzie.