W celu zapenienia nawiązywania łączności i wymiany danych między urządzedniami komunikacyjnymi stosowane są protokoły komunikacyjne. Jest to zbiór ścisłych reguł i kroków postępowania. Z punktu widzenia użytkownika, nie jest istotne, jaki protokół w danej chwili jest wykorzystywany, jednak mając na uwadze konkretne problemy projektowe w danych segmentach aplikacji, wyróżniamy niżej wymienione protokoły.

Internet:
- HTTP - za pomocą tego protokołu przesyła się żądania udostępnienia dokumentów WWW i informacje o kliknięciu odnośnika oraz informacje z formularzy.
- HTTPS - zapobiega przechwytywaniu i zmienianiu przesyłanych danych. Wykorzystane przy logowaniu do aplikacji oraz wprowadzaniu danych do modułu przelewów.
- DNS - zapewnia zamianę adresów znanych użytkownikom Internetu na adresy zrozumiałe dla urządzeń tworzących sieć komputerową.
- FTP - umożliwia przesyłanie plików z serwera i na serwer poprzez sieć TCP/IP. Wykorzystywany np. przy przesyłaniu plików potrzebnych do tworzenia oferty.

Poczta mail:
-POP3 - służy do odbioru poczty elektronicznej ze zdalnego serwera do lokalnego komputera.
-SMTP - protokół komunikacyjny opisujący sposób przekazywania poczty elektronicznej w Internecie.

Zapezpieczenia:
-SSH - to standard protokołów komunikacyjnych używanych w sieciach komputerowych TCP/IP. SSH różni się od Telnetu tym, że transfer wszelkich danych jest zaszyfrowany oraz możliwe jest rozpoznawanie użytkownika na wiele różnych sposobów.

Sieć lokalna:
- Telnet - używanego w sieciach komputerowych do obsługi odległego terminala.