Pisanie strukturalnych wzorów chemicznych i równań reakcji przy użyciu programu ISISDraw - instrukcja podstawowa

Obiektem ćwiczenia jest poniższa reakcja chemiczna.

CF CO H

3

2

N

N

N

H

O

N

O

Me EtO

(CH )

2 5

Me

OEt

Uruchamiamy program ISISDraw i rozpoczynamy pracę od utworzenia struktury

występującej z prawej strony równania.

Najpierw z menu szablonów wybieramy ikonę

reprezentującą pierścień cyklopentanu (rysunek

Rysunek 1

1), a następnie wybrany pierścień umieszczamy

na ekranie (rysunek 2). Z menu szablonów wybieramy z

kolei ikonę pierścienia benzenowego i dostawiamy ten

pierścień z prawej strony pierścienia pięcioczłonowego

(rysunek 3). Ponownie z menu szablonów wybieramy

ikonę pierścienia cykloheksanowego i umieszczamy go z

lewej strony pierścienia pięcioczłonowego tak aby

Rysunek 2

otrzymać strukturę pokazaną na rysunku 4

Rysunek 3

Rysunek 4

Następnie używając narzędzia Double bond (wiązanie podwójne) (rysunek 5) modyfikujemy strukturę z rysunku 4 do struktury z rysunku 6

Rysunek 5

Rysunek 6

Przy pomocy narzędzia Select zaznaczamy strukturę z rysunku 6, następnie z polecenia Edit wykonujemy polecenie Copy a potem z polecenia Edit polecenie Past (ten sam efekt osiągniemy wykonując z polecenia Edit polecenie Duplicate). W wyniku tych operacji otrzymujemy dwie kopie struktury pokazanej na rysunku 6, jedną nich przekształcamy tak aby otrzymać wzór z lewej strony równania reakcji. Ponownie z menu szablonów wybieramy ikonę pierścienia cykloheksanowego i umieszczamy go tak aby otrzymać strukturę pokazaną na rysunku 7.

Rysunek 9

Rysunek 7

Rysunek 8

Używając narzędzi Eraser (kasowanie) i Single Bond (wiązanie pojedyncze) (rysunki 8 i 9) zmieniamy strukturę pokazaną na rysunku 7 na strukturę z rysunku 10. W tym celu kasujemy dwa niepotrzebne wiązania i dostawić dwa dodatkowe wiązania pojedyncze.

Rysunek 10

Rysunek 11

Używając narzędzia Atom (rysunek 11) uzupełniamy strukturę pokazaną na rysunku 10 o etykiety odpowiednich atomów i grup atomów. Kolejne czynności pokazane są na poniższych rysunkach 12, 13 i 14.

Rysunek 12

Rysunek 13

Rysunek 14

Po wpisaniu wszystkich etykiet otrzymujemy końcową postać wzoru z prawej strony równania reakcij (rysunek 15).

Rysunek 15

Drugą kopie struktury z rysunku 6 wykorzystamy do utworzenia wzoru z prawej strony równania reakcji. Najpierw z menu poleceń wybieramy Templates, a z niego polecenie Rings. Otwiera się dodatkowe okno w którym znajdują się różne pierścienie. Za pomocą pojedynczego kliknięcia myszą wybieramy pierścień ośmioczłonowy. Następnie dostawiamy ten pierścień do naszej struktury. Używając narzędzia Single Bond uzupełniamy powstały wzór o jedno wiązanie pojedyncze. Na koniec przy pomocy narzędzia Atom wstawiamy odpowiednie etykiety atomów i grup funkcyjnych. W ten sposób otrzymujemy końcową strukturę.

Używając narzędzia Select zaznaczamy i przeciągamy oba napisane wzory i ustawiamy je tak aby znalazły się obok siebie na tej samej wysokości. Korzystając z narzędzia Arrow wybrać pojedynczą strzałkę i umieścić ją w odpowiednim miejscu. Przy pomocy narzędzia Text umieścić napisy nad i pod strzałką. Końcową operacją jest zaznaczenie całego rysunku i wybranie polecenia Object a z niego polecenia Group. W ten sposób otrzymujemy rysunek przedstawiający równanie reakcji chemicznej w formie pojedynczego obiektu graficznego.