Struktura drugorzÄ™dowa biaÅ‚ka - sÄ… to lokalne struktury powstajÄ…ce w wyniku tworzenia siÄ™ wiÄ…zaÅ„ wodorowych pomiÄ™dzy tlenem grupy -C=O, a wodorem grupy -NH dwóch niezbyt odlegÅ‚ych od siebie w Å‚aÅ„cuchu wiÄ…zaÅ„ peptydowych. Maksymalne zagÄ™szczenie takich wiÄ…zaÅ„ (najwiÄ™ksze obniżenie energii wewnÄ™trznej) osiÄ…gnąć można na 2 sposoby. Najbardziej stabilna jest struktura ? (nastÄ™puje najwiÄ™kszy spadek energii swobodnej, tworzy siÄ™ wiÄ™cej wiÄ…zaÅ„ wodorowych i sÄ… one silniejsze) jednakże najwiÄ™ksze Å‚aÅ„cuchy boczne nie mogÄ… siÄ™ zmieÅ›cić w niej obok siebie i wtedy tworzÄ… siÄ™ struktury ß
w zależnoÅ›ci od przebiegu Å‚aÅ„cucha: równolegÅ‚a bÄ…dź antyrównolegÅ‚a. W czÄ…steczkach motywy struktur ? i ß poÅ‚Ä…czone sÄ… fragmentami Å‚Ä…cznikowymi (tu też preferowane sÄ… okreÅ›lone, krótkie motywy).